Development of biomarkers for gender dysphoria based on the fluctuation of establishment of sex-specific epigenetic signature.
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22K07583
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 52030:Psychiatry-related
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| Research Institution | Kumamoto University |
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Principal Investigator |
仲地 ゆたか 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 助教 (10522097)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
金沢 徹文 大阪医科薬科大学, 医学部, 教授 (20534100)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 性別違和 / DNAメチル化 / 性別不合 / エピジェネティクス / バイオマーカー |
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| Outline of Research at the Start |
性別違和 (Gender dysphoria, 以下GD) は心と身体の性別の不一致から抑圧された状態にある。しかしGDは生物学的機序が示唆されながら、迅速診断に有用なバイオマーカーは同定されていない。本研究では性分化に伴い確立されるエピゲノム状態がGDでは顕著な性的二型を示さずグラデーションのような「ゆらぎ」があるとの仮説をたて、GD当事者と一般集団との比較からその仮説検証とマーカー開発に資するGD特異的エピゲノム情報の基盤構築をおこない、GDマーカーとして有用な性特異的DNAメチル化領域候補を集約して数式モデル化を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
性別違和（Gender dysphoria、以下GD）は性同一性障害・性別不合とも呼ばれ、その当事者は心と身体の性別の不一致から抑圧された状態に置かれている。しかしGDは生物学的機序が示唆されながら、迅速診断に有用なバイオマーカーは同定されていない。本研究では、性分化の過程で確立されるエピゲノム動態において、顕著な性的二型を示さずグラデーションのように非定型な「ゆらぎ」をもつ領域があり、そのなかにGDに特徴的なゆらぎを示す領域が存在するという仮説をたて、その仮説の検証とバイオマーカー開発の情報基盤構築を目的としている。GD当事者と一般集団との比較からその仮説検証とマーカー開発に資するGD特異的エピゲノム情報の基盤構築をおこない、GDマーカーとなりうる性特異的DNAメチル化領域候補を集約して数式モデル化を目指し研究を進めている。初年度は大阪医科薬科大学にてGD当事者の同意のもとで収集されたGD当事者由来の末梢血ゲノムDNA5例をもちいて、バイサルファイト変換によるDNAメチル化状態の検出を実施した。現在得られている結果はサンプル数も少ないことから予備的検討の段階であり統計的有意性を議論するには時期尚早ではあるが、生物学的な妥当性などを含め現在詳細な検討をおこなっている。第44回日本生物学的精神医学会年会（2022年11月5日東京都千代田区）およびGID（性同一性障害）学会第24回研究大会（2023年3月26日山梨県富士吉田市）において研究発表をおこなった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度（2022年度）における進捗は以下のとおりである。大阪医科薬科大学にてGD当事者の同意のもとで収集されたGD当事者由来の末梢血ゲノムDNA5例をもちいて、バイサルファイト変換によるDNAメチル化状態の検出を実施した。検出にはイルミナ社のInfinium MethylationEPIC BeadChipを利用し、約85万ヶ所のCpG座位におけるDNAメチル化率を計測した。統計解析環境R上でDNAメチル化データの品質チェックと数値化、SNPとの重複座位およびヘテルアリル領域の推定座位などを除外して、非当事者データとの比較をおこなった（minfiおよびlimmaライブラリを使用）。現在得られている結果はサンプル数も少ないことから予備的検討の段階であり統計的有意性を議論するには時期尚早ではあるが、GD群で特徴的なDNAメチル化を示すとみられるシトシン座位を同定しており、GO解析でも神経発生などに関する遺伝子の内部または近傍にある座位に高頻度で検出されていた。これらの解析を踏まえて生物学的な妥当性などを含め現在詳細な検討をおこなっている。以上の予備解析の結果も含めて、第44回日本生物学的精神医学会年会（BPCNPNPPP4学会合同年会、2022年11月5日、東京都千代田区）およびGID（性同一性障害）学会第24回研究大会（2023年3月26日、山梨県富士吉田市）において研究発表をおこなった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はGD当事者サンプルを増やした形での解析を目指すと共に、比較対象となる非GD群のデータとして東北メディカルメガバンクiMethyl（imethyl.iwate-megabank.org）で公開されている日本人集団約100名規模の血液細胞由来DNAメチル化データや、国内外で過去におこなわれたDNAメチル化データ（Gatev et al.など）を利用して、非GD群を含む全ゲノムレベルでDNAメチル化状態に性差をしめす性特異的DNAメチル化領域セットを作成する。この領域セットを対照群としてGD当事者のDNAメチル化状態データを比較し、GD特異的な「ゆらぎ」の検証とそのDNAメチル化領域候補を同定する。得られたDNAメチル化領域候補から、ゲノム配列情報や頻度の高い多型領域など解析上注意すべき例外領域を除外するため、必要に応じてゲノムDNAやバイサルファイト変換DNAをサンガー法などで配列確認をおこなう。最終的に得られたGD特異的DNAメチル化領域をもちいて、バイオマーカー候補として期待されるDNAメチル化領域の選定をおこない、GD当事者の臨床情報と組み合わせた数式モデル開発をおこなう。
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Report
(1 results)
Research Products
(2 results)
