Research on intracellular degradation focusing on membranous structures

• Project/Area Number: 22H04919
• Research Category: Grant-in-Aid for Specially Promoted Research
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 水島 昇 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (10353434)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 小嶋 良輔 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 准教授 (10808059) ; 塚本 智史 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 本部 安全管理部, 課長 (80510693) ; 森下 英晃 九州大学, 医学研究院, 教授 (90783499)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2028-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥619,450,000 (Direct Cost: ¥476,500,000、Indirect Cost: ¥142,950,000); Fiscal Year 2026: ¥123,630,000 (Direct Cost: ¥95,100,000、Indirect Cost: ¥28,530,000); Fiscal Year 2025: ¥123,630,000 (Direct Cost: ¥95,100,000、Indirect Cost: ¥28,530,000); Fiscal Year 2024: ¥135,980,000 (Direct Cost: ¥104,600,000、Indirect Cost: ¥31,380,000); Fiscal Year 2023: ¥111,280,000 (Direct Cost: ¥85,600,000、Indirect Cost: ¥25,680,000); Fiscal Year 2022: ¥26,000,000 (Direct Cost: ¥20,000,000、Indirect Cost: ¥6,000,000)
• Keywords: 細胞内分解 / 生体膜 / 細胞小器官 / オートファジー / ホスホリパーゼ / リソソーム

Outline of Research at the Start

真核生物の細胞内には膜で囲まれたオルガネラが大量に合成されている。一方で、それらは分解・処理されているが、その一連の過程や生理的意義は体系的には解析されていない。そこで本研究では、主要な細胞内分解系であるオートファジーや最近私たちが発見したホスホリパーゼPLAATによる新しいオルガネラ膜分解系などを主な対象として、膜構造の分解を基軸とした細胞内分解のダイナミクス、メカニズム、生理的意義の解明を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本課題では、オートファジーおよび非オートファジーによる分解について、オルガネラなどの膜構造に焦点をあてながら解析を進めている。オートファジーによって、オルガネラ内に蓄積した不良物質を除去する場合、膜を越えて基質を認識する必要がある。そこで、小胞体オートファジーのアダプターのひとつで、比較的長い小胞体内腔ドメインをもつCCPG1に着目した。その結果、このドメインが、変性人工タンパク質や内因性タンパク質P3H4を認識してオートファジー分解に導くことを見出した。また、電子顕微鏡法を用いて取得した100個以上の三次元形態像と数理モデルを用いて、オートファゴソームの形成過程で見られる特徴的な形態変化（細長く、エッジが外側に反り返る）のメカニズムを明らかにした。
オートファジーの病態生理的意義としては、オートファジー関連遺伝子WDR45/WIPI4に変異を持つヒト神経疾患BPANでみられる変異の意義について解析した。独自に開発した高感度で定量性に優れるHaloTagプロセッシングアッセイを用いて疾患変異のオートファジー活性を網羅的に測定した。その結果、オートファジー異常がBPANの神経発達の異常と関連することが示唆された。一方、神経変性とオートファジー異常の明確な関連は認められなかった。この結果は、WIPI4が非オートファジー機能を持ち、非オートファジー機能の異常が神経変性の原因となっていることを示唆する。
水晶体での大規模オルガネラ分解にはサイトゾルリパーゼであるPLAATが必要である。今回、PLAAT3に変異を持つヒト疾患が見出され、脂肪萎縮症となることが明らかとなった。現在のところ眼症状は明らかではない。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題では、膜分解を中心として細胞内分解のメカニズムと意義を明らかにすることを目的としている。膜分解は主にオートファジー経路を経てリソソーム内でおこるものと、サイトゾルでおこるものに分類される。オートファジーについては、内膜特異的分解の前提となる、オートファゴソームとリソソームの融合のタイミングの制御機構を明らかにできた。オートファジーの方法論に関しては、昨年度開発してHaloTagを利用した新規レポーターを用いて、オートファジー遺伝子の疾患変異の意義を詳細に調べることができ、レポーターの有用性を示すこともできた。このレポーターは理研やAddgeneを介して世界中の研究者に配布しており、分野にも貢献していると考えている。すでに確立している広域三次元光―電子相関顕微鏡法もフルに活用している。
臨床との関連では、サイトゾルホスホリパーゼPLAAT3のヒト疾患について共同研究として発表することができた。この疾患はPLAATのメディエーターとしての機能不全を呈したが、眼症状が明らかではない。マウスではPLAATは3種類であるのに対し、ヒトでは5種類あることなどが理由かも知れないが、マウスでの多重ノックアウトマウスの表現型なども参考にして解析を進める必要があると考えられる。
膜損傷を検出する目的で、PLAAT3遺伝子座にGFPをノックインしたマウスを作製した。しかし、GFP-PLAAT3の発現が十分ではなかったため、予算の一部を繰り越してPLAAT3に由来する膜損傷検出プローブを、全身で発現するマウスを作製した。
以上の成果を中心として、2023年度中に原著論文を9報（プレプリントを含む）、英文総説を5報発表した。その他、論文発表には至っていないが、膜の標識方法、マウスモデル構築などもほぼ予定通り進捗している。全体として、本研究課題は順調に進捗していると考えられる。

Strategy for Future Research Activity

オートファジーによるオルガネラの分解の研究としては、オートファジーによる膜構造、特にミトコンドリアの認識について研究を進める。従来これには、アダプター分子によるストイキオメトリックな結合が考えられてきたが、膜と膜の間に生じる毛細管力も関与すると考えられる。すでに、マイトファジーの際にオートファゴソームとミトコンドリアの間でOPTNなどオートファジーアダプターがシート状液滴を形成しており、それが効率的なマイトファジーに関与していることを見出しており、より確固たる証拠を得る。また、個体レベル、特に神経系での膜を中心としたオートファジー分解の生理的意義を明らかにすべく、新規に構築した可逆的ノックダウンモデルマウスやオートファジー活性レポーター発現マウス等の解析を進める。
水晶体のオルガネラ分解に必要なPLAATリパーゼについては、それらのホモログの全身での役割を明らかにすべく、引き続き多重ノックアウトマウス作製を進める。
選択的膜分解の研究に関しては、膜の分解を追跡するために、現在複数の膜脂質標識法を開発しており、それらを完成させた後に生理学的解析へと進める。また、マクロオートファジーだけではなく、ミクロオートファジーによる膜分解の検出系の構築も行う。さらに、オートファゴソーム内膜の選択的膜分解の前提にあるのは、内膜と外膜が分離してからリソソームが融合することであるので、リソソーム融合の時空間的制御についても明らかにする。

Assessment Rating

Interim Assessment

A+: 想定を超える研究の進展があり、期待以上の成果が見込まれる

Research Products

• [Int'l Joint Research] ベルリン・フンボルト大学(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] 中国科学院/ハルピン大学(中国)
• [Int'l Joint Research] ミシガン大学(米国)
• [Int'l Joint Research] ゲント大学(ベルギー)
• [Int'l Joint Research] クリック研究所/ユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドン(英国)
• [Int'l Joint Research] クリック研究所(英国)
• [Int'l Joint Research] ベルリン・フンボルト大学(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] ウォルター・アンド・イライザ・ホール医学研究所(オーストラリア)
• [Int'l Joint Research] 中国科学院/ハルピン大学(中国)
• [Int'l Joint Research] ゲント大学(ベルギー)
• [Int'l Joint Research]
• [Journal Article] The V-ATPase-ATG16L1 axis recruits LRRK2 to facilitate the lysosomal stress response (2024)
  • Author(s): Eguchi Tomoya、Sakurai Maria、Wang Yingxue、Saito Chieko、Yoshii Gen、Wileman Thomas、Mizushima Noboru、Kuwahara Tomoki、Iwatsubo Takeshi
  • Journal Title: Journal of Cell Biology Volume: 223 Issue: 3
  • DOI: 10.1083/jcb.202302067
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Experimental determination and mathematical modeling of standard shapes of forming autophagosomes (2024)
  • Author(s): Sakai Yuji、Takahashi Satoru、Koyama-Honda Ikuko、Saito Chieko、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1038/s41467-023-44442-1
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Ubiquitin in autophagy and non-protein ubiquitination (2024)
  • Author(s): Mizushima Noboru
  • Journal Title: Nature Structural & Molecular Biology Volume: 31 Issue: 2 Pages: 208-209
  • DOI: 10.1038/s41594-024-01217-6
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cell biology is… (2024)
  • Author(s): Theriot Julie A.、Simonsen Anne、Tolic Iva、Leonetti Manuel D.、Mayor Satyajit、Bassereau Patricia、Paluch Ewa K.、Han Jiahuai、Covert Markus W.、Mizushima Noboru、Reck-Peterson Samara、Strasser Andreas、Cheeseman Iain
  • Journal Title: Cell Volume: 187 Issue: 2 Pages: 219-224
  • DOI: 10.1016/j.cell.2023.12.020
  • Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Ferritin condensates (2023)
  • Author(s): 山本 林、水島 昇
  • Journal Title: 生化学 Volume: 95 Issue: 6 Pages: 802-806
  • DOI: 10.14952/SEIKAGAKU.2023.950802
  • ISSN: 0037-1017
  • Year and Date: 2023-12-25
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Organelle landscape analysis using a multi-parametric particle-based method (2023)
  • Author(s): Yoshitaka Kurikawa, Ikuko Koyama-Honda, Keiko Igarashi, Norito Tamura, Seiichi Koike, Noboru Mizushima
  • Journal Title: bioRxiv Volume: 09.25. Pages: 559448-559448
  • DOI: 10.1101/2023.09.25.559448
  • Open Access
• [Journal Article] Syntaxin 17 recruitment to mature autophagosomes is temporally regulated by PI4P accumulation (2023)
  • Author(s): Shinoda Saori、Sakai Yuji、Matsui Takahide、Uematsu Masaaki、Koyama-Honda Ikuko、Sakamaki Jun-ichi、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: bioRxiv Volume: -
  • DOI: 10.1101/2023.09.11.557142
  • Open Access
• [Journal Article] Autophagy adaptors mediate Parkin-dependent mitophagy by forming sheet-like liquid condensates (2023)
  • Author(s): Yang Zi、Yoshii Saori R.、Sakai Yuji、Chino Haruka、Knorr Roland L.、Mizushima Noboru
  • Journal Title: bioRxiv Volume: -
  • DOI: 10.1101/2023.09.11.557117
  • Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] TAX1BP1 recruits ATG9 vesicles through SCAMP3 binding (2023)
  • Author(s): Hama Yutaro、Kurikawa Yoshitaka、Matsui Takahide、Mizushima Noboru、Yamamoto Hayashi
  • Journal Title: bioRxiv Volume: -
  • DOI: 10.1101/2023.08.18.553817
  • Open Access
• [Journal Article] Loss of phospholipase PLAAT3 causes a mixed lipodystrophic and neurological syndrome due to impaired PPARγ signaling (2023)
  • Author(s): Schuermans N, El Chehadeh S, Hemelsoet D, Gautheron J, et al
  • Journal Title: Nature Genetics Volume: 55 Issue: 11 Pages: 1929-1940
  • DOI: 10.1038/s41588-023-01535-3
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Comprehensive analysis of autophagic functions of WIPI family proteins and their implications for the pathogenesis of β-propeller associated neurodegeneration (2023)
  • Author(s): Shimizu Takahiro、Tamura Norito、Nishimura Taki、Saito Chieko、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Human Molecular Genetics Volume: 32 Issue: 16 Pages: 2623-2637
  • DOI: 10.1093/hmg/ddad096
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Unique amphipathic α helix drives membrane insertion and enzymatic activity of ATG3 (2023)
  • Author(s): Nishimura Taki、Lazzeri Gianmarco、Mizushima Noboru、Covino Roberto、Tooze Sharon A.
  • Journal Title: Science Advances Volume: 9 Issue: 25
  • DOI: 10.1126/sciadv.adh1281
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Ubiquitination of non-protein substrates (2023)
  • Author(s): Sakamaki Jun-ichi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Trends in Cell Biology Volume: 33 Issue: 11 Pages: 991-1003
  • DOI: 10.1016/j.tcb.2023.03.014
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Cell biology of protein–lipid conjugation (2023)
  • Author(s): Sakamaki Jun-ichi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Cell Structure and Function Volume: 48 Issue: 1 Pages: 99-112
  • DOI: 10.1247/csf.23016
  • ISSN: 0386-7196, 1347-3700
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Autophagy in the eye: from physiology to pathophysiology (2023)
  • Author(s): Liton Paloma B.、Boesze-Battaglia Kathleen、Boulton Michael E.、Boya Patricia、Ferguson Thomas A.、Ganley Ian G.、Kauppinnen Anu、Laurie Gordon W.、Mizushima Noboru、Morishita Hideaki、Russo Rossella、Sadda Jaya、Shyam Rajalekshmy、Sinha Debasish、Thompson Debra A.、Zacks David N.
  • Journal Title: Autophagy Reports Volume: 2 Issue: 1 Pages: 2178996-2178996
  • DOI: 10.1080/27694127.2023.2178996
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] CCPG1 recognizes endoplasmic reticulum luminal proteins for selective ER-phagy (2023)
  • Author(s): Ishii Shunsuke、Chino Haruka、Ode Koji L.、Kurikawa Yoshitaka、Ueda Hiroki R.、Matsuura Akira、Mizushima Noboru、Itakura Eisuke
  • Journal Title: Molecular Biology of the Cell Volume: 34 Issue: 4
  • DOI: 10.1091/mbc.e22-09-0432
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Autophagy genes in biology and disease (2023)
  • Author(s): Yamamoto Hayashi、Zhang Sidi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Nature Reviews Genetics Volume: - Issue: 6 Pages: 382-400
  • DOI: 10.1038/s41576-022-00562-w
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Protocol to purify and detect ubiquitinated phospholipids in budding yeast and human cell lines (2023)
  • Author(s): Sakamaki Jun-ichi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: STAR Protocols Volume: 4 Issue: 1 Pages: 101935-101935
  • DOI: 10.1016/j.xpro.2022.101935
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] 細胞小器官の膜リン脂質のユビキチン化 (2023)
  • Author(s): 坂巻純一、水島昇
  • Volume: 41
  • Pages: 437
  • DOI: 10.18958/7189-00003-0000377-00
• [Journal Article] On the mechanism and role of organelle degradation in the lens (2022)
  • Author(s): 森下 英晃
  • Journal Title: 生化学 Volume: 94 Issue: 5 Pages: 651-662
  • DOI: 10.14952/SEIKAGAKU.2022.940651
  • ISSN: 0037-1017
  • Year and Date: 2022-10-25
• [Journal Article] Quantitative 3D correlative light and electron microscopy of organelle association during autophagy (2022)
  • Author(s): Takahashi Satoru、Saito Chieko、Koyama-Honda Ikuko、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Cell Structure and Function Volume: 47 Issue: 2 Pages: 89-99
  • DOI: 10.1247/csf.22071
  • ISSN: 0386-7196, 1347-3700
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A pulse-chasable reporter processing assay for mammalian autophagic flux with HaloTag (2022)
  • Author(s): Yim Willa Wen-You、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: eLife Volume: 11
  • DOI: 10.7554/elife.78923
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] NCOA4 drives ferritin phase separation to facilitate macroferritinophagy and microferritinophagy (2022)
  • Author(s): Ohshima Tomoko、Yamamoto Hayashi、Sakamaki Yuriko、Saito Chieko、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Journal of Cell Biology Volume: 221 Issue: 10
  • DOI: 10.1083/jcb.202203102
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): Sakamaki Jun-ichi、Ode Koji L.、Kurikawa Yoshitaka、Ueda Hiroki R.、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Molecular Cell Volume: 82 Issue: 19 Pages: 3677-3692.e11
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2022.08.008
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The autophagy pathway beyond model organisms: an evolutionary perspective (2022)
  • Author(s): Zhang Sidi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Autophagy Volume: 19 Issue: 1 Pages: 1-2
  • DOI: 10.1080/15548627.2022.2153568
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] A HaloTag-based reporter processing assay to monitor autophagic flux (2022)
  • Author(s): Wen-You Yim Willa、Yamamoto Hayashi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Autophagy Volume: 19 Issue: 4 Pages: 1363-1364
  • DOI: 10.1080/15548627.2022.2123638
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Conjugation of the ubiquitin family proteins to phospholipids (2022)
  • Author(s): Sakamaki Jun-Ichi、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Autophagy Volume: 19 Issue: 4 Pages: 1361-1362
  • DOI: 10.1080/15548627.2022.2123637
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transient visit of STX17 (syntaxin 17) to autophagosomes (2022)
  • Author(s): Koyama-Honda Ikuko、Mizushima Noboru
  • Journal Title: Autophagy Volume: 18 Issue: 6 Pages: 1213-1215
  • DOI: 10.1080/15548627.2022.2079337
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Role of autophagy in the eye: from physiology to disease (2022)
  • Author(s): Morishita Hideaki
  • Journal Title: Current Opinion in Physiology Volume: 30 Pages: 100592-100592
  • DOI: 10.1016/j.cophys.2022.100592
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] Autopohagy in protein quality control (2024)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Philip and Sima Needleman Autophagy Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Electrostatic maturation of the autophagosome (2024)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Gordon Research Conference: Autophagy inStress, Development and Disease
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] アレイトモグラフィー法をオートファジー研究に応用する (2024)
  • Author(s): 小山-本田郁子、髙橋暁、境祐二、齊藤知恵子、水島昇
  • Organizer: 第129回日本解剖学会総会
• [Presentation] 広域三次元光‐電子相関顕微鏡法によるオルガネラ解析 (2024)
  • Author(s): 齊藤知恵子、髙橋暁、小山―本田郁子、水島昇
  • Organizer: 第129回日本解剖学会総会
• [Presentation] 新たな細胞内分解機構の発見 (2024)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 第101 回 日本生理学会大会
  • Invited
• [Presentation] Ubiquitination of phospholipids and new topics in autophagy (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Ubiquitin & Friends Symposium
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Ubiquitination of phospholipids and new topics in autophagy (2023)
  • Author(s): Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: Ubiquitin & Friends Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Quantitative 3D correlative light and electron microscopy of autophagosome-organelle contacts and autophagosomal contents (2023)
  • Author(s): Satoru Takahashi, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda, Noboru Mizushima
  • Organizer: Ubiquitin & Friends Symposium
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] オートファジーによる細胞内品質管理 (2023)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: 第48回日本骨髄腫学会学術集会
  • Invited
• [Presentation] オートファジーによる細胞内品質管理 (2023)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: 第96回日本内分泌学会学術総会
  • Invited
• [Presentation] 膜タンパク質のユビキチン化・分解を介した水晶体オルガネラ分解制御機構の解析 (2023)
  • Author(s): 大川典哉、江口智也、森下英晃、水島昇
  • Organizer: 第22回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] Sheet-like Liquid-Liquid Phase Separation of Autophagy Adaptors During Parkin-mediated Mitophagy (2023)
  • Author(s): Zi Yang, Yuji Sakai, Haruka Chino, Roland Knorr, Saori Yoshii, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第22回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] オルガネラ選択的膜脂質蛍光ラベリングを可能とする新規化学システムの開発 (2023)
  • Author(s): 長島 爽太、小嶋 良輔、藤田 恭平、吉井 紗織、小山ー本田 郁子、水島 昇、浦野 泰照
  • Organizer: 第22回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] 広域三次元光－電子相関顕微鏡法で紐解く細胞内分解ダイナミクス研究 (2023)
  • Author(s): 齊藤知恵子、髙橋暁、小山-本田 郁子、水島 昇
  • Organizer: 日本顕微鏡学会 第79回学術講演会
• [Presentation] オルガネラ膜損傷を人為的に誘導する起こす光遺伝学ツールの開発 (2023)
  • Author(s): 長島悠斗、江口智也、水島昇
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] 繊毛虫テトラヒメナにおける ATG8 の機能解析 (2023)
  • Author(s): 松田真弥、齊藤知恵子、野村真未、川原瞳、水島昇、中野賢太郎
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] 多様なオルガネラ膜脂質環境の可視化を目指した脂質プローブ作製技術 (2023)
  • Author(s): Taki Nishimura, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] Sheet-like Liquid-Liquid Phase Separation of Autophagy Adaptors During Parkin-mediated Mitophagy (2023)
  • Author(s): Zi Yang, Saori Yoshii, Yuji Sakai, Haruka Chino, Roland Knorr, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第75回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] Organelle degradation in the eye lens (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Gordon Research Conference on Molecular Membrane Biology
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] A quantitative method for multiparametric analysis of organellar particles (2023)
  • Author(s): Ikuko Koyama-Honda, Yoshitaka Kurikawa, Noboru Mizushima
  • Organizer: Gordon Research Conference on Molecular Membrane Biology
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Experimental Determination and Mathematical Modeling of Standard Shapes of Forming Autophagosomes (2023)
  • Author(s): Yuji Sakai, Satoru Takahashi, Ikuko Koyama-Honda, Chieko Saito, Noboru Mizushima
  • Organizer: International Conference on Biological Physics 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Discovery of a non-canonical autophagy-related ATG12 with shuffled secondary structure in the ubiquitin fold (2023)
  • Author(s): Yun D Bai, Yasuhiro Fukuda, Xiaoxia X Lin, Sidi Zhang, Kentaro Kato, Kenji Hikosaka, Noboru Mizushima, Hirokazu Sakamoto
  • Organizer: PIM第21回松山国際学術シンポジウム
• [Presentation] Exploring Autophagy: from Yeast to Mammals (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Beth Levine, M.D. Prize in Autophagy Research, Award Lecture
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] オートファジーを基軸とした細胞内分解の研究 (2023)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: 第51回日本臨床免疫学会総会・第60回日本消化器免疫学会総会
  • Invited
• [Presentation] オートファジー：細胞の中のリサイクル (2023)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: 日本科学振興協会（JAAS）年次大会2023「会いに行ける科学者フェス」
  • Invited
• [Presentation] 繊毛虫テトラヒメナから発見された非典型的な二次構造をもつオートファジー関連因子ATG12 (2023)
  • Author(s): Yun D Bai、福田 康弘、Xiaoxia X Lin、Zhang Sidi、加藤 健太郎、彦坂 健児、水島 昇、坂本 寛和
  • Organizer: 第56回日本原生生物学会・日本寄生虫学会東日本支部・日本衛生動物学会東日本支部合同大会
• [Presentation] 未閉鎖オートファゴソームの標準形態の実験的決定と理論モデル (2023)
  • Author(s): 境 祐二、髙橋 暁、小山?本田 郁子、齊藤 知恵子、水島 昇
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] 簡便でかつ迅速なin vivoオートファジー活性測定法 (2023)
  • Author(s): 神田侑季、江口智也、森下英晃、濱祐太郎、阿部学、崎村建司、水島昇
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] マクロオートファジーにおける細胞質ゾーニング (2023)
  • Author(s): 小山-本田郁子、境祐二、高橋暁、齊藤知恵子、立川正志、水島昇
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] 水晶体のオルガネラ分解を導くサイトゾルリパーゼPLAATの膜局在化機構の解析 (2023)
  • Author(s): 大川典哉、江口智也、森下英晃、水島昇
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] Development of optogenetic tools to artificially induce organelle membrane rupture (2023)
  • Author(s): Yuto Nagashima, Tomoya Eguchi, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] オルガネラダイナミクスを"解きほぐす“：マルチカラー単粒子解析法の開発 (2023)
  • Author(s): 栗川 義峻、本田 郁子、小池 誠一、田村 律人、水島 昇
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
• [Presentation] Organelle degradation in the eye lens (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Intuitive understanding of organelle landscape using a multi-parametric particle-based method (2023)
  • Author(s): Ikuko Koyama-Honda, Yoshitaka Kurikawa, Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Cytoplasmic transmembrane domains act as sensors for disintegration of organelle membranes (2023)
  • Author(s): Tomoya Eguchi, Yuji Sakai, Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Autophagy adaptors mediate Parkin-dependent mitophagy by forming sheet-like liquid condensates (2023)
  • Author(s): Zi Yang, Saori R Yoshii, Yuji Sakai, Haruka Chino, Roland L Knorr, Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO workshop: Membrane shaping and remodeling by proteins
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Organelle degradation by autophagy-dependent and independent pathways (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Joint symposium on medical education and research between EUMC and University of Tokyo Graduate School of Medicine
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] オートファゴソーム内膜の分解におけるATG8と繋留因子の役割 (2023)
  • Author(s): 小山-本田郁子、高橋暁、水島昇
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] オートファジー抑制による神経機能障害の可逆性 (2023)
  • Author(s): 江口智也、阿部学、森下英晃、冨田拓哉、佐伯泰、崎村建司、田中謙二、水島昇
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] 繊毛虫テトラヒメナから発見された非典型的な二次構造をもつATG12 (2023)
  • Author(s): 坂本寛和、福田康弘、Yun D Bai、Xioxia X Lin、Zhang Sidi、Sichang T Wang、加藤健太郎、彦坂健児、水島昇
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] Evolutionary diversification of the autophagy initiation complex (2023)
  • Author(s): Zefeng Lai, Yutaro Hama, Masahide Oku, Sidi Zhang, Yasuyoshi Sakai, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] オートファジー関連分子ATG3の両親媒性αヘリックスのユニークな性質 (2023)
  • Author(s): 西村多喜, Gianmarco Lazzeri, 水島昇, Roberto Covino, Sharon A. Tooze
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] マルチパラメータ単粒子解析法を用いたオルガネラランドスケープの解析 (2023)
  • Author(s): 栗川義俊、小山-本田郁子、小池誠一、田村 律人、水島昇
  • Organizer: 第15回オートファジー研究会
• [Presentation] マイクロプレートリーダー法及び組織イメージングによるマウスin vivoオートファジー活性測定 (2023)
  • Author(s): 神田侑季、江口智也、森下英晃、濱祐太郎、阿部学、崎村建司、水島昇
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会大会
• [Presentation] テトラヒメナから発見された二次構造パターンがシャッフルされた非典型的オートファジー関連因子ATG12 (2023)
  • Author(s): 福田 康弘、白芸、林 暁霞、Zhang Sidi、加藤 健太郎、彦坂 健児、水島 昇、坂本 寛和
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会大会
• [Presentation] 新たな細胞内選択的分解機構の発見 (2023)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 第11回Cancer Stem Cell Symposium
  • Invited
• [Presentation] 膜を壊す：オルガネラ膜消去のメカニズム (2023)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 第31回日本医学会総会
  • Invited
• [Presentation] Organelle degradation in the lens by PLAAT phospholipases (2023)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 第127回日本眼科学会総会
  • Invited
• [Presentation] New insights into autophagy and its related pathways (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Mito911 "Mitochondrial Biology, Autophagy & Neurodegeneration"
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] オートファジーを基軸とした細胞内分解のしくみと意義 (2023)
  • Author(s): 水島 昇
  • Organizer: 第３６回日本糖尿病・肥満動物学会年次学術集会
  • Invited
• [Presentation] オートファジーを基軸とした細胞内分解のしくみと意義 (2023)
  • Author(s): 水島 昇
  • Organizer: 第9回Medical Frontier Consortium beyond the Organcentric Dogma
  • Invited
• [Presentation] Autophagy: Bridging Cell Biology and Biomedical Research (2023)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Keystone Symposium: Autophagy and Neurodegeneration: Mechanisms to Therapies
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Reversibility of neurological dysfunctions caused by autophagy deficiency (2023)
  • Author(s): Tomoya Eguchi, Hideaki Morishita, Manabu Abe, Kenji Sakimura, Kenji F. Tanaka, Noboru Mizushima
  • Organizer: Keystone Symposium: Autophagy and Neurodegeneration: Mechanisms to Therapies
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Sheet-like liquid-liquid phase separation of autophagy adaptors during Parkin-mediated mitophagy (2023)
  • Author(s): Zi Yang, Yuji Sakai, Haruka Chino, Roland Knorr, Saori Yoshii, Noboru Mizushima
  • Organizer: Keystone Symposium: Autophagy and Neurodegeneration: Mechanisms to Therapies
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Comprehensive analysis of WIPI family proteins and their disease-associated mutants (2023)
  • Author(s): Takahiro Shimizu, Norito Tamura, Taki Nishimura, Chieko Saito, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: Keystone Symposium: Autophagy and Neurodegeneration: Mechanisms to Therapies
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A mouse model with systemic expression of an autophagic flux reporter reveals differences in basal autophagic flux among tissues and autophagy suppression in obesity and aging (2023)
  • Author(s): Yuki Kanda, Tomoya Eguchi, Hideaki Morishita, Yutaro Hama, Manabu Abe, Kenji Sakimura, Noboru Mizushima
  • Organizer: Keystone Symposium: Autophagy and Neurodegeneration: Mechanisms to Therapies
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Organelle degradation by autophagy-dependent and independent pathways (2022)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: FOR2625 SYMPOSIUM on Lysosomes & Autophagy
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Wetting regulates autophagy of phase separated compartments and the cytosol (2022)
  • Author(s): Sebastian W. Schultz, Jaime Agudo-Canalejo, Haruka Chino, Simona M. Migliano, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda, Harald Stenmark, Andreas Brech, Alexander I. May, Noboru Mizushima, Roland L. Knorr
  • Organizer: EMBO | EMBL Symposium Cellular mechanisms driven by phase separation
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] アピコンプレクサから見出されたオートファジー関連ユビキチン様タンパク質ATG12結合系の縮退進化 (2022)
  • Author(s): 坂本寛和、Yu Pang、山本林、Joe Kimanthi Mutungi、Mayurbhai Himatbhai Sahani、北潔、Honglin Jia、水島昇
  • Organizer: 第91回日本寄生虫学会大会
• [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): 坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
  • Organizer: 第21回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] オートファジー活性レポーター発現マウスの作製と評価 (2022)
  • Author(s): 神田侑季、江口智也、森下英晃、濱祐太郎、阿部学、崎村建司、水島昇
  • Organizer: 第21回東京大学生命科学シンポジウム
• [Presentation] 水晶体における全オルガネラ分解現象の分子機構および生理的意義の解明 (2022)
  • Author(s): 森下英晃、江口智也、塚本智史、高橋暁、酒巻有里子、齊藤知恵子、小山-本田 郁子、水島昇
  • Organizer: 日本CellDeath学会 第30回学術集会
• [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化 (2022)
  • Author(s): 坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
  • Organizer: 第74回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] オートファゴソーム形成における膜変形の定量化と理論モデル (2022)
  • Author(s): 境 祐二、髙橋 暁、小山-本田 郁子、齊藤 知恵子、Kozlov Michael、水島 昇
  • Organizer: 第74回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] オートファジー関連分子ATG3の両親媒性αヘリックスはユニークな機能を有する (2022)
  • Author(s): 西村 多喜, Gianmarco Lazzeri, 水島 昇, Roberto Covino, Sharon A. Tooze
  • Organizer: 第74回日本細胞生物学会大会
• [Presentation] Recent advances in autophagy and autophagy-related pathways (2022)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO Workshop: Integrating the molecular, mechanistic and physiological diversity of autophagy
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Characterization of the phagophore rim during autophagosome formation (2022)
  • Author(s): Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Yuji Sakai, Noboru Mizushima
  • Organizer: EMBO Workshop: Integrating the molecular, mechanistic and physiological diversity of autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Organelle degradation by autophagy-dependent and independent pathways (2022)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Autophagy Satellite Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] オートファジーと関連分解システムのメカニズム (2022)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: 第8回日本筋学会学術集会
  • Invited
• [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化 (2022)
  • Author(s): 坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
  • Organizer: 第33回高遠分子生物学シンポジウム
• [Presentation] 哺乳類細胞におけるオートファジーフラックスの定量的・客観的測定方法 (2022)
  • Author(s): 水島昇
  • Organizer: オートファジーコンソーシアム第2回シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] 両親媒性αヘリックスが操るオートファジー関連分子ATG3の機能 (2022)
  • Author(s): 西村 多喜, Gianmarco Lazzeri, 水島 昇, Roberto Covino, Sharon A. Tooze
  • Organizer: 第60回日本生物物理学会年会
  • Invited
• [Presentation] Ubiquitination of membrane phospholipids (2022)
  • Author(s): Noboru Mizushima, Jun-ichi Sakamaki
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A novel method for measuring autophagic flux in mammalian cells: pulse-chasable HaloTag processing assay (2022)
  • Author(s): Hayashi Yamamoto, Willa Wen-You Yim, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Conserved ATG3 Amphipathic ?-helix Ensures LC3 Lipidation Reaction (2022)
  • Author(s): Taki Nishimura, Gianmarco Lazzeri, Noboru Mizushima, Roberto Covino, Sharon A. Tooze
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A novel mouse line systemically expressing GFP-LC3-RFP reveals autophagy suppression in obesity and aging (2022)
  • Author(s): Yuki Kanda, Tomoya Eguchi, Hideaki Morishita, Yutaro Hama, Manabu Abe, Kenji Sakimura, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Analysis of selective degradation of ER-luminal substrates by ER-phagy (2022)
  • Author(s): Shunsuke Ishii, Haruka Chino, Akira Matsuura, Noboru Mizushima, Eisuke Itakura
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Wetting regulates autophagy of phase separated compartments and the cytosol (2022)
  • Author(s): Sebastian W. Schultz, Sebastian W. Schultz, Jaime Agudo-Canalejo, Haruka Chino, Simona M. Migliano, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda, Harald Stenmark, Andreas Brech, Alexander I. May, Noboru Mizushima, Roland L. Knorr
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] The ATG12 conjugation system without ATG12 (2022)
  • Author(s): Hirokazu Sakamoto, Aine Noguchi, Sidi Zhang, Kenji Hikosaka, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizhishima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Characterization of the highly-curved rim of phagophore during autophagosome formation (2022)
  • Author(s): Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Yuji Sakai, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Morphological and molecular analysis on the relationship between autophagosome-lysosome fusion and autophagosomal inner membrane degradation (2022)
  • Author(s): Satoru Takahashi, Willa Wen-You Yim, Chieko Saito, Ikuko Koyama-Honda, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 10th International Symposium on Autophagy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Loss of adipocyte phospholipase gene PLAAT3 causes lipodystrophy with neurological features due to inactivated arachidonic acid-mediated PPARg signaling (2022)
  • Author(s): Nika Schuermans, Salima El Chehadeh, Dimitri Hemelsoet, Marie-Christine Vantyghem, Jeremie Gautheron, et al.
  • Organizer: Annual Meeting of American Society of Human Genetics
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] オートファゴソーム形成に必要な小胞体タンパク質VMP1とTMEM41B (2022)
  • Author(s): 水島 昇
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] 小胞体膜タンパク質による基質直接認識を介したオートファジー依存的小胞体品質管理機構の解析 (2022)
  • Author(s): 石井俊輔、千野遥、松浦彰、水島昇、板倉英祐
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] オルガネラ膜脂質ホスファチジルエタノールアミンのユビキチン化 (2022)
  • Author(s): 坂巻純一、大出晃士、栗川義峻、上田泰己、山本林、水島昇
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] Evolutionary diversification of the autophagy initiation complex (2022)
  • Author(s): Zefeng LAI, Yutaro HAMA, Sidi ZHANG, Hayashi YAMAMOTO, Noboru MIZUSHIMA
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] フェリチンは液滴を形成することでマクロオートファジーとミクロオートファジーの２つの経路でリソソームに輸送される (2022)
  • Author(s): 山本 林、大島 知子、酒巻 有里子、齊藤 知恵子、水島 昇
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] A novel mouse line systemically expressing an autophagic flux reporter revealed autophagy suppression in pathological conditions (2022)
  • Author(s): 神田侑季、江口智也、森下英晃、濱祐太郎、阿部学、崎村建司、水島昇
  • Organizer: 第95回日本生化学会大会
• [Presentation] Intracellular degradation by autophagy and its related pathways (2022)
  • Author(s): Noboru Mizushima
  • Organizer: Symposium on medical exchange of Shanghai University and the University of Tokyo（中日国交正常化 50 周年/上海大学開校 100 周年記念交流イベント）
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 未閉鎖オートファゴソームの標準形態の実験的決定と理論モデル (2022)
  • Author(s): 境 祐二、髙橋 暁、小山-本田 郁子、齊藤 知恵子、水島 昇
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会大会
• [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会大会
• [Presentation] 細胞小器官の多パラメータ粒子解析法の開発 (2022)
  • Author(s): 栗川 義峻, 小池 誠一, 田村 律人, 水島 昇, 小山-本田 郁子
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会大会
• [Presentation] Characterization of the highly-curved rim of forming autophagosomes (2022)
  • Author(s): Ikuko Koyama-Honda, Masashi Tachikawa, Yuji Sakai, Noboru Mizushima
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会大会
• [Presentation] 繊毛虫テトラヒメナにおけるミトコンドリア分解機構の解析 (2022)
  • Author(s): 松田 真弥、野村 真未、川原 瞳、水島 昇、中野 賢太郎
  • Organizer: 第45回日本分子生物学会大会
• [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: The international symposium in Tokyo 2022 "Ubiquitin New Frontier: from Neo-Biology to Targeted Protein Degradation"
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Ubiquitination of phosphatidylethanolamine in organellar membranes (2022)
  • Author(s): Jun-ichi Sakamaki, Koji L. Ode, Yoshitaka Kurikawa, Hiroki R. Ueda, Hayashi Yamamoto, Noboru Mizushima
  • Organizer: The 23rd TMIMS International Symposium on "New Frontiers in Ubiquitin Proteasome System"
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] A cytosolic PLAAT phospholipase is essential for the programmed degradation of organelles in the lens (2022)
  • Author(s): Hideki Morishita
  • Organizer: ARVO 2022
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 水晶体における全オルガネラ分解現象の分子機構と意義の解明 (2022)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 第64回日本脂質生化学会シンポジウム「眼と脂質」
• [Presentation] 肺の恒常性 オートファジーとサーファクタント (2022)
  • Author(s): 森下英晃
  • Organizer: 日本肺サーファクタント・界面医学会第58回学術研究会
  • Invited
• [Remarks] 研究代表者の研究室ホームページ
  • URL: https://molbiolut.jp/
• [Remarks] 東京大学大学院医学系研究科分子生物学分野ホームページ
  • URL: https://molbiolut.jp/