オミクス解析を用いた口腔癌における歯周病原菌の役割の解明
Project/Area Number |
22K17202
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Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Review Section |
Basic Section 57060:Surgical dentistry-related
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Research Institution | Osaka University |
Principal Investigator |
西山 今日子 大阪大学, 歯学部附属病院, 医員 (70846542)
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Project Period (FY) |
2022-04-01 – 2024-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
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Keywords | 口腔癌 / 歯周病原菌 / 浸潤・転移 / 癌微小環境 / オミクス解析 |
Outline of Research at the Start |
口腔細菌感染である歯周病は口腔癌のリスク因子として挙げられ、歯周病原菌が原因の一つと考えられている。近年、TCGAデータ解析を用いた研究は様々報告されており、網羅的な生体内分子解析(オミクス解析)によって生み出された大量のデータを、横断的に分析し生命現象を解明していくバイオインフォマティクスは急速に拡大・発展している。頭頸部癌における飢餓誘導遺伝子の予後への影響を次世代シークエンサーやTCGAデータを用いて解析を行ってきた3次元組織モデルを用い、歯周病態下における口腔癌環境を生体に近い状態で再現し、シークエンス解析を行い、口腔癌への歯周病原菌が及ぼす影響を網羅的に解析し明らかにする。
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Outline of Annual Research Achievements |
口腔細菌感染である歯周病は口腔癌のリスク因子として挙げられ、歯周病原菌が原因の一つと考えられている。近年、TCGAデータを用いた網羅的な生体内分子解析(オミクス解析)によって生み出された大量のデータを、横断的に分析し生命現象を解明していくバイオインフォマティクスは急速に拡大・発展している。 これまでに我々は、頭頸部癌における飢餓誘導遺伝子の予後への影響を次世代シークエンサーやTCGAデータを用いて解析を行ってきた。 同様の方法で、今回我々は、頭頸部癌(HNSCC)への歯周病原菌が及ぼす影響を網羅的に解析し明らかにすることを目的とし研究を遂行した。その具体的な方法として、歯周病原菌P. gingivalis ATCC 33277またはF. nucleatum ATCC 25586(MOI:1)で口腔扁平上皮癌細胞株SASを処理し、RIsureを用いてRNAを抽出し次世代シークエンサーにて解析を行った。著明な発現変化を示す322遺伝子を抽出し、F. nucleatum感染細胞では120遺伝子の発現上昇と、202遺伝子の発現減少を認めた。また、P. gingivalis感染細胞では160遺伝子の発現上昇と、162遺伝子の発現減少を認めた。F. nucleatumもしくはP. gingivalis感染細胞で共通に著明な発現変化を示す遺伝子として31遺伝子(上昇)、48遺伝子(低下)を特定した。さらに、HNSCCのTCGAデータベースを用い、共通して変化を認めた遺伝子発現を調べたところ、CACYR、DHRS2、DLEU7、WISP1、AKAPS、C2orf88、KIAA1456、SLC47A1は、癌組織で正常組織と比較し発現に差を認めた。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通りに細胞・細菌培養、感染実験を遂行し、シークエンス解析、データ処理についてもスムーズに進めることができた。
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Strategy for Future Research Activity |
F. nucleatumもしくはP. gingivalis感染細胞で共通に著明な発現変化を示し、かつHNSCCのTCGAデータベースにて共通して変化を認めた特定の8遺伝子(CACYR、DHRS2、DLEU7、WISP1、AKAPS、C2orf88、KIAA1456、SLC47A1)について、今後は高発現群と低発現群での生存率の違い等を中心にデータ解析を行っていく。それをもとに癌悪性化機構に関与するシグナル伝達やタンパク相互作用を明らかにしていく。
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Report
(1 results)
Research Products
(2 results)