Project/Area Number |
22K10501
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
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Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
Principal Investigator |
竹前 喜洋 国立感染症研究所, 感染症危機管理研究センター, 室長 (10584386)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
百瀬 文隆 国立感染症研究所, 感染症危機管理研究センター, 主任研究官 (90332204)
ドアンハイ イエン 国立感染症研究所, 感染症危機管理研究センター, 主任研究官 (90701243)
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Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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Keywords | A型インフルエンザウイルス / 次世代シーケンサー / ターゲットキャプチャー / ハイブリダイゼーションプローブ / 臨床検体 / ターゲットキャプチャー法 |
Outline of Research at the Start |
国際公共データベースに登録されたA型インフルエンザウイルスの全塩基配列から、全ての亜型(H1-H18及びN1-N11亜型)ウイルスに網羅的にハイブリダイズするプローブを設計する。ヒト臨床検体中に、濃度別に調整した様々な亜型の検証用ウイルスが添加し、設計したプローブパネル候補とハイブリダイゼーション(ターゲットキャプチャー)させた後に、次世代シーケンスを実施する。得られた配列データを詳細に解析し、PCR法と比較した場合の検出感度、濃縮効率、非標的遺伝子の低下率などからプローブパネルを評価し、臨床検体中のA型インフルエンザウイルスの全遺伝子配列を直接に解読可能な高感度な検出方法を創出する。
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Outline of Annual Research Achievements |
ターゲットキャプチャー法に用いるプローブの設計及び準備を進めた。インフルエンザウイルスの国際公共データベースに登録されたヒト及び非ヒト由来のH1~H18亜型及びN1~N11亜型の2000年以降に分離されたA型インフルエンザウイルスの全八分節をそれぞれダウンロードした。各分節のアライメントを実施後に、総当たりの相同性を計算し、標的配列とプローブ配列間でのミスマッチの許容範囲とされる80%-90%の相同性をもつ各分節のリファレンス配列群を選抜した。最終的には、A型インフルエンザウイルスの全ての亜型に由来する配列を含むプローブパネル(168,091プローブを含む)を合成した。 上記で合成したプローブパネルの検証に用いるためのウイルスライブラリーを準備した。研究所で保有する様々な亜型のA型インフルエンザウイルスのワーキングストックを作製し、各ストック中に含まれるインフルエンザウイルスゲノムのコピー数をデジタルPCRにより定量した。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度計画であるターゲットキャプチャー法に用いるプローブパネルの設計及び検証用ウイルスの作製が終了した。
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Strategy for Future Research Activity |
低濃度に調整した様々な亜型の検証用A型インフルエンザウイルスをヒトリファレンスRNAに添加し、仮想的なヒト臨床検体を作製する。初年度に合成したプローブパネルとハイブリダイゼーション後に、次世代シーケンスを実施する。得られた配列データから、プローブパネルによるウイルス濃縮率等を評価する。検出感度に問題が見られた場合は、感度を向上させるためのライブリー合成やハイブリダイゼーションの条件検討を適宜行う。
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