Identification and characterization of immune disease risk genes by the integration of GWAS and eQTL

• Project/Area Number: 22K08538
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 54020:Connective tissue disease and allergy-related
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 永渕 泰雄 東京大学, 医学部附属病院, 特任助教 (20792279)
• Project Period (FY): 2022-04-01 – 2024-03-31
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2024: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000); Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2022: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
• Keywords: 免疫疾患 / ゲノム

Outline of Research at the Start

本研究では、免疫疾患の遺伝子ゲノムデータ(GWASデータ)と、免疫細胞における遺伝子と遺伝子発現の関連解析であるeQTLのデータとを統合することで、免疫疾患の原因遺伝子の候補を網羅的に明らかにし、さらに免疫学的な機能解析によってその作用機序を詳細に調べる。本研究は、免疫疾患の原因遺伝子の同定によって、免疫疾患の病態解明のみならず、新規の治療標的の発見にも結びつく可能性がある。

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、免疫疾患の遺伝子ゲノムデータ(GWASデータ)と、免疫細胞における遺伝子と遺伝子発現の関連解析であるeQTLのデータとを統合することで、免疫疾患の原因遺伝子の候補を網羅的に明らかにし、さらに免疫学的な機能解析によってその作用機序を詳細に調べることである。本研究の対象として、関節リウマチ(RA)、SLE、全身性強皮症(SSc)のような全身性の免疫疾患(膠原病・リウマチ性疾患)のみならず、多発性硬化症、炎症性腸疾患などの臓器特異的な免疫疾患をも対象に含めた。免疫疾患のGWASデータとImmuNexUTの28免疫細胞種eQTLデータとのcolocalization解析を実施し、同一の原因バリアントによってGWASとeQTLが制御されている可能性が高い、原因バリアントと原因遺伝子(eQTLによって制御されるeGene)の組み合わせの候補リストを作成した。培養レポーター細胞による原因遺伝子候補のスクリーニング機能解析を実施し、新規の遺伝子を含む機能的な遺伝子を同定した。