Search for novel biomarkers of primary vitreoretinal lymphoma by comprehensive genetic analysis
| Project/Area Number |
22K20785
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
0901:Oncology and related fields
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
吉藤 康太 東京医科歯科大学, 東京医科歯科大学病院, 助教 (20830128)
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| Project Period (FY) |
2022-08-31 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | 原発性眼球内リンパ腫 / 中枢神経浸潤 / 次世代シーケンサー / 網羅的遺伝子解析 |
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| Outline of Research at the Start |
原発性眼球内リンパ腫は病変が眼球内に限局している稀なリンパ腫である。高率に脳などの中枢神経領域に進展し予後不要である。また、中枢神経領域に進展しないものも存在するが、中枢神経領域の進展に何が関与しているかは不明である。
本研究は、次世代シーケンサーというゲノム配列を高速に解読できる技術を用いて網羅的に遺伝子解析を実施し、原発性眼球内リンパ腫で高率に認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することを目的とする。また、中枢神経領域への進展に関与している遺伝子異常を明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、原発性眼球内リンパ腫(PVRL)の初発時硝子体検体を用いて次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析を実施し、PVRLで反復して認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することである。また、PVRLで高頻度に認められ、予後不良に関係している中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常を明らかにすることである。
初年度は、2例のPVRL患者の初発時硝子体検体からDNAを抽出し全エクソンシーケンスを実施した。そして、遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインを構築した。さらに、その結果や全身性DLBCLや中枢神経系原発悪性リンパ腫の発症や進展に寄与していると報告されている遺伝子異常を抽出し、107遺伝子をカバーするカスタム遺伝子パネルを作成した。
本年度は、作成したカスタム遺伝子パネルを用いて、34例のPVRL患者硝子体検体でアンプリコンシーケンスを実施した。全エクソンシーケンスを実施した2例と合わせて解析を行い、PVRLで反復して異常が認められる遺伝子として、CDKN2A (69%)、MYD88 (64%)、CDKN2B (58%)、PRDM1 (47%)、PIM1 (44%)、ETV6 (42%)、CD79B (42%)、IGLL5 (42%)を同定した。また、ETV6の欠失およびPRDM1の異常(変異および欠失)をそれぞれ23%と49%認め、これらが多変量解析で中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常として抽出された。さらに、これら2つの遺伝子異常を用いたPVRLの中枢神経領域への進展リスクモデルの構築に成功した。
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Report
(2 results)
Research Products
(3 results)
