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Development of a cellular analysis technology based on conditional IEDDA reactions

Research Project

Project/Area Number 22K19096
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 37:Biomolecular chemistry and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

水上 進  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30420433)

Project Period (FY) 2022-06-30 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
KeywordsIEDDA反応 / テトラジン / 大環状構造 / 刺激応答性 / クリックケミストリー / 逆電子需要型Diels-Alder反応 / 蛋白質濃度制御 / PROTAC / 細胞解析
Outline of Research at the Start

大環状化テトラジンの環開裂によるIEDDA反応制御機構を光開裂反応と組みわせることで、本課題ではこの知見をもとに、(i) 光応答性高速クリック反応の開発、およびこの反応を蛋白質分解を誘導するPROTACシステムに導入することで、 (ii)光による細胞内蛋白質濃度の制御技術の開発を行う。

Outline of Annual Research Achievements

逆電子需要型Diels-Alder(IEDDA)反応は、無触媒かつ圧倒的な速さで進行することから、様々な分野での応用が期待されているクリック反応の一つである。我々はこれまでに、大環状構造を持つtetrazineを外部刺激で開環させることでIEDDA反応の進行を制御するシステムを開発している。このシステムを応用して、細胞内蛋白質濃度の光制御を行うことを目的として、光応答性IEDDA反応の開発および細胞内蛋白質濃度の光制御技術開発を目指している。令和5年度は、以下の(i)および(ii)の研究を行った。
(i) 光応答性IEDDA反応の開発:光応答性保護基o-nitrobenzyl基をリンカー中に組み込んだ3種類の化合物PTz1、PTz2、PTz3を開発した。ニトロベンジル基が大環状構造に含まれるPTz1はその剛直な構造のためか光切断は起こらなかったが、大環状構造の隣接部位にニトロベンジル基を有するPTz2,PTz3においては、光照射により速やかに開環し、trans-シクロオクテン(TCO)存在下でIEDDA反応が速やかに進行した。
(ii) 細胞内蛋白質濃度の光制御技術の開発:前年度までに開発したPROTAC化合物中のジヒドロ葉酸還元酵素(eDHFR)リガンドを光応答性リガンドへと置き換えた化合物(photoPROTAC)を新たに合成した。合成したphotoPROTACは、365 nm光照射におけるZ体比率が78%、560 nm光照射によるE体比率が98%であった。eDHFR-EGFPを安定発現するHEK293細胞に終濃度1μMのphotoPROTACを添加した後、紫色光を照射したところ、緑色光照射時は暗所下と同様に標的蛋白質の分解はほとんど進行しなかったが、eDHFR-EGFP量が53%まで減少することがウェスタンブロットから示された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

光応答性の大環状テトラジン開発については、難航していた化合物の合成が進行し、着実に当初の目標に近づいている。またフォトクロミックリガンドを応用したphotoPROTACシステムを用いた細胞内蛋白質分解については、完全な分解は達成できてはいないものの、約50%の分解を達成しており、本年度中には大きな進捗が見られたと言える。

Strategy for Future Research Activity

開発した光応答性の大環状テトラジンユニットをベースとした光応答性PROTACシステムを完成させることで、細胞内蛋白質濃度の光による精密制御を目指す。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Long-term imaging of intranuclear Mg<sup>2+</sup> dynamics during mitosis using a localized fluorescent probe2023

    • Author(s)
      Matsui Yusuke、Kowada Toshiyuki、Ding Yi、Sahoo Priya Ranjan、Kikuchi Kazuya、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 59 Issue: 46 Pages: 7048-7051

    • DOI

      10.1039/d2cc05930d

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cellsketch: Simplified Cell Representation for Label-free Cell and Nuclei Segmentation2023

    • Author(s)
      Novianti Ira、Mizukami Shin
    • Journal Title

      Annu Int Conf IEEE Eng Med Biol Soc 2023

      Volume: - Pages: 1-4

    • DOI

      10.1109/embc40787.2023.10340497

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Arylazopyrazole-Based Photoswitchable Inhibitors Selective for Escherichia coli Dihydrofolate Reductase2023

    • Author(s)
      Himadri S. Sarkar, Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Satoshi Hamaguchi, Toshizo Sato, Kento Kasahara, Nobuyuki Matubayasi, Toshitaka Matsui, and Shin Mizukami*
    • Journal Title

      ACS Chem. Biol.

      Volume: 18 Issue: 2 Pages: 340-346

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00749

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Clip to Click: Controlling Inverse Electron-Demand Diels窶鄭lder Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • Author(s)
      Ira Novianti, Toshiyuki Kowada, and Shin Mizukami*
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 24 Issue: 17 Pages: 3223-3226

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c01010

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative and Repetitive Control of Subcellular Protein窶撤rotein Interaction Using a Photochromic Dimerizer2022

    • Author(s)
      Takato Mashita, Toshiyuki Kowada, Hayashi Yamamoto, Satoshi Hamaguchi, Toshitaka Matsui, Shin Mizukami
    • Journal Title

      ChemRxiv

      Volume: 巻号無し

    • DOI

      10.26434/chemrxiv-2022-7vq8s-v2

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Open Access
  • [Presentation] Cellsketch: Simplified Cell Representation for Label-free Cell and Nuclei Segmentation2023

    • Author(s)
      Ira Novianti, 水上 進
    • Organizer
      第 45 回 IEEE, EMBS 国際年次大会 (EMBC 2023)
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 逆電子要請型 Diels&#8211;Alder 反応の反応制御を 指向した大環状テトラジンの構造最適化2023

    • Author(s)
      牧亮太, 高嶋一平, Ira Novianti, 水上進
    • Organizer
      Tohoku University 2023 Chemistry Summer School
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] タグ融合タンパク質の光応答性分解剤の開発2023

    • Author(s)
      松尾章弘, 小和田俊行, Himadri S. Sarkar, 松井敏高, 水上進
    • Organizer
      Tohoku University 2023 Chemistry Summer School
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] フォトクロミック蛋白質二量化剤を用いた細胞内蛋白質局在の光制御法の開発2023

    • Author(s)
      松尾章弘, 小和田俊行, 水上進
    • Organizer
      日本化学会秋季事業 第13回 CSJ化学フェスタ
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 逆電子要請型 Diels-Alder 反応の反応制御を 指向した大環状テトラジンの構造最適化2023

    • Author(s)
      牧亮太, 高嶋一平, Ira Novianti, 水上進
    • Organizer
      日本化学会秋季事業 第13回 CSJ化学フェスタ
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] タグ融合蛋白質の細胞内分解を光制御する機能性化合物の開発2023

    • Author(s)
      松尾 章弘,小和田 俊行,Himadri Sarkar,松井 敏高,水上 進
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Activatable Click Reactions with Macrocyclic Tetrazines2022

    • Author(s)
      Ira Novianti,Toshiyuki Kowada,Shin Mizukami
    • Organizer
      第22回東北大学多元物質科学研究所研究発表会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Visualization and control of live cell functions by integrating organic chemistry and light2022

    • Author(s)
      Shin Mizukami
    • Organizer
      東京大学理学系研究科化学専攻雑誌会セミナー
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 光可逆的蛋白質ラベル化システムによる 細胞内蛋白質動態と細胞機能の光制御2022

    • Author(s)
      水上進
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会 シンポジウム「細胞内メゾ複雑体の構造と機能」
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Remarks] 水上研究室 | 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      https://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Remarks] 水上研究室 | 東北大学多元物質科学研究所

    • URL

      http://www2.tagen.tohoku.ac.jp/lab/mizukami/

    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2022-07-05   Modified: 2024-12-25  

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