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有孔虫の脱窒メカニズムを理解するための壁孔、液胞のバイオメトリクス

Research Project

Project/Area Number 22KF0424
Project/Area Number (Other) 22F21729 (2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2022)
Section外国
Review Section Basic Section 17050:Biogeosciences-related
Research InstitutionJapan Agency for Marine-Earth Science and Technology

Principal Investigator

野牧 秀隆  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 上席研究員 (90435834)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) RICHIRT JULIEN  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 外国人特別研究員
Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,300,000 (Direct Cost: ¥2,300,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,100,000 (Direct Cost: ¥1,100,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,200,000 (Direct Cost: ¥1,200,000)
Keywords貧酸素適応 / 液胞 / バイオメトリクス / X線CT
Outline of Research at the Start

硝酸塩呼吸をおこない、海底での窒素循環に大きく貢献しているとされる有孔虫が、硝酸塩濃度に応じても壁孔の大きさを変えて硝酸を取り込むとともに、硝酸塩の蓄積場所であるとされる液胞の体積と表面積のトレードオフが、有孔虫の硝酸塩呼吸活性により変化する、という有孔虫の硝酸塩呼吸機構に関する仮説を、SEM、TEM、マイクロX線CTを用いた細胞レベルバイオメトリクスと計算モデルにより証明する。

Outline of Annual Research Achievements

相模湾深海底から採取した堆積物を深度ごとにサンプリングし、有孔虫Bolivina spissaを酸素濃度および硝酸塩濃度の異なる環境(堆積物深度)ごとに分取した。また、Bolivina spissaを異なる酸素濃度、硝酸塩濃度に暴露した飼育実験を行い、液胞のサイズなどにどのような変化が見られるかも検討した。有孔虫試料はグルタールアルデヒドを用いて固定し、樹脂包埋、金属染色後にマイクロフォーカスX線CTを用いた内部微細構造解析を行った。得られたデータを3次元画像構築・解析ソフトを用いて解析し、環境間・種間で硝酸塩を貯める液胞の大きさ(表面積、体積)や数に違いがみられるかを検討した。
生息深度や飼育実験環境における酸素濃度、硝酸塩濃度の違いと、液胞の表面積、体積、個数には明確な関連が見られなかった一方で、房室ごとの液胞サイズには、初室側、最終室側、中間部で一貫したパターンが見られた。TEM観察により液胞の周辺を観察すると、液胞の周囲に配置される細胞小器官の様子に違いが見られた。さらに、Cryo-SEM-EDSを用いて硝酸塩に由来する窒素が液胞にどのように含まれているかを解析したところ、特定の液胞に集中している様子が見られた。このことは、実体顕微鏡、透過型電子顕微鏡像では同じに見える液胞が、それぞれ異なる役割を持つことを示す。実際に、Cryo-SEM-EDSによる元素分析では、貧酸素代謝に関連する特定の元素を濃集させた、TEM像では液胞に見える細胞小器官が見つかった。一連の研究により、大型単細胞生物有孔虫の貧酸素環境での適応においては、硝酸塩を用いた脱窒だけではなく多様な貧酸素代謝の組み合わせが行われていることが明らかになった。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] ハンブルグ大学(ドイツ)

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] サウサンプトン国立海洋研究所(英国)

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      2022 Annual Research Report
  • [Int'l Joint Research] ハンブルグ大学(ドイツ)

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Rapid Freezing and Cryo-SEM?EDS Imaging of Foraminifera (Unicellular Eukaryotes) Using a Conductive Viscous Cryogenic Glue2024

    • Author(s)
      Okada Satoshi、Richirt Julien、Tame Akihiro、Nomaki Hidetaka
    • Journal Title

      Microscopy and Microanalysis

      Volume: ozae026 Issue: 2 Pages: 359-367

    • DOI

      10.1093/mam/ozae026

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Composite calcite and opal test in Foraminifera (Rhizaria)2024

    • Author(s)
      Richirt Julien、Okada Satoshi、Ishitani Yoshiyuki、Uematsu Katsuyuki、Tame Akihiro、Oda Kaya、Isobe Noriyuki、Ishimura Toyoho、Tsuchiya Masashi、Nomaki Hidetaka
    • Journal Title

      EGUsphere

      Volume: 10.5194/egusphere-2024-60

    • DOI

      10.5194/egusphere-2024-60

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Foraminifera and plastic pollution: Knowledge gaps and research opportunities2023

    • Author(s)
      Bouchet Vincent M.P.、Seuront Laurent、Tsujimoto Akira、Richirt Julien、Frontalini Fabrizio、Tsuchiya Masashi、Matsuba Misako、Nomaki Hidetaka
    • Journal Title

      Environmental Pollution

      Volume: 324 Pages: 121365-121365

    • DOI

      10.1016/j.envpol.2023.121365

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Vacuoles size and abundance in Foraminifera: new insight about their metabolic adaptation to low oxygen environments2023

    • Author(s)
      Richirt J, Matsuzaki T, Ishitani Y, Tame A, Oda K, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Correlative analyses of cellular structures and elemental distribution of soluble compounds: Cryo-SEM imaging coupled to EDS elemental mapping in the denitrifying species Bolivina spissa2023

    • Author(s)
      Richirt J, Okada S, Glock N, Ishitani Y, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular insights into ecology and evolution of the deep-sea foraminifer Chilostomella ovoidea and its endobiotic plastid2023

    • Author(s)
      Salonen I, Husnik F, Naumova M, Ishitani Y, Richirt J, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ubiquitous occurrence of phosphate storage in foraminifera: Another adaptation to anaerobic environments?2023

    • Author(s)
      Glock N, Nomaki H, Woehle C, Algar C, Kienast M, Menon AG, Mutzberg A, Rakshit S, Richirt J, Schmiedl G, Steiner Z, Zhang Z
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Vacuole pattern in Foraminifera: new insight about their metabolic adaptation to low oxygen environments2023

    • Author(s)
      Julien Richirt, Takuya Matsuzaki, Yoshiyuki Ishitani, Akihiro Tame, Kaya Oda and Hidetaka Nomaki
    • Organizer
      JURC-DES Annual Meeting - Center for Advanced Marine Core Research
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-28   Modified: 2024-12-25  

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