| Project/Area Number |
22K06988
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 49020:Human pathology-related
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| Research Institution | Aichi Medical University |
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Principal Investigator |
村上 秀樹 愛知医科大学, 愛知医科大学, 客員研究員 (90303619)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
シバスンダラン カルナン 愛知医科大学, 医学部, 講師 (30557096)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
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| Keywords | 悪性胸膜中脾腫 / 高速シーケンサー |
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| Outline of Research at the Start |
悪性胸膜中皮腫の診断にはアスベスト暴露の有無や病変の広がりなどとともに細胞診あるいは生検での組織学的診断が重要である。中皮マーカーが陽性でBAP1の発現消失やCDKN2A/2Bのホモ欠失の検出される典型例以外の症例では診断に苦渋することが少なくない。NF2, LATS2などの遺伝子異常の有無を検索できる免疫組織化学染色法は確立されていない。本研究では分子病理学的手法を用いた悪性胸膜中皮腫診断法の開発と分子サブタイプ特異的な新たな中皮腫マーカーの同定を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は悪性中皮腫の分子病理学的手法を用いた診断法の開発と分子subtype特異的な中皮腫マーカーの同定を目指すものである。
悪性胸膜中皮腫症例(パラフィン切片）よりDNAを抽出し、ターゲットシーケンス（amplicon)を施行したが、ampliconシーケンスでは増幅が難しく十分なリード数得られない領域があった。リード数を得るためには1ラン当たりの件数を減らす必要があり非効率的であった。hybrid capture法によるターゲットシークエンスパネルを構築した。amplicon法では必要DNA量は5 ngであったが、hybrid capture法では50 ng必要であり、DNA量が得られた13症例の解析を施行した。amplicon法として比較してリード数のばらつきが少なく、より広い領域の解析が可能であった。BAP1の遺伝子変異が3例、NF2, TP53の変異が3例、SETD2の変異が2例, SETDB1, TERTプロモーター領域の変異が1例で検出された。BAP1の免疫染色で陰性5例中2例では変異は検出されなかった。胸水セルブロック検体や腫瘍細胞割合の低い生検検体などの小検体での解析可能であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
高速シーケンサーによる遺伝子解析法をamplicon法よりhybrid capture法に変更し、条件検討等に時間を要したため。
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| Strategy for Future Research Activity |
Hybrid capture法により遺伝子解析を解析を行い、molecular subtype分類を行っていく。subtype特異的なマーカーの同定を進めて行く。
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