| Project/Area Number |
22K19349
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 45:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
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Principal Investigator |
野澤 昌文 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (50623534)
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| Project Period (FY) |
2022-06-30 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | B染色体 / ショウジョウバエ / Y染色体 / 遺伝子発現 / 性染色体 / マイクロダイセクション / ゲノムアセンブリ / 染色体FISH |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では、メンデル遺伝に従わないB染色体とよばれる染色体を物理的に単離する2つの手法を確立し、その方法を用いて申請者自身が発見したアサヒナショウジョウバエのB染色体の配列を決定することを目的とする。また、得られたB染色体配列を本種および近縁種のゲノム配列と比較し、B染色体の起源と機能、さらには生物学的意義を明らかにすることを目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度はB染色体を持つDrosophila asahinai（アサヒナショウジョウバエ、以降アサヒナ）のB有系統のメスについてヘテロクロマチン濃縮アセンブリを行い、B無系統のメスとの比較により、候補B染色体配列約9Mbpを同定した。また、B無系統のオスについても同様にヘテロクロマチン濃縮アセンブリを行い、メスゲノムと比較した結果、約3Mbpの候補Y染色体配列を同定した。両染色体には相同な遺伝子が5つ見つかった。さらにどっとプロット解析やシミュレーションによる解析を行った結果、候補B染色体配列と候補Y染色体配列は、同じ長さの配列をゲノムからランダムに抽出した場合と比べて有意に相同性が高いことが分かった。このことは、B染色体とY染色体に何らかの進化的関連性が存在することを示唆する。
現在、B染色体の機能と存在意義を明らかにすべく、核型観察を行わずにB染色体の有無を判定する方法を確立するため、B染色体特異的に増幅するプライマーの設計を試みている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ヘテロクロマチン濃縮アセンブリにより、昨年度に比べて候補B染色体配列、候補Y染色体配列をより多く同定できたため。また、両者に進化的関連性がある可能性を明らかにできたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
HiFi-seqやオプティカルマッピングを用いて、さらに完全な候補B染色体配列、候補Y染色体配列の同定に注力する。また、B染色体、Y染色体を特異的に増幅するプライマーを作成し、qPCRによってB染色体の本数、Y染色体の有無を判別する系を確立する。確立した系を用いて、環境条件によるB染色体の遺伝率の違いの有無などを検証する。
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