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Development and application of hierarchical simulation system based on large-scale quantum chemical calculations

Research Project

Project/Area Number 22K12064
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 60100:Computational science-related
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

西村 好史  早稲田大学, 理工学術院, 次席研究員(研究院講師) (10778103)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Keywords計算化学 / 量子化学 / 分子動力学 / 分子シミュレーション / 並列計算
Outline of Research at the Start

物質・材料設計を念頭に置いたシミュレーションにおいて、大規模系の量子的取り扱いを反映した計算による複雑な現象の説明に期待が集まっている。本研究では、マルチスケール問題について大規模量子化学計算を主軸とした処理の糸口を開く階層的シミュレーションシステムを構築する。そして、開発したシステムをナノスケール分子集合体へ適用し、現実的な空間スケールのモデルにおける量子的取り扱いの重要性を検証する。

Outline of Annual Research Achievements

大規模量子化学計算に基づく階層的シミュレーションシステムを構築し、ナノスケール分子集合体への応用を通して大規模モデルを用いたシミュレーションにおける量子的取り扱いの有効性の実証を目指す。階層的シミュレーションシステム構築のために、所属研究室で開発された大規模量子化学計算プログラムDCDFTBMDの高度化や補助ユーティリティ整備を行う。ナノスケール分子集合体への応用として、ナフィオン中のプロトン伝導や水溶性ポリマーの熱分解プロセスに対する化学反応シミュレーションの実行と解析を行う。2023年度は階層的シミュレーションシステムの完成に向けて、プログラムの高度化、解析を効率化するための補助ユーティリティ開発、両要素技術の一体化を図る。また、ナフィオン中のプロトン伝導に関する応用計算に着手する。
DCDFTBMDを基盤とするマルチスケールシミュレーション実現のため、ハイブリッド計算手法のひとつであるour own N-layered integrated molecular orbital and molecular mechanics (ONIOM)法を実装し、大規模量子化学計算をより高精度な量子化学計算や分子力場と組み合わせた場合の計算効率を評価した。また、シミュレーションのサンプリング効率化を可能とする加速分子動力学法の機能を整備した。補助ユーティリティとして、分子軌道可視化用データファイル出力の機能をプログラムに内蔵した。
ナフィオン中のプロトン伝導に関する応用計算のため、系に含まれる含水率を変化させた数千原子規模のモデルを作成し、分子力場を用いた予備平衡化ならびに大規模量子化学計算を用いた平衡化計算までおおむね完了した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ONIOM法の実装により、階層的シミュレーションシステムの中核となるポテンシャル計算の拡張に関する項目は達成された。また、加速分子動力学法の機能拡充により、分子シミュレーション手法を拡充するためのプログラム拡張に関する項目も内容を充実させることができた。補助ユーティリティ整備についても、分子軌道の可視化の点で一定の進展があった。ナフィオンのプロトン伝導に関する応用計算では、本計算を開始するための準備が整った。以上を総合して判断すると、現在までの進捗状況はおおむね順調に進展しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

2024年度はナフィオンのプロトン伝導に関する本計算を実施し、プロトンダイナミクスの追跡とプロトン拡散の含水率依存性の解析により、プロトン伝導機構の分子レベルでの詳細解明を目指す。また、水溶性ポリマーの熱分解プロセスに対する化学反応シミュレーションに着手する。化学反応イベントを効果的にサンプリングするため、これまでに実装・拡張したナノリアクター分子動力学法や加速分子動力学法を活用し、ポリマーの形態と挙動や温度依存性に関する情報の取得を図る。必要に応じて、階層的シミュレーションシステムが対応する外部ソフトウェア数を増やすためのインターフェース開発を実施する。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Quantum Molecular Dynamics Simulation for <i>trans-cis</i> Photoisomerization Process in Photocycle of Photoactive Yellow Protein2023

    • Author(s)
      ISHIDA Kensuke、NISHIMURA Yoshifumi、NAKAI Hiromi
    • Journal Title

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      Volume: 22 Issue: 2 Pages: 9-11

    • DOI

      10.2477/jccj.2023-0033

    • ISSN
      1347-1767, 1347-3824
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations2023

    • Author(s)
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 158 Issue: 5 Pages: 054106-054106

    • DOI

      10.1063/5.0132573

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enabling large-scale quantum path integral molecular dynamics simulations through the integration of Dcdftbmd and i-PI codes2023

    • Author(s)
      Nishimura Yoshifumi、Nakai Hiromi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 158 Issue: 16 Pages: 164101-164101

    • DOI

      10.1063/5.0147535

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光活性イエロータンパク質の光反応サイクルにおけるtrans-cis光異性化過程の量子的分子動力学シミュレーション解析2023

    • Author(s)
      石田 賢亮, 西村 好史, 中井 浩巳
    • Organizer
      日本コンピュータ化学会2023年春季年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Fo回転分子モーターにおけるプロトン移動機構2023

    • Author(s)
      神山 幸成, パーキン 暖, 小野 純一, 西村 好史, 中井 浩巳, 高野 光則
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Proton conduction mechanism in water channels of ATP synthase studied by molecular dynamics simulation2023

    • Author(s)
      Yukinari Kamiyama, Dan Parkin, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Mitsunori Takano
    • Organizer
      CCP2023 - 34th IUPAP Conference on Computational Physics
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Extension and acceleration of nanoreactor molecular dynamics based on species-selective algorithm and linear-scaling tight-binding quantum chemical computations2023

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      The 5th Conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Species-selective Quantum Chemical Nanoreactor: Accelerated Sampling of Complex Chemical Processes2023

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2023)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ゼオライトにおける金属サブナノ粒子の動態予測に向けた量子分子動力学計算の適用2023

    • Author(s)
      西村 好史, 織田 晃, 中井 浩巳
    • Organizer
      第37回分子シミュレーション討論会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 量子的分子動力学計算プログラムDCDFTBMDの開発状況と最近の応用事例2023

    • Author(s)
      西村好史
    • Organizer
      スーパーコンピュータワークショップ2022「複雑電子状態の理論・計算科学」
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Recent updates of DCDFTBMD program: Theory, implementation, and applications2023

    • Author(s)
      Hiromi Nakai, Yoshifumi Nishimura
    • Organizer
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations2023

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      Asia Pacific Conference of Theoretical and Computational Chemistry (APATCC-10)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複雑反応過程のための選択的量子ナノ反応器分子動力学法の実装と応用2022

    • Author(s)
      西村好史, 中井浩巳
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] DCDFTBMDと分子シミュレーションプログラムの接続:大規模量子的経路積分分子動力学計算への展開2022

    • Author(s)
      西村好史, 中井浩巳
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション討論会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 光活性イエロータンパク質の光異性化過程に対する量子的分子動力学シミュレーション2022

    • Author(s)
      石田賢亮, 西村好史, 吉川武司, 中井浩巳
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション討論会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Recently added features in DCDFTBMD program2022

    • Author(s)
      Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai
    • Organizer
      New Horizons in Scientific Software: THE NEW COLLABORATIVE PLATFORM GOES LIFE (NHISS2022)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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