Klebsiella variicola感染症の臨床像と遺伝学的特徴に関する研究
Project/Area Number |
22K08576
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 54030:Infectious disease medicine-related
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
原田 壮平 東京大学, 医学部附属病院, 講師 (30591630)
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Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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Keywords | Klebsiella variicola / 血流感染症 / 全ゲノム解析 / 病原遺伝子 / MLST |
Outline of Research at the Start |
本研究はヒト感染症の重要な病原体として広く知られているKlebsiella pneumoniaeの近縁種であるKlebsiella variicolaが起こす感染症の特徴、ヒトに対する病原性の高さ、抗菌薬に対する抵抗性の高さなどについて詳しく調べることを目的にしています。この研究の結果は、将来、Klebsiella variicolaに感染した患者さんの診断や治療のために役立つことが期待されます。
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Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題の遂行において、MALDI-TOFによるKlebsiella variicolaの菌種同定の正確性が高いことが前提となるため、その検証を行った。東京大学医学部附属病院において2019年1月から2021年11月に血液培養から検出され、MALDI-TOF(MALDI Biotyper)でKlebsiella pneumoniaeあるいはK. variicolaと同定された83株を用いて検討したところ、MALDI BiotyperによるK. vaciicola(26株)の同定は、library version 9を用いることにより、遺伝学的な同定法(Multiplex PCRあるいは全ゲノム解析)と同等の精度が得られることを確認した(PMID: 36125293)。また、webツール(MALDI TypeR)の併用により、K. pneumoniaeのその他の類縁種や亜種の同定が可能であることも確認した。 続いて、2010年から2018年に東京大学医学部附属病院で血液培養から検出されK. pneumoniaeと同定された452株について、MALDI Biotyper(library version 9)およびMALDI TypeRによる菌種同定を実施し、77株のK. variicola菌株を得た。これらのうち27株についてMiSeq(illumina)を用いた全ゲノム解析を実施し、これらすべての菌株がK. variicola subsp. variicolaであることを確認した。また、multilocus sequence typingによりこれらの菌株の遺伝学的背景は多様であることを確認するとともに、2株がK. pneumoniaeの高病原性と関連するとされる高粘稠性関連遺伝子(rmpA)やシデロフォア関連遺伝子(iro, ybt)を保有していたことを確認した。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
計画していた多施設臨床研究の倫理委員会承認が現在まで得られていない点は計画から遅れている点である。一方で、研究課題の遂行の前提となる解析は完了の上で論文発表し、また、多施設臨床研究の自施設の菌株解析部分については患者個人情報に触れない形で一部先行実施し、完遂した。
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Strategy for Future Research Activity |
多施設臨床研究について倫理委員会の承認を得た上で、患者情報の収集を行い、その結果も踏まえた上でK. variicolaの全ゲノム解析の追加対象株を選定、実施する。
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Report
(1 results)
Research Products
(2 results)