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UFM1修飾を介した小胞体選択的オートファジーの解明

Research Project

Project/Area Number 22K06931
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 49010:Pathological biochemistry-related
Research InstitutionJuntendo University

Principal Investigator

石村 亮輔  順天堂大学, 医学部, 助教 (00816960)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
KeywordsUFM1 / E3 / Alphafold / 小胞体選択的オートファジー / ER-phagy / Ufmylation / CYB5R3
Outline of Research at the Start

UFM1システムはユビキチン様修飾システムの一つであり、基質タンパク質をUFM1修飾することで、基質の機能変換を引き起こす。最近、UFM1システムは小胞体選択的オートファジー(ER-phagy)を誘導することや、UFM1システムの機能異常が小頭症を伴う遺伝性重篤発達障害を引き起こすことが明らかとなった。しかし、ER-phagyや病態発症に関与するUFM1の基質は同定されていない。本研究ではER-phagyを制御するUFM1基質を同定するとともに、UFM1介在性ER-phagyの作用機序を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

ユビキチン様タンパク質(UBL)によるタンパク質修飾は、限られたゲノム情報を増幅し、オートファジーや抗ウイルス経路を含む多様な細胞内プロセスを制御する。UFM1は、UFM1特異的活性化(E1)酵素であるUBA5と高エネルギーのチオエステル結合を形成することにより活性化される。活性化されたUFM1はUFM1特異的結合(E2)酵素であるUFC1に移行し、UFL1、UFBP1、CDK5RAP3からなるUFM1特異的連結(E3)酵素複合体を介して標的タンパク質に共有結合する。UFM1システムはユビキチン様修飾システムの一つであり、基質タンパク質をUFM1修飾することで、基質の機能変換を引き起こす。UFM1システムは、小胞体関連タンパク質分解、小胞体でのリボソーム関連品質管理(ER-RQC)、小胞体のオートファジー(ER-phagy)に関与することが報告されているが、UFM1システムが異なる小胞体関連機能をどのように制御しているかは依然として不明である。今回、我々はAlphafold2(AF2)による構造予測、そしてAF-Multimerによる複合体予測より、UFC1 (E2)、UFL1 (E3 サブユニット) 、UFBP1 (E3サブユニット) 、 CDK5RAP3 (E3調整サブユニット)、UFM1の5者複合体の構造を高い信頼性で予測した。UFM1 連結酵素であるUFL1と小胞体に局在するUFBP1とが安定に複合体を形成すること、その複合体にCDK5RAP3が結合すると小胞体上で翻訳が停止したリボソーム60SのRPL26にUFM1が連結されることを明らかにした。さらに、このUFM1 E3複合体は、UFBP1に含まれるUFM1結合モチーフ(UFIM)を介してUFM1が連結されたRPL26に結合すること、このUFIMを介した結合が小胞体における合成途中のタンパク質分解に必要であることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

UFM1 E3の制御機構についてまとめ学術誌に報告した。

Strategy for Future Research Activity

UFM1の脱化の制御メカニズムについて、構造学的なアプローチと遺伝子改変マウスを用いて解析中である。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Mechanistic insights into the roles of the UFM1 E3 ligase complex in ufmylation and ribosome-associated protein quality control2023

    • Author(s)
      Ishimura Ryosuke、Ito Sota、Mao Gaoxin、Komatsu-Hirota Satoko、Inada Toshifumi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Issue: 33

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh3635

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The UFM1 system regulates ER-phagy through the ufmylation of CYB5R3.2022

    • Author(s)
      Ishimura R, El-Gowily AH, Noshiro D, Komatsu-Hirota S, Ono Y, Shindo M, Hatta T, Abe M, Uemura T, Lee-Okada HC, Mohamed TM, Yokomizo T, Ueno T, Sakimura K, Natsume T, Sorimachi H, Inada T, Waguri S, Noda NN, Komatsu M.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 7857-7857

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35501-0

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] UFM1 E3リガーゼ複合体によるufmylationと翻訳品質管理機構の制御メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      石村 亮輔, 伊藤 壮太, Mao Gaoxin, 小松 聡子, 稲田 利文, 野田 展生, 小松 雅明
    • Organizer
      2023年度日本生化学会関東支部例会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムはCYB5R3のUfmylationを介してER-phagyを制御する2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第75回日本細胞生物学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第5 回「マルチモードオートファジー」班会議・第15 回 オートファジー研究会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムはCYB5R3のUFM1化を介してER-phagyを制御する2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムによるER&-phagy制御ーその異常と遺伝性脳症ー2022

    • Author(s)
      石村亮輔
    • Organizer
      第64回日本小児神経学会学術集会 シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] UFM1システム:Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第30回日本Cell Death学会学術集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第95回 日本生化学会大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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