History of humans and pathogens revealed by ancient viral genome analysis
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22K19343
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
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| Research Institution | University of Yamanashi |
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Principal Investigator |
安達 登 山梨大学, 大学院総合研究部, 教授 (60282125)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 智久 山梨大学, 大学院総合研究部, 助教 (30585310)
神澤 秀明 独立行政法人国立科学博物館, 人類研究部, 研究主幹 (80734912)
森石 恆司 山梨大学, 大学院総合研究部, 教授 (90260273)
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| Project Period (FY) |
2022-06-30 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
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| Keywords | HBVゲノム / 古代DNA / 感染実験 |
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| Outline of Research at the Start |
B型肝炎ウイルスは人類以外の霊長類に広く感染し、それらが人類へも感染することが知られており、各々に特有な遺伝子型が明らかにされている。そのため、特徴的な生息域を持つ霊長類のB型肝炎ウイルス遺伝子を古人骨から検出できれば、ヒトの移動経路が明らかにされる可能性がある。これを用いて日本列島へのヒトの移動仮説の検証を行い、新たな仮説の提唱を目指す。また、古代ウイルス粒子を再現し感染実験を行うことで、B型肝炎ウイルスの進化史をも明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
縄文時代人骨から検出されたB型肝炎ウイルスのゲノム配列は、既存のB型肝炎ウイルスクラスターの中では東南アジアタイプとの一致率が最も高く、同一ジェノタイプの基準を満たすものであった。
そのため系統解析、主成分分析を行うと東南アジアタイプのクラスター近くに入ってはくるが、ブートストラップ値が十分高いとはいえず、進化のプロセスが不明のままであった。既知の研究からはリコンビナントの可能性が最も有力に考えられた。
しかしリコンビナント解析を既存のB型肝炎ウイルスとの間で行っても、はっきりとした検出には至らず、未知のB型肝炎ウイルスとのリコンビナントの可能性も示唆された。
系統ネットワーク解析を行うと複雑なリコンビナントの可能性が示され、検出されたB型肝炎ウイルスはやはり東南アジアタイプの近縁に位置した。
以上の結果を初期人類集団の移動と関連させて論文に投稿する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
上記の様に、古人骨から検出したHBVゲノム配列自体は決定できており、その系統についてもほぼ決定できている。しかし感染実験については未だおこなえていないので、今年度はこの実験の実現を目指す。
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| Strategy for Future Research Activity |
感染実験を精力的に進める。古代HBV（ancient HBV: aHBV）DNAを培養細胞に導入、レプリコンを作製、導入後の複製効率をaHBVと現代HBV(modernHBV : mHBV)とで比較、またウイルス粒子を再現し、aHBVとmHBVの現代人のNTCPへの感染効率の比較、aHBVとmHBVの古代人のNTCPへの感染効率を感染実験で探る。さらにHBVの病原性にはHBVの産生するHBxタンパクが関わるが、未だ不明な部分が多い。予備研究で、HBxの塩基配列に進化速度の遅い部分を特定しており、本研究で得られた古代HBV DNAからHBxの保存領域を取り出したプラスミドを培養細胞に導入し、レプリコンまたはウイルス粒子を復元し、ウイルス増殖におけるHBxの機能を明らかにする。
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Report
(1 results)
Research Products
(5 results)
