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Structural basis of interorganelle phospholipid transport by the Sfh4-Psd2 complex

Research Project

Project/Area Number 22K06096
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionYamagata University

Principal Investigator

Watanabe Yasunori  山形大学, 理学部, 准教授 (30772636)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsリン脂質輸送タンパク質 / リン脂質輸送 / クライオ電子顕微鏡 / リン脂質合成 / オルガネラ / リン脂質 / 膜分解 / オルガネラ間リン脂質輸送 / 立体構造解析
Outline of Research at the Start

生体膜の成分であるリン脂質の合成は,複数のオルガネラ(細胞小器官)にまたがって行われる。出芽酵母においてリン脂質ホスファチジルエタノールアミンの合成を担う代謝酵素Psd2はエンドソームに局在している。前駆体リン脂質ホスファチジルセリンはリン脂質輸送タンパク質Sfh4により小胞体膜からエンドソーム膜のPsd2のもとへ輸送されることが予想されるが,その機構は不明である。本研究では,オルガネラ間でのSfh4とPsd2によるリン脂質輸送機構解明をめざす。本研究の遂行により,細胞内リン脂質の複雑な交通網を整備する輸送システムの全貌解明に多大な貢献ができる。

Outline of Final Research Achievements

Phospholipid synthesis takes place across multiple organelle membranes. In this study, we aimed to elucidate the mechanism of phospholipid transport by Sfh4 between organelles. Structural analysis of the Sfh4-Pbi1 complex using cryo-electron microscopy revealed that upon binding to Pbi1, Sfh4 undergoes a conformational change that expands its phospholipid-binding pocket. This suggests that binding to Pbi1 enables Sfh4 to transport phospholipids more efficiently.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ヒトの細胞においてもオルガネラ膜間でのリン脂質の輸送が行われることで適切なリン脂質組成が保たれている。本研究成果は出芽酵母におけるリン脂質輸送メカニズムの解明に寄与するものであるが、将来的にはヒトにおけるリン脂質輸送メカニズムの解析を通じて,リン脂質輸送異常により引き起こされる神経疾患等の治療法の開発に貢献できる。

Report

(4 results)
  • 2024 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2025 2024 2023

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for phosphatidylcholine synthesis by bacterial phospholipid N-methyltransferases2025

    • Author(s)
      Watanabe Yasunori、Kumeta Hiroyuki、Watanabe Seiya
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 301 Issue: 5 Pages: 108507-108507

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2025.108507

    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The activation mechanism of Atg15, a vacuolar phospholipase required for the disintegration of organelle membranes2024

    • Author(s)
      Watanabe Yasunori、Suzuki Kuninori
    • Journal Title

      Autophagy

      Volume: - Issue: 8 Pages: 1-2

    • DOI

      10.1080/15548627.2024.2333165

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atg15 is a vacuolar phospholipase that disintegrates organelle membranes2023

    • Author(s)
      Watanabe Yasunori、Iwasaki Yurina、Sasaki Kyoka、Motono Chie、Imai Kenichiro、Suzuki Kuninori
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Issue: 12 Pages: 113567-113567

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.113567

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Activation mechanism of the vacuolar phospholipase Atg152024

    • Author(s)
      Yasunori Watanabe, Yurina Iwasaki, Kyoka Sasaki, Chie Motono, Kenichiro Imai, Kuninori Suzuki
    • Organizer
      Yeast Lipid Conference 2024
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] オルガネラ間リン脂質輸送タンパク質Sfh4-Pbi1複合体のCryo-EM解析2024

    • Author(s)
      宮﨑大地、高橋祐太郎、渡邊康紀
    • Organizer
      第97回日本生化学会大会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 酵母液胞リパーゼAtg15の活性化メカニズム2023

    • Author(s)
      渡邊康紀、岩﨑佑里菜、佐々木杏佳、鈴木邦律
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第89回例会・シンポジウム
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 植物病原菌Agrobacterium tumefaciens由来リシルホスファチジルグリセロール加水分解酵素AcvBの基質認識機構2023

    • Author(s)
      星実津希、渡邊康紀
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第89回例会・シンポジウム
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ホスファチジルセリン輸送タンパク質Sfh4の構造生物学的研究2023

    • Author(s)
      宮﨑大地、高橋祐太郎、渡邊康紀
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第89回例会・シンポジウム
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ホスファチジルコリン生合成を担うリン脂質N-メチル基転移酵素PmtAによる基質認識の構造基盤2023

    • Author(s)
      渡邊康紀、久米田博之
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] リシルホスファチジルグリセロール加水分解酵素AcvBの構造機能解析2023

    • Author(s)
      星実津希、渡邊康紀
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] オルガネラ間リン脂質輸送タンパク質Sfh4の構造機能解析2023

    • Author(s)
      宮﨑大地、高橋祐太郎、渡邊康紀
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2026-01-16  

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