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Function analysis of plant idioblast cells with single cell omics

Research Project

Project/Area Number 22K15136
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 44030:Plant molecular biology and physiology-related
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

山本 浩太郎  横浜市立大学, 理学部, 助教 (60888535)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Keywordsアルカロイド / 異形細胞 / 一細胞メタボロミクス / 薬用植物 / チョウジソウ / アルカロイド細胞 / 一細胞オミクス / ニチニチソウ / 1細胞オミクス / 植物二次代謝 / メタボロミクス
Outline of Research at the Start

植物が生産する二次代謝産物には、一次代謝産物とは異なり、一連の生合成過程が一つの細胞内で完結せず、複数の細胞を横断して行われるものがある。異形細胞と呼ばれる、他の細胞とは異なる形態をもつ細胞がその代謝の一翼を担っている可能性が示唆されているが、その役割・発生過程・類似性・二次代謝との関連性などは未だによくわかっていない。本研究では、1細胞生物学的手法を植物種ごとに適宜改良して、多様な植物における異形細胞とアルカロイド代謝の関係性を明らかにする。さらに代謝物による異形細胞の分類を行う。

Outline of Annual Research Achievements

植物は、昆虫や草食動物などの捕食者に対する防御物質として、カフェインやモルヒネのような二次代謝産物を生産している。これらの二次代謝産物の中には、薬、嗜好品、さらには染料やゴムなど、人に有用な物質が数多くある。植物の二次代謝には、一連の生合成が一つの細胞内で完結せず、複数の細胞を横断して行われるものがある。キョウチクトウ科ニチニチソウでは、異形細胞と呼ばれる他の細胞とは異なる形態である細胞が、細胞間を横断して行われる二次代謝の一翼を担っている可能性が示唆されているが、その役割・発生過程・類似性・二次代謝との関連性などは未だによくわかっていない。
本研究では、1細胞生物学実験手法を植物種ごとに改良して、多様な植物における異形細胞とアルカロイド代謝の関係性を明らかにしていく。さらに、代謝物による異形細胞の分類を行う。
日本原産薬用植物であるキョウチクトウ科チョウジソウの細胞を蛍光顕微鏡で観察していると、キョウチクトウ科ニチニチソウと似た蛍光性物質を蓄積する異形細胞が存在していることを発見した。本年度は、一細胞メタボロミクス手法を改良して、このチョウジソウの各細胞種や異形細胞に含まれるアルカロイドを明らかにしてきた。その結果、ニチニチソウと同様に、チョウジソウでもアルカロイドを異形細胞に蓄積していることが明らかになった。また、チョウジソウのトランスクリプトームデータを解析した結果、既知のアルカロイド生合成酵素遺伝子のオーソログなど二次代謝に関連のある遺伝子の候補が得られてきた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

興味深い異形細胞が観察できたキョウチクトウ科チョウジソウにおいては、組織レベルでのメタボロームデータやトランスクリプトームデータを取得して、アルカロイドの代謝経路図を推測してきた。チョウジソウなどの植物で二次代謝研究をはじめるために、分子生物学・生化学などの実験系の構築を行ってきた。本年度、一過的過剰発現の実験系を立ち上げ、チョウジソウのトランスクリプトームデータを元に、アルカロイド合成酵素をスクリーニングする実験をはじめたところであるため、酵素探索についての研究の進捗は当初の計画よりやや遅れている。

Strategy for Future Research Activity

現在、チョウジソウのトランスクリプトームデータより、ニチニチソウやインドジャボクにおいて過去に同定されているアルカロイド合成酵素遺伝子のオーソログを複数得てきている。今後これらの遺伝子に関して、異種発現系を用いて、代謝酵素の探索・機能解析を進め、代謝物の蓄積・反応の場となる分化した細胞種が、多様なアルカロイドを生合成するために、どのような役割を果たしているのかを解明する。また、チョウジソウのように興味深い異形細胞を見つけた植物では、一過的過剰発現やノックダウンの実験系の確立に取り組んでいき、植物体内での代謝機構について調べていく予定である。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Integration of cell differentiation and initiation of monoterpenoid indole alkaloid metabolism in seed germination of <i>Catharanthus roseus</i>2024

    • Author(s)
      Uzaki Mai、Mori Tetsuya、Sato Mayuko、Wakazaki Mayumi、Takeda‐Kamiya Noriko、Yamamoto Kotaro、Murakami Akio、Guerrero Delia Ayled Serna、Shichijo Chizuko、Ohnishi Miwa、Ishizaki Kimitsune、Fukaki Hidehiro、O'Connor Sarah E.、Toyooka Kiminori、Mimura Tetsuro、Hirai Masami Yokota
    • Journal Title

      New Phytologist

      Volume: 242 Issue: 3 Pages: 1156-1171

    • DOI

      10.1111/nph.19662

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Single-cell multi-omics in the medicinal plant Catharanthus roseus2023

    • Author(s)
      Li Chenxin、Wood Joshua C.、Vu Anh Hai、Hamilton John P.、Rodriguez Lopez Carlos Eduardo、Payne Richard M. E.、Serna Guerrero Delia Ayled、Gase Klaus、Yamamoto Kotaro、Vaillancourt Brieanne、Caputi Lorenzo、O’Connor Sarah E.、Robin Buell C.
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 19 Issue: 8 Pages: 1031-1041

    • DOI

      10.1038/s41589-023-01327-0

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] Differential regulation of fluorescent alkaloid metabolism between idioblast and lacticifer cells during leaf development in Catharanthus roseus seedlings2022

    • Author(s)
      Uzaki Mai、Yamamoto Kotaro、Murakami Akio、Fuji Yushiro、Ohnishi Miwa、Ishizaki Kimitsune、Fukaki Hidehiro、Hirai Masami Yokota、Mimura Tetsuro
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: - Issue: 3 Pages: 473-483

    • DOI

      10.1007/s10265-022-01380-1

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Imaging MS Analysis in Catharanthus roseus2022

    • Author(s)
      Yamamoto Kotaro、Takahashi Katsutoshi、O’Connor Sarah E.、Mimura Tetsuro
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2505 Pages: 33-43

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2349-7_2

    • ISBN
      9781071623480, 9781071623497
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vivo characterization of key iridoid biosynthesis pathway genes in catnip (Nepeta cataria)2022

    • Author(s)
      Palmer Lira、Chuang Ling、Siegmund Marlen、Kunert Maritta、Yamamoto Kotaro、Sonawane Prashant、O’Connor Sarah E.
    • Journal Title

      Planta

      Volume: 256 Issue: 5 Pages: 99-99

    • DOI

      10.1007/s00425-022-04012-z

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 空間的代謝物イメージングによって見えてきた植物のアルカロイド代謝機構2024

    • Author(s)
      山本 浩太郎
    • Organizer
      Trans-scale組織学ワークショップ
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] チョウジソウの葉組織におけるアルカロイド代謝物分布解析2024

    • Author(s)
      山本 浩太郎,森 哲哉,田中 節保,鵜崎 真妃,武田-神谷 紀子,豊岡 公徳,平井 優美
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ニチニチソウにおける細胞の代謝的分化を駆動する新規遺伝子の探索2024

    • Author(s)
      鵜崎 真妃,山本 浩太郎,三村 徹郎,平井 優美
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 日本原産薬用植物チョウジソウにおけるアルカロイド生合成研究とその研究基盤構築2023

    • Author(s)
      山本 浩太郎
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ニチニチソウ種子発芽過程における細胞種特異的なアルカロイド代謝の開始過程の解析2023

    • Author(s)
      鵜崎 真妃,森 哲哉,佐藤 繭子,若崎 眞由美,山本 浩太郎,村上 明男,豊岡 公徳,三村 徹郎,平井 優美
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] ニチニチソウの発芽に伴う細胞種特異的なアルカロイド代謝開始過程の解析2023

    • Author(s)
      鵜崎真妃, 森哲哉, 佐藤繭子, 若崎真由美, 山本浩太郎、村上明男、豊岡公徳, 三村徹郎、平井優美
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 薬用植物ニチニチソウの種子発芽過程におけるアルカロイド代謝開始過程の解析2022

    • Author(s)
      鵜崎真妃, 山本浩太郎、森哲哉、村上明男、大西美輪、七條千津子、石崎公庸、深城英弘、三村徹郎、平井優美
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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