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Challenges to spatiotemporal understanding of cell-cell interactions by RNA motion

Research Project

Project/Area Number 22K16131
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 53020:Cardiology-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Katoh Manami  東京大学, 医学部附属病院循環器内科, 特任助教 (60832045)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords心不全 / 酸化的リン酸化 / 抗酸化作用 / 単一細胞解析 / RNA motion / single cell RNA-seq / singlecell-RNA-seq
Outline of Research at the Start

経時的なsingle cell RNA-seqのデータから、数理モデルを用いて、心臓内の全ての細胞を同一空間、同一時間軸に配置し、3Dアニメーションを作成する。これを、RNA motionと名付けた。
全ての生命現象は、細胞間相互作用なくしては成立しない。多細胞間相互作用とそのダイナミクスの研究は、生命現象の本質に迫る研究と考えられる。ただ、この研究は多くの細胞の挙動が同時多発的に関与しているため、それらを俯瞰的に解釈することは、非常に難しい。
本研究では、圧負荷心不全モデルマウスの心臓の各種細胞のデータを統合し、3Dアニメーションを用いて4次元で表現することで、複雑な生命現象の理解に挑戦する。

Outline of Final Research Achievements

The data from single cell RNA-seq of cardiomyocytes from pressure-loaded mouse models were integrated and analysed. The use of time-series single cell data allowed us to observe real changes over time. Between 1 and 2 weeks of pressure loading, the O X P H O S-related gene cluster was markedly elevated. Furthermore, between 2 and 4 weeks of pressure loading, there was a marked increase in the genes related to antioxidant stress. This indicates that after the onset of pressure overload, the OXPHOS is more hyper-activated than ever before in an attempt to maintain cardiac contractility, but if this is sustained, ROS accumulate and an oxidative stress response occurs.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

心不全は未だ予後不良の疾患であり、患者数も増加の一途を辿っている。病態が非常に複雑で多因子疾患であるため、根本的な治療法は見つかっていない。この状況において、心不全の病態解明は喫緊の課題であり、新規心不全病態制御因子の発見が待たれている。本研究は、心不全モデルマウスを用いて、心不全の進行による遺伝子発現の変化を時系列で追い、病態変化の過程を詳細に検証した。その結果、心不全進行の過程では、前期は酸化的リン酸化が亢進し、後半で抗酸化応答が生じていた。ヒト心不全患者の過程に当てはめると、前半が代償期で後半が非代償期であると考えられる。この病態過程を意識した治療が有効な新規治療につながる可能性がある。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (2 results)

All 2023

All Journal Article (1 results) Presentation (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] How Can We Survive the Heart Failure Pandemic Era? Basic Research for Understanding the Pathophysiology of Heart Failure and Development of Novel Therapies2023

    • Author(s)
      Katoh Manami、Ko Toshiyuki、Katagiri Mikako、Yamada Shintaro、Ito Masamichi、Komuro Issei
    • Journal Title

      Journal of Asian Pacific Society of Cardiology

      Volume: 2

    • DOI

      10.15420/japsc.2022.37

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Vaccine therapy for heart failure targeting the inflammatory cytokine2023

    • Author(s)
      Manami Katoh
    • Organizer
      Keystone symposia
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2025-01-30  

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