耐性遺伝子を指標とした微生物資源からの新規薬剤シーズの探索
Project/Area Number |
22K15305
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
|
Allocation Type | Multi-year Fund |
Review Section |
Basic Section 47050:Environmental and natural pharmaceutical resources-related
|
Research Institution | Kitasato University |
Principal Investigator |
堤 隼馬 北里大学, 感染制御科学府, 特任助教 (40903274)
|
Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
|
Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
|
Keywords | 天然物 / 耐性遺伝子 / ゲノムマイニング |
Outline of Research at the Start |
近年の微生物ゲノム配列解読により、微生物は実際に取得されている数以上の天然物の生産能力を有していることが明らかになってきた。そのため、ゲノムデータを利用した天然物探索も盛んに行われるようになった。しかし、ゲノムベースが膨大であることもあり、探索標的の選定に工夫が必要で、労力もかかるため、効率的かつ有効にデータを利用した天然物探索は行うことができていない。本研究では薬剤耐性遺伝子を指標とした全自動の標的とする生合成遺伝子クラスター (BGC) の探索プログラミングを構築し、効率的かつ網羅的にゲノムベース探索を行い、新規作用機序を有するペプチド系中分子の探索とその作用機序の解明を試みる。
|
Outline of Annual Research Achievements |
近年の微生物ゲノム配列解読により、微生物は実際に取得されている数以上の天然物の生産能力を有していることが明らかになってきた。そのため、ゲノムデータを利用した天然物探索も盛んに行われるようになった。しかし、ゲノムベースが膨大であることもあり、探索標的の選定に工夫が必要で、労力もかかるため、効率的かつ有効にデータを利用した天然物探索は行うことができていない。本研究ではゲノムデータベースに登録されているゲノムデータの中から、耐性遺伝子を指標に天然物の生合成遺伝子クラスター (BGC) を探索することを目的とした。探索には網羅的に様々な標的BGCを探索するため、目的の耐性遺伝子を含むBGCを自動で探索プログラミングを構築し、効率的かつ網羅的にゲノムベース探索を行う。
|
Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度は、耐性遺伝子を含む生合成遺伝子クラスター (その中でも特にペプチド系天然物生合成遺伝子クラスター) をゲノムデータベースから網羅的に探索することを試みるため、NCBIのデータベースに登録されている全ゲノムからペプチド系天然物の生合成遺伝子クラスターの配列の抽出、抽出した配列のデータベース化、データベースからの探索対象の抽出を行うためのプログラム構築を行う予定であり、実際にプログラム構築が完了したため、概ね順調に進展していると評価した。
|
Strategy for Future Research Activity |
本年度は昨年度に構築したプログラムを用いて、耐性遺伝子を含むペプチド系天然物生合成遺伝子クラスターを探索する。そして、見出した天然物生合成遺伝子クラスターにより合成される天然物の同定を試みる。
|
Report
(1 results)
Research Products
(10 results)
-
[Journal Article] Rediscovery of tetronomycin as a broad-spectrum and potent antibiotic against drug-resistant Gram-positive bacteria2023
Author(s)
Aoi Kimishima, Iori Tsuruoka, Hiroki Kanto, Hayama Tsutsumi, Naoaki Arima, Kazunari Sakai, Miho Sugamata, Hidehito Matsui, Yoshihiro Watanabe, Masato Iwatsuki, Masako Honsho, Kamrun Naher, Yuki Inahashi, Hideaki Hanaki, Yukihiro Asami
-
Journal Title
ACS Omega
Volume: 8
Issue: 12
Pages: 11556-11563
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
-
-
-
-
-
-
-
-
-