Development of the GARAPON method for estimating the prevalence of antimicrobial resistance gene in each bacterial species in water environment

Research Project

Project/Area Number	22K19848
Research Category	Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Allocation Type	Multi-year Fund
Review Section	Medium-sized Section 63:Environmental analyses and evaluation and related fields
Research Institution	Ehime University
Principal Investigator	渡辺幸三愛媛大学, 沿岸環境科学研究センター, 教授 (80634435)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	鈴木聡愛媛大学, 理工学研究科(工学系), 寄附講座教授 (90196816)
Project Period (FY)	2022-06-30 – 2024-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help	¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000) Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000) Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords	DNAメタバーコーディング / 薬剤耐性菌 / 水環境
Outline of Research at the Start	培養可能な細菌種は，環境試料からその種を単離培養することで，どのような薬剤耐性遺伝子を保有するかを把握できるが，培養方法が確立されていない培養不可菌の薬剤耐性遺伝子の実態は未解明である。また，環境試料から抽出した細菌群集DNAの定量PCR解析から，培養不可菌を含む群集がどの耐性遺伝子をどの程度保有するのかは解明されてきたが，「どの種」が保有するのかは未知のままである。本研究で開発するガラポン法で環境細菌群集を構成する各種の耐性遺伝子の保有率を推定できれば，薬剤耐性菌研究にブレークスルーを起こすこととなる。