| Project/Area Number |
22K15901
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Review Section |
Basic Section 52050:Embryonic medicine and pediatrics-related
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
藤田 京志 横浜市立大学, 医学部, 助教 (20805113)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
|
| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
|
|---|
| Keywords | 難治性てんかん / 体細胞変異 / 次世代シークエンス / 単一遺伝子疾患 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
大頭症を認める多発奇形症候群の一部の患者群には原因遺伝子としてPI3K/AKTパスウェイに関連した遺伝子が報告されている。申請者らはこれまでにこれらの症候群の症例に加え大頭症を認める他の多発奇形症候群の症例に対し全エクソーム解析を実施し、生殖細胞系列・体細胞バリアントの解析を行ったが、約50%の症例においては原因となるバリアントが検出されていない。未解決症例に対し、様々な次世代シークエンス技術を駆使して、新規疾患原因遺伝子の同定を目指す。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度全エクソームが解析中であった3例のうち2例はすでに報告のある原因遺伝子を検出し、残りの1例は未解決となった。また、昨年度全エクソーム解析で原因となるバリアントが同定されていない16症例に対して実施した、血液由来DNAを用いたPI3K/AKTパスウェイの遺伝子のターゲットシークエンスによるディープシークエンスで、2症例で候補に残っていたPIK３CA遺伝子のバリアントは共に血液にバリアントアレル頻度が約0.7%であることが確認できた。また、過去に全エクソーム解析を行った症例に対して遺伝子情報や文献情報の更新を行い、見直したところ1例において報告数の少ない遺伝子のバリアントを検出した。他施設で当該遺伝子のバリアントを有する症例の情報を集積していないか確認したところ、海外の1施設で集積していたため、共同研究することとなった。
今年度は新たに3例の大頭症を有する症例を集積した。そのうち2例で手術脳組織サンプルが得られ、そのDNAを使用してターゲットシークエンスを実施し原因バリアントをPTENとPIK3CA遺伝子に同定した。残りの1症例は現在全エクソームで解析中である。
全エクソームやターゲットシークエンスによる解析で候補バリアントが検出されなかった症例のうちDNA量が十分残っていた10家系に対しショートリードシークエンスの全ゲノム解析を実施した。コード領域内には疾患原因と考えられるバリアントは検出されなかったため、5’非翻訳領域のupstream Open Reading Frame (uORF) に着目して解析を行ったが、疾患原因と考えられるバリアントは検出されなかった。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
以前から集積していた症例に対して予定していた、全エクソーム解析、ターゲットシークエンス、ショートリードシークエンサーによる全ゲノム解析は終了し、DNA残量のある7例に対してロングリードシークエンサーによる全ゲノム解析を行っているところである。また、これまでに2症例で報告例の少ない遺伝子のバリアントを全エクソーム解析で検出し、それぞれ他施設と共同研究を行っている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
新規症例に対してはこれまでに行ってきた全エクソーム解析またはターゲットシークエンスから解析を実施する。ショートリードシークエンサーによる全ゲノム解析はエクソンから離れたイントロン (deep intron) 領域に着目して解析を行う。ロングリードシークエンサーによる全ゲノム解析では染色体構造異常に着目していく。また、報告数の少ない遺伝子のバリアントや新規原因遺伝子が新たに検出された場合には共同研究または学会、論文により研究成果を報告する。
|
