| Project/Area Number |
22K07192
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50010:Tumor biology-related
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| Research Institution | 独立行政法人国立病院機構高崎総合医療センター(臨床研究部) (2023)
Gunma University (2022) |
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Principal Investigator |
斉藤 秀幸 独立行政法人国立病院機構高崎総合医療センター(臨床研究部), 臨床研究部, 外科 医師 (10826233)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748)
長山 聡 京都大学, 医学研究科, 客員研究員 (70362499)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 大腸癌遠隔転移 / 遺伝子発現 / 空間的遺伝子発現分布 / がん微小環境 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では大腸癌原発巣と遠隔転移巣とのがん微小環境の相違点について、FFPE用でスポット毎に遺伝子を包括的に hybridization させる Visium と凍結検体用でスポット毎に RNA-seq を行う Visium を用いて比較して解析する。①転移巣特異的に、がん細胞と共存し重要な役割を担う細胞を特定し、②治療標的となり得る遺伝子を同定する。更に③同定した転移ドライバー候補遺伝子の発現と有意に相関するエンハンサー領域をscGEX-ATAC-Seq の結果に基づいて同定する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
大腸癌における転移巣を形成するがん微小環境を探求する研究計画である。先行研究において見いだした、転移巣での癌免疫疲弊の存在に加え、遺伝子発現制御機構に着目した新たな知見を求めている。
本研究の軸として、エンハンサー活性に着目している。癌原発巣と癌転移巣では遺伝子変異の有無はあまり差がないことは我々の先行研究で明らかにしている。しかしながら癌転移巣は実臨床において往々に原発巣と異なった振る舞いをする。その差異が異常タンパクの生成ではなく、遺伝子発現制御機構にあるとの仮説をもち、遺伝子発現制御に関わるエンハンサーを研究対象と考えた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
現段階では、エンハンサーの癌細胞における活性機構を、まず細胞株レベルで解析した。NET-CAGE法という新生鎖RNAを抽出する技術を用いて、計35細胞株のRNA解析を実践した。RNAのうちenhancer RNAのみを抽出するストラテジーを構築し、35細胞株で計99340領域の活性化エンハンサーを同定した。これはこれまで報告のない結果であり、癌におけるエンハンサーの活性化マップと言える。これらの情報を用いて、癌転移巣でのエンハンサー活性を今後評価していく予定である。
大腸癌転移巣臨床検体は保有しているが、組織からのNET-CAGE解析に苦慮しており、進捗が遅れている状況である。
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| Strategy for Future Research Activity |
サンプル数を多く設定し計画を考えていたが、RNA抽出がうまく行かないことが続いている。良質なサンプルにターゲットを絞って、解析を進めていく。
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