| Project/Area Number |
22K15713
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Review Section |
Basic Section 52020:Neurology-related
|
|---|
| Research Institution | Kagoshima University |
|---|
Principal Investigator |
吉村 明子 鹿児島大学, 医歯学総合研究科, 特任研究員 (00934407)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
|
| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
|
|---|
| Keywords | 遺伝性ニューロパチー / 網羅的遺伝子解析 / ターゲットパネル / 次世代シークエンサー / ターゲットパネル解析 / Charcot-Marie-Tooth 病 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
遺伝性ニューロパチーの代表であるCharcot-Marie-Tooth病(CMT)は約2,500人に1人が発症する、臨床的、遺伝的に多様な遺伝性神経疾患である。本研究の目的はCMTの診断率の向上を目指して、網羅的遺伝子解析をより効率的に行うための改良を行う。具体的には、現行の72の対象遺伝子を再検討し、解析対象を拡大させた新しいターゲットパネル解析システムを構築することである。また、さらなる詳細な分子疫学データや遺伝子毎の臨床的遺伝学的特徴を明らかにし、CMT治療法開発のための基盤情報を構築する。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
(1)昨年度既にCharcot-Marie-Tooth病(CMT)及び遺伝性感覚性自律神経性ニューロパチー(HSAN)を含む遺伝性ニューロパチー103遺伝子を対象とした新規ターゲットパネルを構築した。構築したパネルを使用し全国から依頼のあった新規のCMT疑い症例をこれまで2年間でおよそ700例について解析を実施し、効率的に診断することができた。
(2)昨年度論文にて報告したRFC1リピート伸長異常については、HSAN症例の陽性率が高いことより、臨床的にHSANと診断された症例に関してはまずRFC1リピート伸長解析を実施してからパネルによる解析を実施しており、より診断を効率化することができている。その他のパネル解析陰性例については、RFC1やNOTCH2NLC、その他のOPDM関連遺伝子(LRP12, GIPC1, RILPL1) ついてもリピート伸長異常解析をRepeat-Primed PCRやLong-range PCR等により実施している。一部の検体についてはロングリードシークエンサーを使用してリピート数を計測するなど、リピート伸長異常を同定することができた。
(3)ターゲットパネル解析、リピート伸長解析、Exome解析の陰性例について、ロングリードシークエンサー(GridION)を使用した全ゲノム解析も数例ではあるが開始した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度構築したCMT及びHSANを含む遺伝性ニューロパチー103遺伝子を対象としたターゲットパネルを用いて、新規のCMT疑い症例をさらにおよそ300例の解析が継続して実施できており、順調である。
陰性症例についてリピート伸長解析も進め、RFC1リピート伸長やNOTCH2NLCリピート伸長をさらに同定した。またOPDM関連遺伝子についてのリピート伸長解析も実施し、現在論文投稿中である
ターゲットパネル解析、リピート伸長解析、Exome解析の陰性例について、遺伝的要素が非常に高い症例を選別し、ロングリードシークエンサーを使用した全ゲノム解析も開始している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
次年度も新規CMT疑い症例およそ300例の解析を実施予定である。新規変異については、segregation解析やIn silico解析を進め、変異の病的意義を検証する。またリピート伸長異常については既知の遺伝子については、随時解析を実施する。ロングリードシークエンサーを用いてリピート数の計測や全ゲノム解析も実施していく予定である。 過去の解析データも含め、遺伝子毎の臨床的遺伝学的特徴を明らかにする。
|
