| Project/Area Number |
22K16690
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 56010:Neurosurgery-related
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| Research Institution | The University of Tokyo (2023)
Kyushu University (2022) |
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Principal Investigator |
藤岡 寛 東京大学, 医科学研究所, 特任研究員 (10914252)
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| Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
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| Keywords | liquid biopsy / glioma / plasma / CSF / cell free DNA / cell free tumor DNA / digital PCR / MLPA / glioblastoma / liquid iopsy |
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| Outline of Research at the Start |
神経膠腫の時間的空間的不均一性の克服にはliquid biopsyが大きく寄与すると予想される。 神経膠腫において 髄液中cell free tumor DNAが検出できることはわかってきた。しかし現段階では採取 できるDNA量が極微量であることで網羅的な解析が可能な症例は限られ、髄液採取よりもよ り侵襲性の低い血液では感度が十分ではない。本研究はより高感度なassay開発による神経膠 腫由来の血漿ctDNAの検出、髄液ctDNA増幅による網羅的解析方法の開発を遂行し、神経膠腫liquid biopsyの臨床での実用性を向上させる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
新型digital PCRシステムである、QuantStudio Absolute QデジタルPCRシステムを導入し、glioma患者における血中/髄液中cfDNAの解析を行った。九州大学脳神経外科で保存していたサンプルの検討し、従来型のdigital PCRでは変異を検出できなかった症例において、髄液検体において変異が検出ができるようになるなど感度の改善を認めた。また、WHO grade1であるpilocytic astrocytomaの症例において当施設では初めて頭蓋内由来ではあるが、髄液cfDNAからBRAF V600E変異の検出を行うことができた。2023年に本邦でもBRAF V600E変異を有する脳腫瘍に対しBRAF/MEK阻害剤が保険適用となり、脳腫瘍において腫瘍検体以外からBRAV600E変異が検出できるということは非常に重要な結果である。一方血液からcfDNAを採取しIDH変異などの解析を試みているが、腫瘍と同一の変異の検出には至っていない。
今までのglioma患者に対するCSF中のcell free DNAの解析によるliquid biopsyに関して我々の過去の成果も含めreviewを行った。<Liquid Biopsy for Glioma Using Cell-Free DNA in Cerebrospinal Fluid: Otsuji, et al Cancers 2024, 16(5), 1009; https://doi.org/10.3390/cancers16051009>
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型のdigital PCRを使用し,髄液/血液からのglioma由来cell free DNA検出を目指した。髄液中からの検出は新型dPCRの使用で感度の上昇が見られたが、重要な目的である血液からのglioma由来cell free DNAの検出に成功していない。
また、DNA増幅による感度の上昇を検討したが、目的とする質の高いDNAの精製はできていない。
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| Strategy for Future Research Activity |
glioma患者より採取した髄液・血液検体からcfDNAを抽出し、新型digital PCRによる解析を行う。まだ少数のサンプルでしか検討できていないため、解析件数を増やす。特に血液に関しては再度使用するサンプル量、保存方法、抽出方法、使用するDNA量などを再検討し、十分な感度を目指す。
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