• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Chemoproteomics and molecular dynamics simulation-based drug discovery platforms for chemoprevention

Research Project

Project/Area Number 22K10489
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
Research InstitutionKyoto Prefectural University of Medicine

Principal Investigator

渡邉 元樹  京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (40723581)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 亀田 倫史  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 情報・人間工学領域, 上級主任研究員 (40415774)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Keywordsがん予防 / セサミノール / ペリリルアルコール / ケモプロテオミクス / 分子動力学シミュレーション / 天然化合物 / がん予防学 / がん腫瘍学 / 食品成分
Outline of Research at the Start

世界的にみても、これまでに実践的ながん予防創薬法を確立した例がないのが現状である。本研究課題は、ケモプロテオミクスを用いて、がん予防標的分子を明らかにすると同時に、スーパーコンピューターを用いた、タンパク質-化合物の結合予測スクリーニングの先端技術(分子動力学シミュレーション)を取り入れることで、がん予防創薬に必要なヒット化合物を一挙に得ることが可能となり、得られたヒット化合物を最適化することで、迅速かつ効率的にリード化合物を見出すことを目標とする。以上の創薬戦略は、がん化学予防の社会実装を視野に入れた、世界的にみても類を見ない全く新しい独自のがん予防創薬基盤の創製になりうるものと考えている。

Outline of Annual Research Achievements

初年度はケモプロテオミクスの手法により、がん予防物質として期待されるゴマ油含有成分sesaminolとシソやハーブの含有成分perillyl alcohol (POH)に共通に結合する標的タンパク質として、ribosomal protein S5 (RPS5)を同定し、①siRNAを用いたRPS5の発現枯渇実験や、②公共データベースを用いたRPS5の発現量とがん患者の予後の相関性解析、③スーパーコンピューターを用いた、RPS5とsesaminolやPOHとのドッキングシミュレーションといった多様な角度から、RPS5の機能解析を行い、RPS5が腫瘍抑制のための標的分子となりうる新規の知見を示した。引き続いて、本年度は、sesaminol及びPOHの、もう一つの共通の結合タンパク質として同定したadenine nucleotide translocase 2 (ANT2)にフォーカスして解析を進めた。ANT2はミトコンドリア内膜タンパク質として知られる一方、既に乳がん等のがんにおいて高発現しているがん関連タンパク質としても報告されている。そこで今回、我々はエストロゲンレセプター(ERα)陽性ヒト乳がん細胞株を用いて、ANT2の機能解析を行った。siRNAによるANT2の発現枯渇により、ERαの下方制御とともに、細胞増殖抑制効果を認めた。さらにANT2リガンドであるPOHも同様に、濃度及び時間依存性にERαを下方制御するとともに細胞増殖を抑制した。さらに2種のホルモン療法耐性乳がん細胞株(タモキシフェン耐性株及びフルベストラント耐性株)に対しても、POHは著明な増殖抑制効果を示した。以上の結果は、POH含む、ANT2リガンドによるANT2標的治療が、ERα陽性乳がんの薬剤耐性を解除する臨床応用性を期待させる新規発見である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

抗腫瘍性天然化合物sesaminolとPOHの共通の標的タンパク質として初年度に同定したRPS5に加え、今年度はもうひとつの両化合物共通の標的タンパク質のANT2の機能解析に注力し、ANT2を標的にすることで、ホルモン療法耐性乳がんの耐性克服につながる可能性を示した。RPS5とともに、ANT2という、おそらく既存のゲノミクス的アプローチでは得られないであろう新たながんの標的分子の同定に成功したことで、本研究のオリジナルコンセプトである「ケモプロテオミクスによるがん予防創薬基盤」が確立されつつあり、当初の計画通り、プロジェクトは順調に進捗しているものと考える。

Strategy for Future Research Activity

最終年度は当初の計画通り、①In silico化合物スクリーニング:sesaminol及びPOHと、それらの共通の結合タンパク質として同定したRPS5及びANT2との結合様式と類似の様式を取りうる他の化合物を、天然化合物や既存医薬品の公共データベースの中から、スーパーコンピューターを用いて探索する。②In vitro実験:①におけるヒット化合物が実際に抗腫瘍効果を発揮するかどうかについて、また実際にRPS5やANT2に直接結合するかどうかについて、細胞分子生物学的実験及びケモプロテオミクスの手法により検証する。③In vivo実験:ヒット化合物のがん予防効果について、APCmin変異大腸がんモデルマウスを用いて、ポリープ形成能について概念検証する。以上の通り、In silico/In vitro/In vivoの実験系が三位一体となった異分野融合型の独創的なアプローチにより、将来的に真に実行可能ながん予防の先制医療実現のためのがん予防創薬基盤の構築を目指す。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Induction of <i>MYCN</i>-amplified neuro­blastoma differentiation through NMYC suppression using PPAR-γ antagonist2023

    • Author(s)
      Yukako Nakao-Ise, Takumi Narita, Shingo Miyamoto, Motoki Watanabe, Takuji Tanaka, Yoshihiro Sowa, Yosuke Iizumi, Mitsuharu Masuda, Gen Fujii, Yasuko Hirai, Toshimasa Nakao, Hideki Takakura, Michihiro Mutoh
    • Journal Title

      Journal of Clinical Biochemistry and Nutrition

      Volume: 73 Issue: 3 Pages: 191-197

    • DOI

      10.3164/jcbn.23-28

    • ISSN
      0912-0009, 1880-5086
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] コーヒー成分の大腸がん予防のメカニズムについて2023

    • Author(s)
      渡邉 元樹
    • Journal Title

      食と医療

      Volume: 27 Pages: 22-31

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] A chemoproteoinformatics approach demonstrates that aspirin increases sensitivity to MEK inhibition by directly binding to RPS52022

    • Author(s)
      Watanabe Motoki、Boku Shogen、Kobayashi Kaito、Kurumida Yoichi、Sukeno Mamiko、Masuda Mitsuharu、Mizushima Katsura、Kato Chikage、Iizumi Yosuke、Hirota Kiichi、Naito Yuji、Mutoh Michihiro、Kameda Tomoshi、Sakai Toshiyuki
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Issue: 2

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac059

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Stabilization of CDK6 by ribosomal protein uS7, a target protein of the natural product fucoxanthinol2022

    • Author(s)
      Iizumi Yosuke, Sowa Yoshihiro, Goi Wakana, Aono Yuichi, Watanabe Motoki, Kurumida Yoichi, Kameda Tomoshi, Akaji Kenichi, Kitagawa Masatoshi, Sakai Toshiyuki.
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 564-564

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03522-6

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Citrus limon L.-Derived Nanovesicles Show an Inhibitory Effect on Cell Growth in p53-Inactivated Colorectal Cancer Cells via the Macropinocytosis Pathway2022

    • Author(s)
      Takakura Hideki、Nakao Toshimasa、Narita Takumi、Horinaka Mano、Nakao-Ise Yukako、Yamamoto Tetsushi、Iizumi Yosuke、Watanabe Motoki、Sowa Yoshihiro、Oda Keisuke、Mori Nobuhiro、Sakai Toshiyuki、Mutoh Michihiro
    • Journal Title

      Biomedicines

      Volume: 10 Issue: 6 Pages: 1352-1352

    • DOI

      10.3390/biomedicines10061352

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 植物由来エクソソーム様ナノ小胞の新規大腸癌予防食品としての応用へ向けた検討2024

    • Author(s)
      髙倉英樹, 小田啓祐, 中尾俊雅, 成田匠, 堀中真野, 中尾-伊勢由佳子, 山本哲志, 飯泉陽介, 渡邉元樹, 曽和義広, 酒井敏行, 武藤倫弘, 森信博
    • Organizer
      日本薬学会第144年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] OH基が一つあれば、化合物の標的タンパク質を同定できる手法の開発2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 後居和佳奈, 青野裕一, 渡邉元樹, 来見田遥一, 亀田倫史, 赤路健一, 北川雅敏, 酒井敏行
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第17回年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] OH基を有する抗がん物質の標的タンパク質同定法の開発2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 青野裕一, 渡邉元樹, 酒井敏行
    • Organizer
      第27回日本がん分子標的治療学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ケモプロテオミクスによるMEK阻害剤の細胞死誘導抵抗性機構の解明と新規標的分子RPS5の発見2023

    • Author(s)
      渡邉元樹, 朴将源, 加藤千翔, 飯泉陽介, 酒井敏行
    • Organizer
      第27回日本がん分子標的治療学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] OH基を有する天然物質の標的タンパク質同定法の開発と抗がんメカニズムの解明2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 後居和佳奈, 青野裕一, 渡邉元樹, 来見田遥一, 亀田倫史, 赤路健一, 北川雅敏, 酒井敏行
    • Organizer
      第82回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] OH基を有する化合物全般に使える標的タンパク質同定法の開発2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 後居和佳奈, 青野裕一, 渡邉元樹, 来見田遥一, 亀田倫史, 赤路健一, 北川雅敏, 酒井敏行
    • Organizer
      第28回日本フードファクター学会学術集会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] A chemoproteoinformatics approach demonstrates that aspirin increases sensitivity to MEK inhibition by directly binding to RPS52023

    • Author(s)
      Shogen Boku, Motoki Watanabe, Tomoshi Kameda
    • Organizer
      The 6th International Cancer Research Symposium
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] OH基を有する化合物の標的タンパク質同定法の開発と作用機序解明2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 後居和佳奈, 青野裕一, 渡邉元樹, 来見田遥一, 亀田倫史, 赤路健一, 北川雅敏, 酒井敏行
    • Organizer
      第22回分子予防環境医学研究会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] OH基を有する化合物の標的タンパク質同定法の開発と抗がん作用の機序解明2023

    • Author(s)
      飯泉陽介, 曽和義広, 後居和佳奈, 青野裕一, 渡邉元樹, 来見田遥一, 亀田倫史, 赤路健一, 北川雅敏, 酒井敏行
    • Organizer
      日本農芸化学会2023年度大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] A chemoproteoinformatics approach demonstrates that aspirin increases sensitivity to MEK inhibition by directly binding to RPS52023

    • Author(s)
      Shogen Boku, Motoki Watanabe, Kaito Kobayashi, Yoichi Kurumida, Mamiko Sukeno, Mitsuharu Masuda, Katsura Mizushima, Chikage Kato, Yosuke Iizumi, Kiichi Hirota, Yuji Naito, Michihiro Mutoh, Tomoshi Kameda, Toshiyuki Sakai
    • Organizer
      第20回日本臨床腫瘍学会学術集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ポストゲノム時代のケモプロテオインフォマティクス創薬戦略2022

    • Author(s)
      渡邉 元樹, 朴 将源, 亀田 倫史
    • Organizer
      がん予防学術大会2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 脾腫が腸ポリープ生成に与える影響(第二報)2022

    • Author(s)
      成田 匠, 中尾 俊雅, 増田 光治, 曽和 義広, 渡邉 元樹, 飯泉陽介, 宮本 慎吾, 武藤 倫弘
    • Organizer
      がん予防学術大会2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Prevention of intestinal polyps by Brassicaceae2022

    • Author(s)
      NARITA Takumi, FUJII Gen, MASUDA Mitsuharu, SOWA Yoshihiro, MIYAMOTO Singo, WATANABE Motoki, IIZUMI Yosuke, MUTOH Michihiro
    • Organizer
      第45回日本基礎老化学会大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ポストゲノム時代のケモプロテオインフォマティクス創薬戦略 -天然化合物から化学予防剤へ―2022

    • Author(s)
      渡邉 元樹, 朴 将源, 亀田 倫史
    • Organizer
      第81回日本癌学会学術集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Rabdosianone I, a bitter diterpene from an oriental herb Isodon japonicus Hara -Identification of its direct targets in cancer cells and elucidation of anticancer mechanisms of action2022

    • Author(s)
      Motoki Watanabe, Yasumasa Yamada
    • Organizer
      8th International Conference on Food Chemistry & Technology (FCT-2022)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 植物由来エクソソーム様ナノ粒子による大腸がん予防効果の検討2022

    • Author(s)
      高倉 英樹, 小田 啓祐, 中尾 俊雅, 成田 匠, 堀中 真野, 中尾・伊勢 由佳子, 山本 哲志, 飯泉 陽介, 渡邉 元樹, 曽和 義広, 酒井 敏行, 武藤 倫弘, 森 信博
    • Organizer
      第61回日本薬学会・日本薬剤師会・日本病院薬剤師会 中国四国支部学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi