頭頸部癌におけるスプライシング関連遺伝子CPSF1遺伝子異常による発癌機構の解明

Research Project

Project/Area Number	22K16935
Research Category	Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
Research Institution	Tokai University
Principal Investigator	酒井昭博東海大学, 医学部, 准教授 (20384886)
Project Period (FY)	2022-04-01 – 2026-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help	¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000) Fiscal Year 2025: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000) Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000) Fiscal Year 2023: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000) Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Keywords	選択的スプライシング / CPSF1 / RNA-Seq / 頭頸部癌 / 扁平上皮癌
Outline of Research at the Start	1：臨床検体を用いた免疫組織化学染色によるCPSF1過剰発現の解析を行う。 2：FFPEより RNAを抽出し、RNA-Seq解析によるトランスクリプトーム解析を行い、キーとなるスプライシング変異を同定する。 3：同定されたスプライシング変異を、TCGAデータ、臨床検体を用い、実験的検証を行う。 4：細胞株を用いたスプライシング変異の機能解析により発癌メカニズムの解明を目指す。
Outline of Annual Research Achievements	近年、選択的スプライシングによる発癌機構が報告されてきている。スプライシング関連遺伝子の異常変異により選択的スプライシングに変化が生じ、スプライシング変異が異常な機能を獲得することにより、細胞増殖・細胞周期の逸脱を生じ、それにより癌が誘発、促進される。しかし頭頸部癌においてこの発癌機構を研究した報告は殆ど無い。過去に我々は頭頸部癌細胞株を用いてスプライシング関連遺伝子CPSF1の異常により発がんが誘発されることを明らかにした。よって本研究では頭頸部癌におけるスプライシング関連遺伝子CPSF1とそれによるスプライシング変異の発現を、臨床検体を用いて解析、頭頸部癌の診断、治療に応用可能なスプライシング変異を同定することを目的とする。 1 臨床検体を用いた免疫組織化学染色によるCPSF1過剰発現の解析を行い実際の日本人の頭頸部癌臨床検体におけるCPSF1発現の有無を確認する。2 新鮮凍結標本より RNAを抽出し、RNA-Seq解析によるトランスクリプトーム解析を行い、キーとなるスプライシング変異を同定する。3 同定されたスプライシング変異を、TCGAデータ用い、in silicoで解析を行う。4 細胞株、臨床検体を用いた実験的検証を行い、スプライシング変異の機能解析により発癌メカニズムの解明を目指す。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 4: Progress in research has been delayed. Reason FFPEからのRNA抽出に関して、比較的新しいサンプル(2-3年未満)を用いて、RNA抽出を試みたが、クオリティの問題から断念せざるをえなかった。そのため、新鮮凍結標本からの抽出に方針を変更したため。
Strategy for Future Research Activity	標本蓄積は順調に進んでおり、今年度は新鮮凍結標本からRNA抽出を行い、計画通り、RNA-Seqを行い、バイオインフォマティクス解析を行う予定である。