Project/Area Number |
22K12249
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
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Research Institution | Kitasato University |
Principal Investigator |
志鷹 真由子 北里大学, 薬学部, 教授 (70265718)
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Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2024: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2023: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
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Keywords | タンパク質間相互作用 / 複合体界面 / 立体構造予測 |
Outline of Research at the Start |
タンパク質間相互作用(PPI)は創薬ターゲットとして重要であり、その分子機構を理解するためにはタンパク質複合体の立体構造情報が欠かせない。実験的手法で得られる複合体構造には限りがあるため、コンピュータを用いた相互作用予測法は大変有用である。本研究では、タンパク質複合体界面の構造情報などを解析・活用することにより、新規な相互作用予測法の開発を実施する。
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Outline of Annual Research Achievements |
タンパク質間相互作用は創薬ターゲットとして重要である。タンパク質間相互作用のメカニズムなどを詳細に理解するためには、タンパク質複合体の立体構造情報が欠かせないが、実験的手法で得られる複合体構造の数には限りがあるのが現状である。したがって、コンピュータを用いて精度よくタンパク質複合体の立体構造を予測できる手法が必要となってくる。近年、タンパク質立体構造予測の研究分野においては、アミノ酸配列情報からその立体構造を高精度に予測するAlphaFold2が報告されるなどタンパク質の単体構造の予測精度向上が著しい。その後、タンパク質複合体の立体構造予測に対応したAlphaFold-Multimerも報告されている。そこで当該年度は、それら既存の手法を用いたタンパク質複合体の立体構造予測の結果にもとづき、実験構造と予測構造の比較などにより既存手法の予測精度の確認を行った。また、タンパク質間相互作用の理解には複合体の相互作用界面の構造情報が重要である。そこで、タンパク質複合体の相互作用界面における立体構造的特徴の解析などに用いるために、タンパク質複合体の実験構造のデータセットの作成を開始した。データセットの作成に際しては、複合体の界面構造の分類に関して調査を実施し、Protein Data Bankから取得したタンパク質複合体の実験構造に対し適用を試みている。相互作用界面に存在する水分子などのタンパク質以外の分子についても検討する予定である。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
タンパク質間相互作用に関する新規手法の開発に向けて、タンパク質複合体の立体構造予測に関する既存手法の予測精度などの確認を行った。また、タンパク質複合体の実験構造のデータセットの作成にも着手できており、おおむね順調に進展している。
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Strategy for Future Research Activity |
タンパク質複合体の実験構造のデータセットの作成を進める。作成したデータセットを用い、相互作用界面の構造解析を実施する予定である。また、相互作用界面の構造情報に着目し、新規の手法開発やその予測精度検証などを進める予定である。
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