| Project/Area Number |
22K15458
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 49050:Bacteriology-related
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
大沼 健一郎 神戸大学, 医学部附属病院, 臨床検査技師 (70899822)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | small RNA / 緑膿菌 / 抗菌薬耐性 / Pseudomonas aeruginosa / 多剤耐性緑膿菌 / 薬剤耐性 / 耐性菌検査 |
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| Outline of Research at the Start |
緑膿菌は治療経過中に抗生物質に耐性化を来たすと治療抵抗性となり院内感染対策上も大きな問題となる。現在、耐性化出現を予測するマーカーはなく、また多剤耐性緑膿菌に対する治療も確立されていない。本研究では、臨床分離株を用いてノンコ ーディングRNAであるsmall RNA(sRNA)のシークエンスを行い, 耐性菌特異的に発現が亢進または減少するsRNAとその標的mRNAの同定、さらにはsRNA の誘導素因を解明することを目的とした。本研究により、sRNAを標的とした検査や発現制御が多剤耐性緑膿菌に対する新たな耐性因子検査法や、治療法確立に貢献すると考えられる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
令和4年度は研究に使用する緑膿菌保存菌株から薬剤感受性試験を行い、薬剤耐性プロファイルを最小発育阻止濃度により確認した。当初、令和4年度には各緑膿菌菌株よりsmall RNAを抽出し網羅的解析も行う予定であったが、COVID-19感染拡大に伴う試薬不足、物流遅延によりsmall RNA抽出試薬の納品が大幅に遅延した。2023年1月に試薬供給が再開されたため、現在、抽出条件の最適化を検討中であり、その後網羅的解析を行う予定である。
また、網羅的解析に加え、緑膿菌の薬剤耐性に関わる既知のsmall RNAについてRT-PCRにて発現量の解析を行うこととし、プライマー設計を行った。既知のsmall RNAの発現解析ではあるが、本検討から得られる結果は、同一患者から経時的に分離された菌株でのsmall RNAの発現量の変化を初めて確認するものであり、緑膿菌のsmall RNA研究、薬剤耐性メカニズムの解明において、菌株ごとの多様性の有無を確認できるため重要な意義を持つことが期待される。
また、当初使用予定の菌株の他に、別の患者から分離された耐性度の異なる菌株を収集することができ、順次網羅的解析およびRT-PCRを行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
COVID-19感染拡大に伴う試薬不足、物流遅延によりsmall RNA抽出試薬の納品が大幅に遅延し、抽出条件の確立に時間を要した。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、small RNAの抽出条件の最適化を検討中であり、その後網羅的解析を行う予定である。
網羅的解析に加え、緑膿菌の薬剤耐性に関わる既知のsmall RNAについてRT-PCRにて発現量の解析を行う。既知のsmall RNAの発現解析ではあるが、本検討から得られる結果は、同一患者から経時的に分離された菌株でのsmall RNAの発現量の変化を初めて確認するものであり、緑膿菌のsmall RNA研究、薬剤耐性メカニズムの解明において、菌株ごとの多様性の有無を確認できるため重要な意義を持つことが期待される。
また、当初使用予定の菌株の他に、別の患者から分離された耐性度の異なる菌株を収集することができたため、順次網羅的解析およびRT-PCRを行い、薬剤耐性に関わるsmall RNAの発現に菌株差が認められるかどうか調査する予定である。
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