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情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明

Research Project

Project/Area Number 22K03453
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 13010:Mathematical physics and fundamental theory of condensed matter physics-related
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

森 史  九州大学, 芸術工学研究院, 助教 (90525891)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岡田 崇  京都大学, 医生物学研究所, 准教授 (10741043)
杉 拓磨  広島大学, 統合生命科学研究科(理), 准教授 (70571305)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords複雑ネットワーク / 情報流 / 神経回路 / 摂動論 / 全脳イメージング
Outline of Research at the Start

生物系において、外部刺激に応じた行動決定を担っているのは神経ネットワークの活動である。線虫では、ある刺激に対する行動選択を担っている局所的なネットワーク構造が発見されているが、さまざまな刺激に対して常に局所的な情報処理で答えを出しているのか、あるいは、時に大域的な構造も利用しているのかは、定かではない。本研究では「ネットワーク上の情報流のパス展開理論」を線虫の神経回路に適用し、シグナルの伝達に重要な経路群を特定する。さらに、実験的にその経路群を観測することで、高分解能の情報流測定を実現する。こうして、理論と実験により、局所的及び大域的な情報流の全貌を明らかにし、行動決定のメカニズムを解明する。

Outline of Annual Research Achievements

生物系の神経ネットワークでどのような情報処理が実行され、どのように行動決定がなされているのかは、未解明である。例えば、神経回路のトポロジーが分かっている線虫では、ある刺激に対する行動選択を担っている局所的なネットワーク構造が発見されているが、さまざまな刺激に対して常に局所的な情報処理で答えを出しているのか、あるいは、時に大域的なネットワーク構造も利用しているのかは、定かではない。本研究では、ネットワーク上の情報流を記述する理論を線虫の神経回路に適用し、刺激シグナルの伝達に重要な経路群を特定することを目指している。今年度は、行動中の線虫の全脳イメージングに向けた顕微鏡のカスタマイズが大きく進展した。さらに、線虫以外の実験系についても、観測が可能になった。そこで、観測データから情報の流れを適切に抽出し定量化するための情報量について考えた。具体的には、時間分解能に制限のある観測データから情報の流れを適切に読み取るために、移動エントロピーをどのような形で用いるべきかについて調べた。また、先行研究で行われている移動エントロピーの定義の改良が、我々の実験系にどの程度意味のある改良になるかを調べた。さらに、我々の観測システム系では、細胞の位置という空間情報も使えるので、空間情報を取り入れた解析の有効性を議論した。既に理論的に明らかにしている情報流のパス展開理論に関する成果を、日本物理学会年次大会や日本物理学会九州支部例会で発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度は、行動中の線虫の全脳イメージングに向けた顕微鏡のカスタマイズが大きく進展した。また、実験データから抽出される情報の流れを理論的にどのような形で定量化するべきかについても、理解が進んだ。よって、おおむね順調に進展していると言える。

Strategy for Future Research Activity

実験から得られるデータが揃いつつあるので、理論側と実験側のコミュニケーションをこれまで以上に密にし、理論の生物系への適用を実現させる。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Enhanced precision of circadian rhythm by output system2023

    • Author(s)
      Kaji Hotaka、Mori Fumito、Ito Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Theoretical Biology

      Volume: 574 Pages: 111621-111621

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2023.111621

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification2023

    • Author(s)
      Hishida Atsuki、Okada Takashi、Mochizuki Atsushi
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 3 Issue: 1

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgad441

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior2023

    • Author(s)
      Chiba Takuya、Okumura Etsuko、Nishigami Yukinori、Nakagaki Toshiyuki、Sugi Takuma、Sato Katsuhiko
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 33 Issue: 13 Pages: 2668-2677.e3

    • DOI

      10.1016/j.cub.2023.05.042

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Large-Scale Cultivation of Nematodes to Study Their Collective Behaviors2023

    • Author(s)
      Imamura Ryuki、Nakane Yurina、Jiajing Hu、Ito Hiroshi、Sugi Takuma
    • Journal Title

      Journal of Visualized Experiments

      Volume: 1 Issue: 198 Pages: 10-10

    • DOI

      10.3791/65569

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Information-transfer characteristics in network motifs2023

    • Author(s)
      Mori Fumito、Okada Takashi
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 013037-013037

    • DOI

      10.1103/physrevresearch.5.013037

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Root PRR7 Improves the Accuracy of the Shoot Circadian Clock through Nutrient Transport2023

    • Author(s)
      Uemoto Kyohei、Mori Fumito、Yamauchi Shota、Kubota Akane、Takahashi Nozomu、Egashira Haruki、Kunimoto Yumi、Araki Takashi、Takemiya Atsushi、Ito Hiroshi、Endo Motomu
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 64 Issue: 3 Pages: 352-362

    • DOI

      10.1093/pcp/pcad003

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Noninvasive inference methods for interaction intensity and direction of synchronized oscillators2023

    • Author(s)
      Fumito Mori
    • Organizer
      Conference on complex systems 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Theory and experiment of noninvasive inference for interaction direction of coupled oscillators2023

    • Author(s)
      Fumito Mori
    • Organizer
      STATPHYS28
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ネットワークモチーフの情報転送の特性2023

    • Author(s)
      森史、岡田崇
    • Organizer
      第129回日本物理学会九州支部例会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ネットワークモチーフ上の情報の流れ2023

    • Author(s)
      森史、岡田崇
    • Organizer
      日本物理学会 第78回年次大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Development and application of 4D light-field and quantum imaging technologies2023

    • Author(s)
      Takuma Sugi
    • Organizer
      BISC2023
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Network topology determines robustness and flexibility of chemical reaction systems2023

    • Author(s)
      Takashi Okada
    • Organizer
      ICIAM 2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Determining regulations of biochemical reaction systems from network topology2023

    • Author(s)
      Takashi Okada
    • Organizer
      The 29th East Asia Joint Symposium
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Lineage frequency fluctuations reveal the spatial dynamics of disease transmission in SARS-CoV-22023

    • Author(s)
      Takashi Okada
    • Organizer
      APS March Meeting 2023
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Graphical expansion of information flows in network motifs2022

    • Author(s)
      Fumito Mori
    • Organizer
      Conference on complex systems 2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Output systems can improve accuracy of biological rhythms2022

    • Author(s)
      Hotaka Kaji, Fumito Mori, and Hiroshi Ito
    • Organizer
      Conference on complex systems 2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 振動の時刻データを用いた振動子間の結合強度の推定2022

    • Author(s)
      森史
    • Organizer
      研究集会:データサイエンスにおける統計科学
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 概日時計出力系は時計を正確にし得る2022

    • Author(s)
      梶穂高、森史、伊藤浩史
    • Organizer
      第29回日本時間生物学会学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Active matter physics and high-speed single-shot 4D imaging2022

    • Author(s)
      Takuma Sugi
    • Organizer
      The 31th International Toki conference on plasma and fusion research
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] ネットワークの三角構造が担う情報伝達の役割を解明

    • URL

      https://www.kyushu-u.ac.jp/f/51272/23_0126_02.pdf

    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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