Molecular aberrations of micropapillary architecture leading to malignant trait formation in cancer
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22K06947
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 49020:Human pathology-related
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
新井 恵吏 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 准教授 (40446547)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | micropapillary / lung adenocarcinoma / DNA methylation / anoikis / cancer / pathology |
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| Outline of Research at the Start |
微小乳頭状構築をとるがんは、諸臓器で共通してリンパ節・遠隔臓器転移リスクが高く予後不良である。微小乳頭状構築は、アノイキス抵抗性や腫瘍免疫回避を介して転移能亢進に関与すると考えられている。本研究では微小乳頭状構築を有する悪性度の高い肺腺がんに注目し、多数のヒト臨床試料を用いてエピゲノム・ゲノム異常を網羅的・統合的に解析する。マイクロダイセクション手法によって正確に組織を分取し分子異常を比較することで、アノイキス抵抗性や腫瘍免疫回避に関連する微小乳頭状腫瘍の分子異常を見出し、真にがんの悪性形質に関与し診断・治療標的となり得る分子・分子経路を網羅的に同定する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
慶應義塾大学病院で肺摘除術を受けた微小乳頭状成分をもつ肺腺がん症例48例の病理診断後のホルマリン固定パラフィン包埋標本から、微小乳頭状成分(T2)とその背景の通常型腺癌成分(T1)を組織マイクロダイセクション法を用いて相互の混入を避けて分取し、ゲノムDNAを抽出した。2022年度にはうち11例22検体のゲノム網羅的DNAメチル化プロファイルを高密度ビーズアレイ (Infinium MethylationEPIC Kit) によって取得した。
全例全プローブのDNAメチル化率を用いた教師なし階層的クラスター分析と主成分分析では、一部の症例を除き、同症例のT1とT2が近い位置にクラスタされた。通常型腺癌が微小乳頭状性格を獲得する際に生じるDNAメチル化の変化は、個体間の多様性に比して小さいと考えられた。
プローブごとのDNAメチル化率についてT1とT2のWelchの対応なしT検定を行ったが、多重検定における補正を行った上で有意なプローブを確保することができなかった。そこでT1からT2へのDNAメチル化変化が高頻度に観察されるプローブに着目した。プロモーター領域と推定されるプローブにおいて、T2でT1に比してDNAメチル化率が10%以上の亢進を示す症例が6症例以上 (解析症例の半数以上)であったプローブは247プローブであった。このうち、複数プローブに紐づき、多数例で同一方向のDNAメチル化異常が集積する遺伝子として、遺伝子Aを見出した。遺伝子Aは肺がんで発現しているが、低発現群では高発現群に比して予後不良と報告されており、微小乳頭状肺癌の悪性度の高さを説明できる可能性がある。
247プローブが所属する遺伝子について、WebGestaltを用いてエンリッチメント解析を行ったところ、発がんに関わるとしてよく知られた分子経路Aと分子経路Bが挙げられた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
予定症例全てのDNAの抽出を行ったが、担当者(研究組織外)の産休・育休のためマイクロアレイデータ取得が中断した。また予想された結果であるが、同一症例由来の通常型腺癌が微小乳頭状性格を獲得する際に生じるDNAメチル化の変化は個体間の差に比して小さいことが確認され、目的の変化を抽出するには多数データを用いた群間比較以外の手段を用いる必要があった。その条件においてデータ解析方法を検討し、微小乳頭状肺がん形成に関与する候補として遺伝子Aと分子経路A・Bを見出した。
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| Strategy for Future Research Activity |
2023年度に入り担当者が復職したためマイクロアレイデータ解析を進めている。対象例全てのデータを用いて、現在候補としている遺伝子A、分子経路A・Bの関与の可能性を検証すると共に、さらに候補遺伝子・分子経路を見出すために統計学的解析を行う。微小乳頭状肺癌の発生に関与する候補分子のうち、T1とT2で発現が異なると予想される分子は、免疫組織化学等で発現の違いを確認する。
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Report
(1 results)
Research Products
(15 results)
