• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Development of pinpoint RNA photo-modification method for mRNA modification and analysis of interstrand crosslinking reaction by photo-catalytic reaction

Research Project

Project/Area Number 22K14792
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 37030:Chemical biology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Yamano Yuuhei  東北大学, 多元物質科学研究所, 特任研究員(日本学術振興会特別研究員PD) (50938107)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords光修飾 / 光触媒 / 光ラベル化 / 核酸 / 光酸化 / 酸化損傷 / APサイト / 架橋反応 / DNA / RNA / ラベル化 / 光損傷 / 光反応 / mRNA / 機能性核酸 / 核酸損傷
Outline of Research at the Start

mRNAの望みの場所に機能性分子を修飾する手法は、mRNAを利用した医薬品や機能性材料の創製につながるため、注目されている。しかし、RNAを配列選択的に修飾することは難しく、新しい修飾法の開発が求められている。本研究では、①光誘起電子移動に基づく新しいアプローチで、mRNAをピンポイント修飾する手法の開発を目指す。また申請者らは、①に関連する予備実験を行う中で、核酸二重鎖が光触媒存在下で鎖間光架橋するという興味深い現象を発見した。同様の現象の報告はなく、新しいタイプの核酸損傷であると考えられる。そこで本研究では、②この核酸損傷の機構解明を2つ目の目標に据え、この損傷の一般性についても検証する。

Outline of Final Research Achievements

In this project, we aimed to 1. develop novel photo-modification reaction for nucleic acid, and 2. analyze cross-linking-type nucleic acid lesion under photocatalytic reactions.
1. DNA probes tethered with photocatalysts, Cat-ODNs, are newly designed. Cat-ODN that formed a duplex with the target sequence was exposed to light in the presence of a urazole-type modifier.Intended photochemical modification of nucleic acids was achieved based on the reaction between guanine residues in target sequence and urazole-type modifiers activated by a photocatalyst in Cat-ODN.
2.Confirmed that AP sites were generated in DNA oligomer by irradiating with light in the presence of a photocatalyst.This reaction was mainly mediated by singlet oxygen generated by the photocatalyst. Also suggested that the generated AP sites formed additional cross-linking type lesion with the nucleobases of the complementary strand.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

1.今回開発した核酸修飾法は、光を照射するだけで標的の配列を修飾できる方法である。従って、選択性と効率に課題は残るものの、長鎖核酸の機能化や蛍光色素によるラベル化といった多岐にわたる応用可能性を秘めていると考えられる。
2.本研究では、光架橋型の損傷の発見をきっかけとして、光触媒反応に基づく非酵素的なAPサイト生成を見出した。さらに、その配列・構造依存性や機構についても詳細に検証した。同様の現象に関する詳細な報告はこれまでにない。従って、本研究で得られた知見は未知の損傷修復機構や生命現象の発見・解明にも大いに役立つことが期待され、生物学的にも極めて重要で意義深い試みであると考えられる。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results)

  • [Journal Article] Functionalization of acyclic xenonucleic acid with modified nucleobases2023

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Yamano Yuuhei、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 55 Issue: 7 Pages: 743-752

    • DOI

      10.1038/s41428-023-00776-7

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Hybridization-specific chemical reactions to create interstrand crosslinking and threaded structures of nucleic acids2022

    • Author(s)
      Onizuka Kazumitsu、Yamano Yuuhei、Abdelhady Ahmed Mostafa、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      Organic & Biomolecular Chemistry

      Volume: 20 Issue: 23 Pages: 4699-4708

    • DOI

      10.1039/d2ob00551d

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photochemical Labeling of Nucleic Acid by Photocatalyst Tethered DNA Probe2022

    • Author(s)
      Yamano Yuuhei、Onizuka Kazumitsu、Sasaki Madoka、Sato Shinichi、Nagatsugi Fumi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Issue: 12 Pages: 1121-1124

    • DOI

      10.1246/cl.220397

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光酸化によるDNA中のAbasic site生成反応の解析2024

    • Author(s)
      山野 雄平、鬼塚 和光、アルタン オーカン、 佐々木 まどか、アーメド アブデルハーディ、永次 史
    • Organizer
      日本化学会 第104春季年会 (2024)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Analysis of photo-catalytic abasic site generation in DNA2024

    • Author(s)
      Yuuhei Yamano、 Kazumitsu Onizuka、Altan Okan、Madoka Sasaki、Ahmed Mostafa Abdelhady、Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      Supra FIBER International Summit for Nucleic Acids (S-FISNA)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Abasic site generation in nucleic acids by photo-catalytic reaction2023

    • Author(s)
      Yuuhei Yamano、 Kazumitsu Onizuka、Altan Okan、Madoka Sasaki、Ahmed Mostafa Abdelhady、Fumi Nagatsugi
    • Organizer
      第50回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第7回年会(ISNAC2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光酸化反応による新たな核酸酸化損傷の解析2023

    • Author(s)
      Yamano Yuuhei、Onizuka Kazumitsu、Okan Altan、Sato Shinichi、Nagatsugi Fumi
    • Organizer
      第1回分子生命反応創発討論会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 光触媒導入DNAプローブを利用した核酸光修飾法の開発2023

    • Author(s)
      山野雄平、鬼塚和光、佐々木まどか、佐藤伸一、永次史
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会 (2023)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 光触媒修飾DNAプローブを利用した核酸の光修飾法の開発2022

    • Author(s)
      山野雄平、鬼塚和光、佐々木まどか、佐藤伸一、永次史
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Nucleic acids modification by photo-catalytic reaction2022

    • Author(s)
      Yamano Yuuhei、Onizuka Kazumitsu、Sasaki Madoka、Sato Shinichi、Nagatsugi Fumi
    • Organizer
      第49回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第6回年会(ISNAC2022)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2025-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi