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動的経路分岐を記述する化学反応速度論の開発と反応経路網の速度論的解析への展開

Research Project

Project/Area Number 22KJ0018
Project/Area Number (Other) 21J20857 (2021-2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2021-2022)
Section国内
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

伊藤 琢磨  北海道大学, 大学院総合化学院, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywords反応経路網 / 第一原理分子動力学計算 / 反応速度論 / 動的経路分岐 / 反応経路自動探索法
Outline of Research at the Start

固有反応座標(IRC)は、遷移状態(TS)を経由して反応物と生成物を繋ぐ1本の経路として定義され、IRC経路は化学反応の理論解析において広く用いられている。近年では、多数の安定構造がIRC経路によって繋がれた反応経路網に基づいた化学反応機構の解析が可能となっている。化学反応の中には、1つのTSを越えた分子運動が中間体を経由せずに複数の生成物へと至る動的経路分岐が起こる場合がある。しかし、IRCは1本の経路として定義されるため、動的経路分岐を記述できない。本研究では、動的経路分岐の自動探索法の開発、及び動的経路分岐を含む反応経路網の速度論的解析の実現を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

当該年度は、機械学習を用いた動的経路分岐の分岐比予測モデルの開発に関する研究を進めた。動的経路分岐とは、1つの遷移状態(TS)を過ぎた分子運動が分岐して複数の生成物へと至る現象である。化学反応の理論解析で広く用いられる固有反応座標(IRC)は、TSを経由する1本の経路として定義されており、動的経路分岐を記述することができない。これに対して、研究代表者はこれまでの研究で、動的経路分岐の自動探索手法、及び動的経路分岐を含む反応経路ネットワークの速度論解析手法を開発してきた。動的経路分岐の解析では、動的経路分岐を見つけたうえで、さらにその分岐比を見積もる必要がある。そのため、これまでの研究では、得られた動的経路分岐それぞれに対して、計算コストの高い第一原理分子動力学(AIMD)計算による分岐比計算を行う必要があった。これに対して、本年度は、極小構造やTSといったポテンシャルエネルギー面の情報からAIMD分岐比を予測する機械学習モデルの構築を行った。過去の文献データを用いて学習した機械学習モデルは、AIMD分岐比の傾向を再現すること、及び速度論解析を高速化することが示された。また、複雑な反応経路ネットワークに対して本モデルを適用するスキームも提案し、実際の有機合成研究に用いられた反応経路ネットワークにおける動的経路分岐の重要性を明らかにした。また、この研究と並行して、動的経路分岐を有する新規の反応系を検討する手法の開発と応用に関する研究を進め、国際学術誌であるJournal of Chemical Theory and Computation誌に発表した。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (12 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Exploring Downhill Bifurcations in [3,3]-Sigmatropic Rearrangement by Finding Transitions from an Uphill Bifurcation to a Downhill Bifurcation2024

    • Author(s)
      Ito Takuma、Maeda Satoshi、Harabuchi Yu
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 20 Issue: 5 Pages: 2049-2057

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.3c01383

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinetic Analysis of a Reaction Path Network Including Ambimodal Transition States: A Case Study of an Intramolecular Diels?Alder Reaction2022

    • Author(s)
      Ito Takuma、Maeda Satoshi、Harabuchi Yu
    • Journal Title

      Journal of Chemical Theory and Computation

      Volume: 18 Issue: 3 Pages: 1663-1671

    • DOI

      10.1021/acs.jctc.1c01297

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] ポテンシャルエネルギー曲面のトポロジーに基づく[3,3]-シグマトロピー転位の機構解析:反応性と経路分岐の関係性に関する考察2023

    • Author(s)
      伊藤 琢磨、前田 理、原渕 祐
    • Organizer
      第25回理論化学討論会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Reaction path search and kinetic simulation for a Diels-Alder reaction including dynamical bifurcations2023

    • Author(s)
      T. Ito, S. Maeda, Y. Harabuchi
    • Organizer
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ポテンシャルエネルギー面に基づく動的経路分岐の分岐比予測手法の開発:反応経路ネットワークの速度論解析への適用2023

    • Author(s)
      伊藤 琢磨、前田 理、原渕 祐
    • Organizer
      第17回分子科学討論会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 動的経路分岐を含む化学反応に対する反応経路ネットワークの構築と速度論解析2023

    • Author(s)
      伊藤 琢磨、前田 理、原渕 祐
    • Organizer
      第3回理論化学若手セミナー
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Kinetic simulation of chemical reactions including dynamical bifurcations: Application to an intramolecular Diels-Alder reaction2022

    • Author(s)
      伊藤琢磨、前田理、原渕祐
    • Organizer
      The 13th CSE Summer School & The 10th ALP International Symposium, Sapporo, Japan
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Implementing dynamical bifurcation into kinetic simulation: A case study of an intramolecular Diels-Alder reaction2022

    • Author(s)
      伊藤琢磨、前田理、原渕祐
    • Organizer
      37th Symposium on Chemical Kinetics and Dynamics
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kinetic Analysis of a Reaction Path Network Including Ambimodal Transition States: A Case Study of an Intramolecular Diels-Alder Reaction2022

    • Author(s)
      伊藤琢磨、前田理、原渕祐
    • Organizer
      12th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC2020)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Kinetic simulation of an intramolecular Diels-Alder reaction based on a reaction path network and ab initio molecular dynamics2022

    • Author(s)
      Takuma Ito, Satoshi Maeda, Yu Harabuchi
    • Organizer
      4th ICReDD International Symposium
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 動的経路分岐を含む反応経路網の構築と速度論解析:分子内Diels-Alder反応への応用2021

    • Author(s)
      伊藤琢磨、原渕祐、前田理
    • Organizer
      第23回理論化学討論会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 反応経路網と第一原理分子動力学計算に基づく分子内Diels-Alder反応の速度論解析2021

    • Author(s)
      伊藤琢磨、原渕祐、前田理
    • Organizer
      化学反応経路探索のニューフロンティア2021
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2021-05-27   Modified: 2024-12-25  

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