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Elucidation of fluctuation dynamics of chromophore structure in protein by fluorescence detected vibrational spectroscopy

Research Project

Project/Area Number 22K14651
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

Yoneda Yusuke  分子科学研究所, 協奏分子システム研究センター, 助教 (60903721)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords単一分子分光 / 蛍光相関分光法 / 光応答性タンパク質 / 振動分光 / 構造ダイナミクス / 蛍光相関分光
Outline of Research at the Start

光応答性タンパク質の多くは発色団分子が構造を変化させることで機能を発現するため、その揺らぎのダイナミクスを捉えることは重要である。しかし、通常の振動分光ではタンパク質骨格のアミノ酸残基に由来するバックグラウンド信号が強く、発色団由来の信号を選択的に観測することは難しい。さらに、タンパク質は常に揺らいでいる周囲環境の中で複数の立体構造異性体あるいは化学種として統計的に存在するため、それらの遷移ダイナミクスを捉えることは困難である。本研究では電子共鳴を利用した振動分光と蛍光相関分光を組み合わせることで、マイクロ秒~ミリ秒で進行するタンパク質発色団の構造揺らぎダイナミクスを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

This work demonstrated Fourier transform-based fluorescence excitation correlation spectroscopy (FECS) of room-temperature solutions, which can observe spontaneous fluctuation of the excitation spectrum. The method enabled us to measure the fluorescence excitation spectrum of a fluorescent dye at the single molecule level. Furthermore, this method succeeded in obtaining excitation-resolved fluorescence autocorrelation functions in the microsecond to millisecond range.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

蛍光相関分光法(FCS)は、凝縮相における単一分子レベルの光子統計の揺らぎを検出することで、分子の拡散や反応過程を明らかにすることのできる手法であり、蛍光強度や寿命に基づいた解析によってナノ秒からマイクロ秒で進行するタンパク質の構造揺らぎが明らかにされてきた。一方で、こうした揺らぎは電子・振動スペクトルにも反映されることが予測されるが、既存の手法ではこれらの相関を捉えることは困難であった。今回我々が開発した新規手法では、励起波長分解した蛍光自己相関関数の測定に成功した。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 5 results)

  • [Int'l Joint Research] UC Berkeley(米国)

    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Journal Article] Rapid-Scan Resonant Two-Dimensional Impulsive Stimulated Raman Spectroscopy of Excited States2023

    • Author(s)
      Yoneda Yusuke、Kuramochi Hikaru
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 127 Issue: 24 Pages: 5276-5286

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.3c02489

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quasi-Reversible Photoinduced Displacement of Aromatic Ligands from Semiconductor Nanocrystals2023

    • Author(s)
      Daisuke Yoshioka, Yusuke Yoneda, I-Ya Chang, Hikaru Kuramochi, Kim Hyeon-Deuk, Yoichi Kobayashi
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 17 Issue: 12 Pages: 11309-11317

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c12578

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Environment-sensitive fluorescence of COT-fused perylene bisimide based on symmetry-breaking charge separation2023

    • Author(s)
      Kimura Ryo、Yoneda Yusuke、Kuramochi Hikaru、Saito Shohei
    • Journal Title

      Photochemical & Photobiological Sciences

      Volume: 22 Issue: 11 Pages: 2541-2552

    • DOI

      10.1007/s43630-023-00468-4

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complex Dynamics of Photosystem II Elucidated by Advanced Nonlinear Spectroscopy2023

    • Author(s)
      米田 勇祐
    • Journal Title

      Seibutsu Butsuri

      Volume: 63 Issue: 3 Pages: 171-172

    • DOI

      10.2142/biophys.63.171

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Energy transfer dynamics and the mechanism of biohybrid photosynthetic antenna complexes chemically linked with artificial chromophores2022

    • Author(s)
      Yoneda Yusuke、Noji Tomoyasu、Mizutani Naoto、Kato Daiji、Kondo Masaharu、Miyasaka Hiroshi、Nagasawa Yutaka、Dewa Takehisa
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 24 Issue: 40 Pages: 24714-24726

    • DOI

      10.1039/d2cp02465a

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    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The initial charge separation step in oxygenic photosynthesis2022

    • Author(s)
      Yoneda Yusuke、Arsenault Eric A.、Yang Shiun-Jr、Orcutt Kaydren、Iwai Masakazu、Fleming Graham R.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 2275-2275

    • DOI

      10.1038/s41467-022-29983-1

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ultrafast energy transfer between self-assembled fluorophore and photosynthetic light-harvesting complex 2 (LH2) in lipid bilayer2022

    • Author(s)
      Y. Yoneda, M. Kito, D. Mori, A. Goto, M. Kondo, H. Miyasaka, Y. Nagasawa, T. Dewa
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 156 Issue: 9 Pages: 095101-095101

    • DOI

      10.1063/5.0077910

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    • Peer Reviewed
  • [Presentation] フェムト秒時間分解時間領域ラマン分光による非平衡な励起状態平面化ダイナミクスの観測2024

    • Author(s)
      米田勇祐,小西智暉,齊藤尚平,倉持光
    • Organizer
      日本化学会 第104春季年会 (2024)
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  • [Presentation] Exploring complex reaction dynamics using multidimensional vibrational spectroscopy2023

    • Author(s)
      Yusuke Yoneda
    • Organizer
      38th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 先端的非線形分光を用いた電子-構造ダイナミクスの解明2023

    • Author(s)
      米田勇祐
    • Organizer
      第44回 光化学若手の会
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    • Invited
  • [Presentation] 高速スキャンによる励起状態共鳴2次元ラマン分光法の開発と応用2023

    • Author(s)
      米田勇祐,倉持光
    • Organizer
      2023年光化学討論会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 室温・溶液中における単一分子レベルの発光励起分光2023

    • Author(s)
      米田勇祐,倉持光
    • Organizer
      第17回分子科学討論会2023
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  • [Presentation] 高速スキャンによる励起状態共鳴2次元ラマン分光2023

    • Author(s)
      米田勇祐,倉持光
    • Organizer
      第17回分子科学討論会2023
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  • [Presentation] 先端的分光解析で解きほぐす光化学系 IIの複雑な励起状態ダイナミクス2022

    • Author(s)
      米田勇祐
    • Organizer
      第29回 光合成セミナー2022:反応中心と色素系の多様性
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      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 二次元分光による非局在化した電子状態から繰り広げられる光合成初期過程の探究2022

    • Author(s)
      米田勇祐
    • Organizer
      日本分光学会 関西支部 2022年度第2回(令和4年度)講演会
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      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 励起子電荷分離混成が酸素発生型光合成を駆動する2022

    • Author(s)
      米田 勇祐, Arsenault Eric A, Yang Shiun-Jr, Orcutt Kaydren, Iwai Masakazu, Fleming Graham R
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited

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Published: 2022-04-19   Modified: 2025-01-30  

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