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Establishment and clinical application of CSF liquid biopsy using long-read next-generation sequencer.

Research Project

Project/Area Number 22K09227
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 56010:Neurosurgery-related
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

足立 明彦  千葉大学, 大学院医学研究院, 特任助教 (60758407)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川島 友莉  広島大学, 原爆放射線医科学研究所, 特任助教 (40981741)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsリキッドバイオプシー / 体液生検 / 髄液 / ロングリード次世代シーケンサー / 類上皮性膠芽腫 / BRAF V600E / 軟髄膜黒色腫症 / NRAS / 感染症 / 脳腫瘍
Outline of Research at the Start

脳外科臨床において、一般検査や画像検査のみで診断の付かない病態が存在する。髄膜炎・脳炎や占拠性(腫瘤性・嚢胞性・播種性)病変の確定診断のために、穿頭や開頭での生検など侵襲的処置を要したり、Gram染色や細胞診で病態が分からない場合、各種培養や短鎖NGSを用いた配列解析に時間が掛かることがある。本研究では主に感染症および腫瘍を標的とし、長鎖NGSを用い脳脊髄液を解析することで以下を行う。
① 病原体および腫瘍病名の迅速かつ正確な診断を行えることを証明する。
② 感染症では診断に必要な病原体特異的な配列データを集積する。
③ 腫瘍症例においては既存の短鎖NGSで解析困難であった染色体構造異常を検出する。

Outline of Annual Research Achievements

2024年度は本研究の対象となる患者に遭遇しなかったため、検体の収集が期待したようには進展しませんでした。しかしながら、引き続き本研究では県内外の複数の施設と協力し、また、他の医療機関の参加も積極的に促進していく方針です。この取り組みにより、より多くの患者へのアクセスが可能となり、より多くのデータが収集され、結果として研究の信頼性と有用性が向上することが期待されます。
研究開始時に設定された目標に基づき、本研究では脳外科臨床における診断の難題-従来の一般的な検査や画像検査では明確な診断が得られない場合-に対処することを目指しています。
本研究では、感染症や腫瘍などの特定の疾患を対象に、ロングリード次世代シーケンサーを用いて脳脊髄液を解析することで、以下の目標を達成しようとしています。第一に、迅速かつ正確な診断を提供し、患者の早期治療に貢献すること。第二に、感染症に関しては病原体特異的な配列データを蓄積し、診断の迅速化および正確性向上に寄与すること。第三に、腫瘍症例においては、従来の短鎖NGSでは困難であった染色体構造異常の検出を可能にすること。
これらの目標を達成するために、今後も我々の研究チームは積極的に新たな患者検体の収集に結びつくよう、他施設との協力を強化していく予定です。また更に、研究結果の臨床応用に向けて、積極的に情報発信を行い、医療現場への普及を図っていくことを目指してゆきます。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

本研究の組み入れ基準にあう対象患者が生じなかった故。

Strategy for Future Research Activity

引き続き長鎖シーケンスに必要なDNA量を抽出できる腫瘍性ないし感染性の髄膜炎患者症例のリクルートを目指す。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] [Case Report] Unintended advancement of ventricular catheter during external ventricular drainage placed via the occipital route: report of two cases2023

    • Author(s)
      Sakata Marina, Kawashima Yuri, Adachi Akihiko, Adachi Kosuke, Furukawa Yuya, Yoneyama-Sarnecky Tomoko, Nakamura Michio
    • Journal Title

      Chiba medical journal

      Volume: 99E Issue: 5-6 Pages: 51-56

    • DOI

      10.20776/S03035476-99E-5-P51

    • URL

      https://opac.ll.chiba-u.jp/da/curator/900121961/

    • Year and Date
      2023-12-10
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Pseudoleukocoria2023

    • Author(s)
      Kawashima Yuri、Adachi Akihiko
    • Journal Title

      Pediatrics International

      Volume: 65 Issue: 1

    • DOI

      10.1111/ped.15600

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 髄液リキッドバイオプシー2022

    • Author(s)
      足立明彦
    • Journal Title

      月刊メディカル・サイエンス・ダイジェスト

      Volume: 48(9)

    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Remarks] Science Japan

    • URL

      https://sj.jst.go.jp/news/202312/n1221-02k.html

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 子供の写真で白い瞳に気付いたらどうすべきか?

    • URL

      https://www.cn.chiba-u.jp/news/230824/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 動画で健常児が白色瞳孔を呈するメカニズムを世界で初めて報告

    • URL

      https://www.chiba-u.jp/news/research-collab/post_59.html

    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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