Phylogeography of dipterocarp species based on whole chloroplast genome sequencing
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22K06374
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
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| Research Institution | Ehime University |
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Principal Investigator |
上谷 浩一 愛媛大学, 農学研究科, 准教授 (80638792)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | フタバガキ科 / 東南アジア / 熱帯雨林 / 葉緑体ゲノム / 遺伝的多様性 / 系統地理 / 葉緑体塩基配列 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では，従来の短いDNA配列解析からは不明瞭であったフタバガキ科樹木の分布域形成の歴史を解明するために，これまでに採取したDNAサンプルを使って，フタバガキ科主要3種の葉緑体ゲノムの全塩基配列を決定する。そして，集団ゲノムデータを集団遺伝学的手法によって解析することで，遺伝的多様性の地理的分布を明らかにする。さらに，研究成果を自然集団の遺伝的多様性を考慮した保全に還元することで，生物多様性保全に関連する施策を支援する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では，従来の短いDNA配列解析からは不明瞭であったフタバガキ科樹木の分布域形成の歴史を解明するために，フタバガキ科主要3種の葉緑体全ゲノムデータを解析することで，遺伝的多様性の地理的分布を明らかにする。初年度は，これまでに採取したDNAサンプルの精製および乾燥標本からのDNAの再調整をおこなった。次世代シーケンシング用サンプルの調整に十分なDNA量を満たしていないサンプルが多数あったが，当初の予定していたフタバガキ科主要3種以外の種を含む複数種のDNAサンプルの準備が完了した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
次世代シーケンシング用サンプルの調整に時間がかかったことにより進捗が遅れたが，目的を達成するのにほぼ十分なサンプルを得ることができた。不足するサンプルについては，今年度内に新たな葉サンプルを採取する予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シーケンシング解析によって，フタバガキ科5種の葉緑体全塩基配列を決定する。
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Report
(1 results)
Research Products
(5 results)
