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微小管の翻訳後修飾による軸糸内輸送網の制御方法に関する分子シミュレーション研究

Research Project

Project/Area Number 22K15070
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

久保 進太郎  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特別研究員 (20874902)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2027-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2026: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2025: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2024: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2023: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Keywords分子動力学計算 / ダイニン / 分子モーター / 微小管 / 低温電子顕微鏡 / キネシン / 翻訳語修飾
Outline of Research at the Start

細胞表面の毛(鞭毛・繊毛)は細胞の遊泳やシグナル伝達など様々な細胞運動に寄与している。これらの構造欠損は不妊症や内臓逆位などの病と関わりがある事が知られいてる。内部構造はダブレット微小管という管が整列している。この管上構造を形成し、また細胞内環境を維持する為にダイニンとキネシンが歩行運動を行う。逆方向への歩行を行うこれらのタンパク質が衝突せず、効率的な輸送を可能とする仕組みをシミュレーション(分子動力学計算)と実験(一分子計測・低温電子顕微鏡)の両方から解明していく。

Outline of Annual Research Achievements

微小管の翻訳後修飾が微小管上を歩行運動するダイニンにどのような影響を及ぼすのか、粗視化分子動力学計算を用いて検証した。既に、ダイニンと代表的な翻訳後修飾であるpoly-E/poly-G/de-チロシン化については検証を完了させている。本年度では、翻訳後修飾に加え、微小管結合タンパク質の分布とその効果について低温電子顕微鏡を用いた構造解析と併せて研究を行なった。テトラヒメナの繊毛のダブレット微小管には多くの微小管結合タンパク質が付着しており、管状の構造の中でも電気的、はたまた、剛体的に特徴的な部分が局在することが知られている。私は、高分解能の構造獲得により、それらの結合様式をさらに詳細に確かめた。加えて、機械学習の技術を用いて、新たに40種以上の微小管結合タンパク質を同定することにも成功した。具体的に、CFAP77はダブレット微小管のA管とB管を繋ぐ場所に位置することは構造から確認されたが、生化学実験によって、CFAP77のノックアウトが繊毛の遊泳速度や屈曲頻度を下げることを確認した。加えて、粗視化分子動力学計算によって、エネルギー的にみても、確かにCFAP77はA管とB管の結合安定性に寄与していることが確かめられた。構造獲得と生化学実験、そしてシミュレーションを組み合わせることで、微小管結合タンパク質の性能をつぶさに評価することに成功した。本研究から得られた成果を踏まえ、微小管とダイニンの間には、微小管の翻訳後修飾による変化の他にも、直接微小管にタンパク質が結合することで、その歩行様式が大きく制御されることを確かめることに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

計算のみならず、実験による検証も併せて、実際に論文出版にまで辿り着くことができた。今後は、そのほかの微小管結合タンパク質によるダイニンに対する影響や、また、キネシンの歩行運動についても解析を取り組んでいきたい。

Strategy for Future Research Activity

ダイニンについては、これまでの方法を継続して、CFAP77のように実験と併せた検証を行っていく。さらに、計算手法もこれまでは大まかな運動に注視していたため、粗視化モデルを用いたシミュレーションを基本としていたが、今後は、側鎖の配向や微細な構造変化にも注目していくため、全原子モデルを用いたシミュレーションについても取り組んでいく。また、キネシンに関して、最近、微小管と結合した状態の高分解能の構造が獲得された。そこで、その構造を使用して、キネシンと微小管の関係性についても計算を進めていく。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results)

  • [Int'l Joint Research] McGill University/Montreal University(カナダ)

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Int'l Joint Research] McGill University(カナダ)

    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Journal Article] Identification of OPTN p.(Asn51Thr): A novel pathogenic variant in primary open-angle glaucoma2024

    • Author(s)
      Shiga Yukihiro、Hashimoto Kazuki、Fujita Kosuke、Maekawa Shigeto、Sato Kota、Kubo Shintaroh、Kawase Kazuhide、Tokumo Kana、Kiuchi Yoshiaki、Mori Sotaro、Nakamura Makoto、Iwata Takeshi、Nishiguchi Koji M.、Nakazawa Toru
    • Journal Title

      Genetics in Medicine Open

      Volume: 2 Pages: 100839-100839

    • DOI

      10.1016/j.gimo.2023.100839

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The ATPase asymmetry: Novel computational insight into coupling diverse FO motors with tripartite F12024

    • Author(s)
      Kubo Shintaroh、Okada Yasushi
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: - Issue: 6 Pages: 891-900

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2024.03.013

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Native doublet microtubules from Tetrahymena thermophila reveal the importance of outer junction proteins2023

    • Author(s)
      Kubo Shintaroh、Black Corbin S.、Joachimiak Ewa、Yang Shun Kai、Legal Thibault、Peri Katya、Khalifa Ahmad Abdelzaher Zaki、Ghanaeian Avrin、McCafferty Caitlyn L.、Valente-Paterno Melissa、De Bellis Chelsea、Huynh Phuong M.、Fan Zhe、Marcotte Edward M.、Wloga Dorota、Bui Khanh Huy
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1

    • DOI

      10.1038/s41467-023-37868-0

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] FO-F1 coupling and symmetry mismatch in ATP synthase resolved in every FO rotation step2023

    • Author(s)
      Kubo Shintaroh、Niina Toru、Takada Shoji
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 122 Issue: 14 Pages: 2898-2909

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.09.034

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulatory mechanisms of the dynein-2 motility by post-translational modification revealed by MD simulation2023

    • Author(s)
      Kubo Shintaroh、Bui Khanh Huy
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1038/s41598-023-28026-z

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] MD simulations revealed how post-translational modification regulates dynein-2 motility2023

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo
    • Organizer
      第49回 内藤カンファレンス
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Native doublet microtubules from Tetrahymena thermophila reveal the importance of outer junction proteins2023

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo
    • Organizer
      EBSA2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular dynamics simulation of proton-transfer coupled rotations in ATP synthase Fo motor2023

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo
    • Organizer
      TACC2023
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 粗視化MD計算を用いたFOF1 ATPaseのFOモーターとF1モーターの回転対称性のミスマッチに関する理論研究2023

    • Author(s)
      久保進太郎
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] THE THEORETICAL STUDY OF DYNEIN MOTILITY REGULATED BY TUBULIN POST TRANSLATIONAL MODIFICATION2022

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo, Khanh Huy Bui
    • Organizer
      Biophysical Society 66th Annual Meeting
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION OF MICROTUBULES CAN CONTROL DYNEIN-2'S ABILITY TO WALK ON A-TUBULES2022

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo, Khanh Huy Bui
    • Organizer
      Biophysics at the Dawn of Exascale Computers thematic meeting
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] How post-translational modification of tubulins controlled dynein-2 (IFT train) motility revealed by coarse-grained MD simulation2022

    • Author(s)
      Shintaroh Kubo, Khanh Huy Bui
    • Organizer
      Cytoskeletal Motors, Gordon Research Conference
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 鞭毛内輸送を行うダイニンがどのように歩行する微小管を選択するのかに関する粗視化MD研究2022

    • Author(s)
      久保進太郎, カーンフイブイ
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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