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Deciphering ER- phagy mediated by ufmylation

Research Project

Project/Area Number 22K06931
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 49010:Pathological biochemistry-related
Research InstitutionJuntendo University

Principal Investigator

Ishimura Ryosuke  順天堂大学, 医学部, 助教 (00816960)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
KeywordsUFM1 / ER-phagy / ER-RQC / Alphafold / E3 / 小胞体選択的オートファジー / Ufmylation / CYB5R3
Outline of Research at the Start

UFM1システムはユビキチン様修飾システムの一つであり、基質タンパク質をUFM1修飾することで、基質の機能変換を引き起こす。最近、UFM1システムは小胞体選択的オートファジー(ER-phagy)を誘導することや、UFM1システムの機能異常が小頭症を伴う遺伝性重篤発達障害を引き起こすことが明らかとなった。しかし、ER-phagyや病態発症に関与するUFM1の基質は同定されていない。本研究ではER-phagyを制御するUFM1基質を同定するとともに、UFM1介在性ER-phagyの作用機序を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we elucidated the molecular mechanism of the ubiquitin-like UFM1 modification system and its physiological significance in neural development and endoplasmic reticulum (ER) function. We identified CYB5R3 as a novel substrate of UFM1 and demonstrated that its UFMylation is essential for degradation via ER-phagy. Furthermore, mice expressing a UFMylation-deficient mutant of CYB5R3 exhibited a microcephaly-like phenotype. Structural prediction using AlphaFold, combined with experimental validation, revealed that the UFM1 E3 ligase complex UFL1-UFBP1-CDK5RAP3 modifies the ribosomal protein RPL26 during ribosome-associated quality control at the ER(ER-RQC), uncovering its underlying molecular mechanism.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究は、UFM1システムによる小胞体恒常性維持機構の全容解明に迫るものであり、小胞体における新たな恒常性維持機構の理解をもたらすものである。特に、UFM1の基質であるCYB5R3が神経発達障害や小児てんかん性脳症と関連することが示され、UFM1経路の破綻が疾患発症の一因となる可能性が示唆された。また、UFM1 E3リガーゼ複合体UFL1-UFBP1-CDK5RAP3の予測構造とその分子基盤を明らかにしたことにより、ER-RQCにおける制御機構への理解が深まった。本成果は、神経発達疾患の分子病態の解明に資するのみならず、将来的には診断・治療標的としての応用も期待される。

Report

(4 results)
  • 2024 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Mechanistic insights into the roles of the UFM1 E3 ligase complex in ufmylation and ribosome-associated protein quality control2023

    • Author(s)
      Ishimura Ryosuke、Ito Sota、Mao Gaoxin、Komatsu-Hirota Satoko、Inada Toshifumi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Issue: 33

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh3635

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The UFM1 system regulates ER-phagy through the ufmylation of CYB5R3.2022

    • Author(s)
      Ishimura R, El-Gowily AH, Noshiro D, Komatsu-Hirota S, Ono Y, Shindo M, Hatta T, Abe M, Uemura T, Lee-Okada HC, Mohamed TM, Yokomizo T, Ueno T, Sakimura K, Natsume T, Sorimachi H, Inada T, Waguri S, Noda NN, Komatsu M.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 7857-7857

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35501-0

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] UFM1 E3リガーゼ複合体によるufmylationとリボソーム品質管理の制御機構2024

    • Author(s)
      石村 亮輔, 伊藤 壮太, Mao Gaoxin, 小松 聡子, 稲田 利文, 野田 展生, 小松 雅明
    • Organizer
      第97回日本生化学会大会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] UFM1 E3リガーゼ複合体によるufmylationと翻訳品質管理機構の制御メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      石村 亮輔, 伊藤 壮太, Mao Gaoxin, 小松 聡子, 稲田 利文, 野田 展生, 小松 雅明
    • Organizer
      2023年度日本生化学会関東支部例会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムはCYB5R3のUfmylationを介してER-phagyを制御する2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第75回日本細胞生物学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1化と翻訳品質管理機構におけるUFM1 E3複合体の役割2023

    • Author(s)
      石村亮輔, 伊藤壮太, Mao Gaoxin, 小松聡子, 稲田利文, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第5 回「マルチモードオートファジー」班会議・第15 回 オートファジー研究会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムはCYB5R3のUFM1化を介してER-phagyを制御する2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第78回学術講演会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] UFM1システムによるER&-phagy制御ーその異常と遺伝性脳症ー2022

    • Author(s)
      石村亮輔
    • Organizer
      第64回日本小児神経学会学術集会 シンポジウム
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      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] UFM1システム:Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 能代大輔, 植村武文, 和栗聡, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第30回日本Cell Death学会学術集会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Alphafold2構造予測からわかったUFM1システムの作動原理2022

    • Author(s)
      石村亮輔, 野田展生, 小松雅明
    • Organizer
      第95回 日本生化学会大会
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      2022 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2026-01-16  

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