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Unrevealing a coexistence mechanism and ecosystem evaluation of marine fishes using a metacommunity model and environmental DNA

Research Project

Project/Area Number 22K20672
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0703:Biology at organismal to population levels and anthropology, and related fields
Research InstitutionFisheries Research and Education Agency

Principal Investigator

西嶋 翔太  国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水産資源研究所(横浜), 主任研究員 (50805116)

Project Period (FY) 2022-08-31 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords環境DNA / 多種共存 / メタ群集 / 占有モデル / 生物多様性 / 生態系評価 / トレードオフ / 海産魚類
Outline of Research at the Start

海では、多くの種類の魚が生息しているが、様々な特徴をもつ魚種が共存している理由は明らかにされていない。エサや住み場所の争いが弱い種は、別の場所へ移動し定着することで、共存できることが理論的に示唆されている一方で、競争能力と定着能力の関係については十分に検証されていない。本課題では、少量の水を採取することで生息している魚種を網羅的に検出可能な環境DNAを使用し、海産魚類における競争能力と定着能力の関係の検出と多種共存機構の解明に取り組む。多種の時空間分布を同時に推定できる新たな数理統計モデルを開発することで、この課題に取り組み、最終的には海産魚類の生物多様性の健全性を評価することを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

これほど多くの生物種がどのように共存しているのか?これは生態学における古くからの問いであると同時に、生物多様性からの恵みを持続的に享受するために取り組むべき重要課題の一つである。多種共存を促進する要因として、競争能力と定着能力のトレードオフがある。そこで本研究では、環境DNAと多種の競争能力と定着能力を推定可能なメタ群集モデルを開発して、海産魚類群集を対象に競争と定着のトレードオフの検出することを目的とした。さらに、メタ群集モデルを用いることで、環境DNAを用いた多種一括型の生態系評価の実施を目指している。
前年度(1年目)までに、リッジ回帰を組み込んだメタ群集占有モデルを開発し、東京湾でサンプリングと分析を行ったMiFishで取得された環境DNAデータに適用した。その結果、リッジ回帰を組み込まない場合に比べて、現実的なパラメータが推定され、予測精度も高くなることを明らかにした。この推定結果を用いて、各種の局所絶滅率と定着率を定量化したところ、両者の能力に明瞭な相関関係が見られ、トレードオフが海産魚類全般にわたって生じているという結果が得られていた。当該年度(2年目)では、FishBaseから各魚種の形質データを取得し、トレードオフに影響する要因を調べた。その結果、適性水温や栄養段階、体サイズといった要因がトレードオフの形に影響していることが示唆された。さらに、メタ群集モデルから求められる各種の占有率の平衡状態を基準とした生態系の健全性評価の手法について検討した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当該年度は局所絶滅率と定着率のトレードオフの形が種の形質によって左右されることを明らかにしたほか、環境DNAを用いた生態系評価手法の開発に着手した。これらの成果の一部について第71回日本生態学会大会においてポスター発表を行った。一定の進捗があった一方で、メタ群集占有モデルの推定精度の検証のためのシミュレーションについてはあまり進めることができなかった。そのため、当初は当該年度までの課題であったが、期間を延長しており、進捗状況としては「やや遅れている」と判断した。

Strategy for Future Research Activity

メタ群集占有モデルに、環境DNAのリード数などの情報を共変量として使用し、モデルの改良を試みる。次に、開発したメタ群集占有モデルの推定精度の検証のためのシミュレーションテストを行う。これらのプロセスを経て改良したモデルを使用し、局所絶滅率と定着率の間のトレードオフの再解析を行う。さらに、トレードオフの形が生物多様性の維持に果たす役割について解析する。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results) Funded Workshop (2 results)

  • [Presentation] 環境DNAを用いた海産魚類のメタ群集動態の推定2024

    • Author(s)
      西嶋 翔太,本郷 悠貴,岡村 寛
    • Organizer
      第71回日本生態学会大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Overlooked individual-level density dependence in fisheries management: incorporating somatic growth dynamics in a state-space model2023

    • Author(s)
      西嶋 翔太
    • Organizer
      国際シンポジウム"Quantitative Ecological Modeling for Biodiversity, Conservation, and Management"
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 隠れマルコフモデルによる水産資源における生産性のレジームシフトの検出2023

    • Author(s)
      西嶋 翔太, Xiaozhuo TANG, Fan ZHANG, Nan ZHENG, 船本 鉄一郎, 古市 生, 上村 泰洋, 黒田 啓行, 境 麿, 米崎 史郎, 由上龍嗣
    • Organizer
      第70回日本生態学会大会ポスター発表
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] How likely do fish exhibit recruitment regime shifts? ―Application of a hidden Markov stock-recruitment model to Japanese commercial fishes―2023

    • Author(s)
      西嶋 翔太, Xiaozhuo TANG, Fan ZHANG, Nan ZHENG, 船本 鉄一郎, 古市 生, 上村 泰洋, 黒田 啓行, 境 麿, 米崎 史郎, 由上龍嗣
    • Organizer
      ASLO Aquatic Sciences Meetings 2023 (oral presentation)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Influence of ocean current on the distribution of demersal commercial fish species in the Northeast Pacific region of Japan2023

    • Author(s)
      松葉史紗子, 西嶋翔太
    • Organizer
      ASLO Aquatic Sciences Meetings 2023 (poster presentation)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 水産資源のレジームシフトとレジームシフトを予測・管理するための群集アプローチ2022

    • Author(s)
      西嶋 翔太
    • Organizer
      水産海洋学会地域研究集会「第5回海と漁業の生態系に関する地域研究集会:海洋生態系の中で漁業を科学する」
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Remarks] 国際シンポジウムのホームページ

    • URL

      https://sites.google.com/view/ecomodel2023/home

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Funded Workshop] 国際シンポジウム"Quantitative Ecological Modeling for Biodiversity, Conservation, and Management"2024

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Funded Workshop] glmmTMB workshop2024

    • Related Report
      2023 Research-status Report

URL: 

Published: 2022-09-01   Modified: 2024-12-25  

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