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キノロン耐性菌に有効な新規キノロン剤探索法の開発及びデータベースの構築

Research Project

Project/Area Number 22K05999
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 42020:Veterinary medical science-related
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

中島 千絵  北海道大学, 人獣共通感染症国際共同研究所, 教授 (60435964)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsキノロン / 薬剤耐性 / Qnr / サルモネラ / タイ
Outline of Research at the Start

キノロンは強い殺菌作用を持つため、医療における最重要抗菌薬の1つである。ところが、家畜への多用により畜産物に関連する病原体におけるキノロン耐性率が上昇し、問題となっている。耐性獲得は、標的酵素であるジャイレース上の点変異や、プラスミド伝達性の耐性因子Qnrの結合による構造変化が原因で引き起こされる。そこで我々は、製薬会社が合成、保管している開発途中のキノロンバンクを活用し、キノロン耐性となった耐性菌に有効なキノロンの発掘を行うこととした。特定の変異と有効なキノロン構造との相関を求め、データベースを構築することにより、他に治療薬が無い耐性菌に有効なキノロンを提案することが可能となると考える。

Outline of Annual Research Achievements

昨年度に続き、点変異を持った組換えジャイレースを用いたインビトロの活性評価系によりWQシリーズ化合物の評価を行った。食中毒の起因菌として重要視されているカンピロバクターでは、分離株におけるキノロン耐性菌の割合が高く、その大半がGyrA T86I変異を持つ。この変異を持つ菌はシプロキサシンやモキシフロキサシンに対しても高度耐性を示すが、WQシリーズの一部の化合物では低濃度(2ug/mL)で有効であることが示された。また、Mycobacterium aviumのジャイレースを用いたインビトロ試験においても、キノロン耐性変異を持ったジャイレースも含め、WQシリーズの化合物が既存のキノロン薬よりも有効であることが示された。
プラスミド伝達性のキノロン耐性因子であるQnrにつき、サルモネラからの分離報告が多いと報告されていたQnrB19を組換え体として発現し、組換えジャイレースの活性評価系へ添加してその作用を調べた。野生型、キノロン耐性菌変異(GyrA S83F及びD87N)を持ったジャイレースとも、QnrB19添加モル数がその等量から約10倍量においてジャイレースの活性を50%から80%復帰させる(耐性度を増加する)傾向が見られた。また、Mycobacterium属菌においては、ゲノム中に保持されている内在性のペンタペプタイドであるMfpAのキノロン耐性への関与が示唆されているが、日本で分離されたM. aviumの約3割でこの遺伝子にフレームシフト変異が入り、活性を失っていることが予想された。それらの株では野生型に比してキノロンに対するMICが有意に低かったことから、MfpAがキノロン耐性に何らかの関与をしている可能性が示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

対象とする菌種をサルモネラのみならずカンピロバクター、Mycobacterium属菌と広げたため、有意義な発見も増えたが、仕事量も増えた。昨年、タイのカナルから分離されるサルモネラが保持するQnrの殆どがQnrSであることを示したが、この組換え体の可溶化に苦戦している。また、WQシリーズの解析は進んでいるが、他社の異なる骨格を基礎としたキノロンの解析も進める必要がある。立体構造の足掛かりとすべくクライオ電子顕微鏡像の撮影を開始したが、現在、条件検討中であり、その補完も兼ねて電子間力顕微鏡による撮影を開始した。

Strategy for Future Research Activity

今年度は他社の新規キノロンを追加し、インビトロ評価系を用いた試験を行う。また、サルモネラから高度に検出されることが判明したQnrSの発現、可溶化に取り組み、ジャイレース上の変異との組み合わせ試験を行う。クライオ電子顕微鏡の条件検討を重ね、各種キノロンの結合様式を調べ、構造解析の一助とする。また、原子間力顕微鏡を用いた解析を行い、ジャイレースの動態を観察する。更にはMycobacterium属菌では組換え体を用いた試験で好成績だったキノロンが生菌を用いた薬剤感受性試験では想定された効果が出ない現象が観察され、菌体への透過性の問題が示唆されたため、細胞壁の透過性を高める抗菌剤との併用によるチェッカーボード試験を行う。年度内に得られたデータより、菌種、ジャイレース上の変異の種類、Qnr, MfpAの有無とキノロン骨格との相関性を可能な範囲でまとめ、対象となる細菌の条件に応じて有効と思われるキノロンの一覧を作成する。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] マヒドン大学(タイ)

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  • [Journal Article] Genomic analysis of Salmonella isolated from canal water in Bangkok, Thailand2024

    • Author(s)
      Toyting Jirachaya、Nuanmuang Narong、Utrarachkij Fuangfa、Supha Neunghatai、Thongpanich Yuwanda、Leekitcharoenphon Pimlapas、Aarestrup Frank M.、Sato Toyotaka、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: - Issue: 5

    • DOI

      10.1128/spectrum.04216-23

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  • [Journal Article] Exploration of the novel fluoroquinolones with high inhibitory effect against quinolone-resistant DNA gyrase of Salmonella Typhimurium2023

    • Author(s)
      Toyting Jirachaya、Miura Nami、Utrarachkij Fuangfa、Tanomsridachchai Wimonrat、Belotindos Lawrence P.、Suwanthada Pondpan、Kapalamula Thoko Flav、Kongsoi Siriporn、Koide Kentaro、Kim Hyun、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: 11 Issue: 6

    • DOI

      10.1128/spectrum.01330-23

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  • [Journal Article] The Impact of Substitutions at Positions 1 and 8 of Fluoroquinolones on the Activity Against Mutant DNA Gyrases of Salmonella Typhimurium2023

    • Author(s)
      Suwanthada Pondpan、Kongsoi Siriporn、Miura Nami、Belotindos Lawrence P.、Piantham Chayada、Toyting Jirachaya、Akapelwa Mwangala L.、Pachanon Ruttana、Koide Kentaro、Kim Hyun、Thapa Jeewan、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • Journal Title

      Microbial Drug Resistance

      Volume: 29 Issue: 12 Pages: 552-560

    • DOI

      10.1089/mdr.2023.0014

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  • [Journal Article] Characterization of DNA Gyrase Activity and Elucidation of the Impact of Amino Acid Substitution in GyrA on Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium avium2023

    • Author(s)
      Thapa Jeewan、Chizimu Joseph Yamweka、Kitamura Soyoka、Akapelwa Mwangala Lonah、Suwanthada Pondpan、Miura Nami、Toyting Jirachaya、Nishimura Tomoyasu、Hasegawa Naoki、Nishiuchi Yukiko、Gordon Stephen V.、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: - Issue: 3

    • DOI

      10.1128/spectrum.05088-22

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] In vitro antibacterial activity of OPS-2071 against Gram-positive and Gram-negative enteropathogenic bacteria2022

    • Author(s)
      Oka Daisuke、Changkwanyeun Ruchirada、Yamaguchi Tomoyuki、Nakajima Chie、Suzuki Yasuhiko、Matsumoto Makoto
    • Journal Title

      Journal of Antimicrobial Chemotherapy

      Volume: 77 Issue: 12 Pages: 3248-3255

    • DOI

      10.1093/jac/dkac308

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Untangling the tangle: Mutant DNA gyrase and Qnr contribute to the high-level of quinolone resistance of Salmonella Typhymurium2024

    • Author(s)
      Pondpan Suwanthada, Siriporn Kongsoi, Mwangala L. Akapelwa, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • Organizer
      GYSS (Global Young Scientists Summit) 2024
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  • [Presentation] デラフロキサシンのらい菌DNAジャイレースに対する作用2023

    • Author(s)
      朴 鐘勲、Suwanthada Pondpan、中島 千絵、鈴木 定彦
    • Organizer
      第96日本ハンセン病学会総会・学術大会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] WQ-3034 & WQ-3154: The New Fluoroquinolones with High Inhibitory Effect against Quinolone-Resistant Salmonella Typhimurium DNA Gyrase2023

    • Author(s)
      Jirachaya Toyting, Nami Ajima, Fuangfa Utrarachkij, Wimonrat Tanomsridachchai, Lawrence P. Belotindos, Pondpan Suwanthada, Thoko Flav Kapalamula, Siriporn Kongsoi, Kentaro Koide, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • Organizer
      ASM Microbe 2023
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interaction Between Qnrb19 And Dna-dna Gyrase Complex Of Salmonella Typhimurium2023

    • Author(s)
      Pondpan, SUWANTHADA, Siriporn, KONGSOI, Jeewan, THAPA, Chie, NAKAJIMA, Yasuhiko, SUZUKI
    • Organizer
      ASM Microbe 2023
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Wide distribution of plasmid mediated quinolone resistance gene, qnrS, among Salmonella spp. isolated from canal water in Thailand2023

    • Author(s)
      Jirachaya Toyting, Neunghatai Supha, Yuwanda Thongpanich, Jeewan Thapa, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki, Fuangfa Utrarachkij
    • Organizer
      8th One Health Lecture Series: Enhance Scientific Collaboration for Healthier Society
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The effect of mfpA encoding pentapeptide repeat protein on the minimum inhibitory concentrations of Levofloxacin in M. avium clinical isolates from Japan2023

    • Author(s)
      Mwangala Lonah Akapelwa, Yuki Ouchi-Aizu, Joseph Yamweka Chizimu, Thoko Flav Kapalamula, Conscilliah Rhombohl Menda, Yukiko Nishiuchi, Yasuhiko Suzuki, Chie Nakajima
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Prevalence of plasmid mediated quinolone resistance genes in Salmonella spp. from canals of Thailand2023

    • Author(s)
      Jirachaya Toyting, Fuangfa Utrarachkij, Neunghatai Supha, Yuwanda Thongpanich, Chie Nakajima, Yasuhiko Suzuki
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Role of quinolone resistance-associated mutations in gyrA of Mycobacterium avium to the fluoroquinolone resistance2023

    • Author(s)
      Jeewan Thapa, Joseph Yamweka Chizimu, Soyoka Kitamura, Mwangala Lonah Akapelwa, Pondpan Suwanthada, Nami Ajima, Jirachaya Toyting, Nakajima Chie, Yasuhiko Suzuki
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Impact of amino acid substitutions in GyrA and QnrB19 on resistance to fluoroquinolone in Salmonella Typhimurium2023

    • Author(s)
      Pondpan SUWANTHADA, Jeewan THAPA, Chie NAKAJIMA, Yasuhiko SUZUKI
    • Organizer
      第96回日本細菌学会総会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Role of quinolone resistance-associated mutations in gyrA of Mycobacterium avium to the fluoroquinolone resistance2022

    • Author(s)
      Jeewan Thapa, Joseph Yamweka Chizimu, Soyoka Kitamura, Mwangala Lonah Akapelwa, Pondpan Suwanthada, Nami Ajima, Jirachaya Toyting, Nakajima Chie, Yasuhiko Suzuki
    • Organizer
      第6回抗酸菌研究会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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