Elucidation of cancer mutagen by novel signature analysis
Project/Area Number |
22K07164
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 50010:Tumor biology-related
|
Research Institution | Chiba University |
Principal Investigator |
福世 真樹 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (40639085)
|
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大崎 敬子 杏林大学, 医学部, 教授 (90255406)
石川 健 久留米大学, 分子生命科学研究所, 助教 (10554040)
|
Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
|
Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
|
Keywords | 癌 / 変異解析 / シグナチャー解析 / ピロリ菌 / 塩基切り出し型制限酵素 / 変異シグナチャー / 発癌 / 胃癌 |
Outline of Research at the Start |
癌は主要疾患であり,何らかの要因で生じたゲノム変異の蓄積によって発生する.癌ゲ ノム変異の解析によって明らかになる特徴的な変異パターン(=変異シグナチャー)は発 癌の原因となる変異原を反映することが知られている.一方,未だ癌変異原の全貌は不明 であり,これが発癌メカニズムの理解,癌の多様性の克服や予防を阻んでいる.本研究で は新規癌変異原候補の同定を目的として,新規変異シグナチャー解析手法を開発する.さらに 既にこの手法による予備解析を行なって,胃癌の原因細菌であるピロリ菌の持つ塩基切り出し 型制限酵素PabIが変異原候補として挙っており,このPabIが胃癌変異を導入することを実証する.
|
Outline of Annual Research Achievements |
従来の変異シグナチャーの拡張 (A-1)3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し,3塩基パターンから従来の変異シグナチャー解析と同等の結果が得られることを確認した.(A-3)胃癌の5塩基パターン解析からNGTAC配列の濃縮を確認し,当初から注目していた4塩基パターンGTAC(PabI制限酵素の認識配列)が重要であることを再確認した. ピロリ菌の持つPabIファミリー制限酵素の胃癌変異源か? 予備的な解析から胃癌変異源と考えられたピロリ菌の持つ塩基切り出し型制限酵素(PabI)について,(B-1)E.coli T7 Express lysY/Iq株へMK9544株からファージP1での形質導入によってrpsl-Str(R) Kan(R)-rpslStr(S)を導入し,PabI発現プラスミドを導入したNT122株を作成した.この系ではrpsL遺伝子に起こった変異をストレプトマイシンでカウンターセレクション可能である.この系を用いて変異導入実験を行ったところ,IPTGによる変異導入(PabI発現)によって変異率が2桁弱上昇していることが明らかになった.(B-2)この株を用いて変異導入後にストレプトマイシン処理後にサンプルを回収しrpsL遺伝子領域のアンプリコンシーケンスを行った.(A-2)このシーケンシングデータについて変異解析を行った後,(A-1)で作成したプログラムを用いて4塩基パターン解析を行ったが,PabI発現の有無によるGTACパターンの有意な濃縮は見られなかった.
|
Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
従来の変異シグナチャーの拡張については,当初の計画通りに3~7塩基パターンの癌変異中の濃縮を求めるプログラムを作成し従来の変異シグナチャー解析と結果に相違がないことを確認しただけでなく,翌年度の(A-3)についても予備的な結果が出ており順調に進んでいる. 一方,ピロリ菌の持つPabI制限酵素が胃癌変異源であるかの立証については,予定通りに系の構築,変異導入実験,解析を行うことが出来たが,思うように変異が得られなかった.こちらに関してはまさに研究計画時に予想されていた問題点であり,予定通り(B-3)全ゲノム解析と(B-4)系の改良によって解決すれば問題ないと考えられる.
|
Strategy for Future Research Activity |
2023年度はPabI変異生成実験については予定通り(B-3)全ゲノム解析を行うと共に,(B-4)PabI変異生成系の改良について,前倒しで取り掛かる.また,(A-3)新規癌変異シグナチャー解析手法を用いた全癌変異解析についても2022年度に予備的な結果が出た胃癌だけでなく,全癌種に探索の幅を広げて解析を行い,変異誘導源の探索を行う.
|
Report
(1 results)
Research Products
(25 results)
-
-
-
-
[Journal Article] Repression of DERL3 via DNA methylation by Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 in nasopharyngeal carcinoma2022
Author(s)
Kondo S, Okabe A, Nakagawa T, Matsusaka K, Fukuyo M, Rahmutulla B, Dochi H, Mizokami H, Kitagawa Y, Kurokawa T, Mima M, Endo K, Sugimoto H, Wakisaka N, Misawa K, Yoshizaki T, Kaneda A.
-
Journal Title
Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Basis of Disease
Volume: 1869(2)
Issue: 2
Pages: 166598-166598
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
[Journal Article] Proteogenomic landscape and clinical characterization of GH-producing pituitary adenomas/somatotroph pituitary neuroendocrine tumors2022
Author(s)
Yamato A,Nagano H,Gao Y,Matsuda T,Hashimoto N,Nakayama A,Yamagata K,Yokoyama M,Gong Y,Shi X,Zhahara N,Kono T,Taki Y,Furuki N,Nishimura M,Horiguchi K,Iwadate Y,Fukuyo M,Rahmutulla B,Kaneda A,Hasegawa Y,Kawashima Y,Ohara O,Ishikawa T,Kawakami E,Nakamura Y,Inoshita N,Yamada S,Fukuhara N,Nishioka H,Tanaka T
-
Journal Title
Communications Biology
Volume: 5
Issue: 1
Pages: 1304-1304
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
[Journal Article] Characteristic DNA methylation profiles of chorionic villi in recurrent miscarriage2022
Author(s)
Matsumoto Y, Shinjo K, Mase S, Fukuyo M, Aoki K, Ozawa F, Yoshihara H, Goto S, Kitaori T, Ozaki Y, Takahashi S, Kaneda A, Sugiura-Ogasawara M, Kondo Y.
-
Journal Title
Scientific Reports
Volume: 12
Issue: 1
Pages: 11673-11673
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Epigenetic activation of regions surrounding HPV integrated sites contributes to tumorigenesis of HNSCC2022
Author(s)
Masato Mima, Atsushi Okabe, Takuya Nakagawa, Tomoya Kurokawa, Satoru Kondo, Harue Mizokami, Masaki Fukuyo, Bhityar R. Nawai, Takayuki Hoshii, Kiyoshi Misawa, Atsushi Kaneda
Organizer
第81回日本癌学会学術総会
Related Report
-
-
-
-
-