| Project/Area Number |
22K08539
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 54020:Connective tissue disease and allergy-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
神田 浩子 東京大学, 医学部附属病院, 准教授 (00345208)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
立石 晶子 東京大学, 保健・健康推進本部, 助教 (00897275)
大久保 ゆかり 東京医科大学, 医学部, 教授 (40233530)
土屋 遥香 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (50868560)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | 乾癬性関節炎 / 掌蹠膿疱症性骨関節炎 / シングルセル解析 |
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| Outline of Research at the Start |
乾癬性関節炎および掌蹠膿疱症性骨関節炎は、ともに皮膚症状と関節病変を呈し、特定の分子を抑制する生物学的製剤にある一定の効果を示す疾患である。しかし、生物学的製剤の種類により有効性が違うことから、異なる病態の存在が推定される。両者の病態解明のために、本研究では、末梢関節炎を呈しているこの２疾患を対象に、末梢血および関節炎局所の細胞を用いて、シングルセルRNA解析によりトランスクリプトームを取得し、臨床情報と統合することで、両者の病態解明および個別化治療の構築を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、令和4年度には、乾癬性関節炎（Psoriatic arthritis: PsA）や掌蹠膿疱症性骨関節炎（Pustulotic arthro-osteitis: PAO、欧米ではSAPHO syndrome）と診断された患者から研究内容に関して文書説明と同意を取得し、関節滑膜および末梢血からシングルセルライブラリーの調整を行った。令和5年度は、このライブラリーを用いて次世代シーケンサ―NovaSeq 6000（Illumina）による150 bp pair end sequenceを実施した。Cell Ragerを用いて得られたリードデータをリファレンス配列上にマッピングし、Seuratによりクオリティコントロールを実施し、低品質細胞やダブレットを除外した。更に、サンプル間のバッチエフェクトを除去し、Uniform Manifold Approximation and Projection（UMAP）上で細胞のクラスターを同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
令和5年度は、1）次世代シーケンス、2）シーケンスデータの解析を目標としており、上述の如く当初の目標を達成した。令和4年度に生細胞の分取からシングルセルライブラリーの調整までの実験プロトコルを改善したことによりコストを削減し、令和5年度の次世代シーケンスにおいて、1細胞あたりのシーケンス深度を十分に担保できた。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和6年度は、次世代シーケンスデータと、サンプル収集時の臨床情報（年齢・性別・疾患活動性評価指標・身体機能障害評価指標等）および前向きに取得する臨床情報を統合的に解析し、臨床診断（PsAとPAO）や罹患関節（体軸病変と末梢病変）、治療反応性による細胞分画の差異を比較する。また、自験データと公共データを統合することにより、健常人や他疾患との比較解析を行う。
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