| Project/Area Number |
22K07192
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50010:Tumor biology-related
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| Research Institution | Gunma University |
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Principal Investigator |
斉藤 秀幸 群馬大学, 医学部附属病院, 医員 (10826233)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748)
長山 聡 京都大学, 医学研究科, 客員研究員 (70362499)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 大腸癌遠隔転移 / 遺伝子発現 / 空間的遺伝子発現分布 / がん微小環境 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では大腸癌原発巣と遠隔転移巣とのがん微小環境の相違点について、FFPE用でスポット毎に遺伝子を包括的に hybridization させる Visium と凍結検体用でスポット毎に RNA-seq を行う Visium を用いて比較して解析する。①転移巣特異的に、がん細胞と共存し重要な役割を担う細胞を特定し、②治療標的となり得る遺伝子を同定する。更に③同定した転移ドライバー候補遺伝子の発現と有意に相関するエンハンサー領域をscGEX-ATAC-Seq の結果に基づいて同定する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的はがん遠隔転移の原理を理解することである。大腸癌原発巣と転移巣の空間位置情報を維持しながら遺伝子発現変動を解析する研究計画を立てている。
本年度はまず大腸癌原発巣と転移巣の凍結サンプルから遺伝子発現情報の抽出を試みた。63症例、293サンプルの大腸癌原発巣および遠隔転移巣の組織片から、total RNA抽出を試みた。現在実験途中であるが、これらから得られる情報を元に、VISIUMによる空間情報を付加した遺伝子解析への足がかりとする予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
既存の凍結サンプルからRNA抽出を行い、研究計画の仮説を構築する予定であった。現在も実験途中であるが良好なRNA抽出に難渋している。
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| Strategy for Future Research Activity |
FFPE標本によるVISIUM解析を予定している。現在着手している既存サンプルによるRNA抽出の成否に関わらず、解析に適すると考えられる症例を選定し、計画を進めていく予定である。
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