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三次元骨格を基盤としたペプチド模倣分子の開発とPPI阻害剤への展開

Research Project

Project/Area Number 22KJ1298
Project/Area Number (Other) 22J10875 (2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2022)
Section国内
Review Section Basic Section 37030:Chemical biology-related
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

梅寺 倖平  東京工業大学, 生命理工学院, 特別研究員(DC2)

Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥1,400,000 (Direct Cost: ¥1,400,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Keywords三次元骨格 / ケミカルスペース / ペプチド模倣分子
Outline of Research at the Start

酵素や受容体の基質結合部位を標的とした低分子医薬品は、芳香族化合物を基盤として開発されてきており、直線的・平面的な分子構造に偏っている。近年、注目を集めるタンパク質間相互作用阻害剤の開発においては、より複雑な置換基配置を可能にする母骨格の開発が望まれる。本研究では、芳香族化合物に代わり、三次元性の高い複雑な医薬品母骨格を開発し、複雑な置換地配置を可能にすることを目指す。さらには、タンパク質間相互作用面におけるペプチドの結合様式の模倣を可能とすることで、低分子阻害剤の創出に挑戦する。

Outline of Annual Research Achievements

本研究は、芳香族化合物を脱却した分子設計により、低分子医薬品のケミカルスペースの拡大を目的とした。従来の低分子医薬品は、芳香族化合物を母骨格として開発されてきており、その構造は直線的で平面的なものに偏っている。分子の構造的特徴の偏りは、低分子医薬品の創薬標的を酵素や受容体に制限する一因となっている。タンパク質間相互作用を始めとする新たな創薬標的に対する低分子医薬品の開発を目指すため、より三次元性の高い骨格に基づく分子設計が求められる。三次元性の高い骨格の中でも、架橋構造をもつ籠型骨格は、分子の立体配座が固定されることで標的選択的な分子設計が期待でき、特に医薬品設計において有用であると考えられる。また、オキソピペラジン骨格は多様な天然物に含まれることから、生物活性分子の創出に有用であるが、その籠型骨格については、医薬品設計への応用が十分に検討されていない。本研究では、籠型のオキソピペラジン骨格を新たに開発し、ペプチド模倣分子の設計へと応用することで、低分子タンパク質間阻害剤の開発を目指した。
本年度においては、医薬品開発に有用な籠型オキソピペラジン骨格の開発を目指した。医薬品開発においては、母骨格構造を固定し、部分構造を改変していくことで、活性や物性の改善を図る。そこで、三つの置換基の導入を可能にする籠型オキソピペラジン骨格の開発に取り組んだ。開発した籠型骨格は、アミノ酸を出発原料とすることで不斉合成が達成された。そして、得られた籠型骨格に、アミノ酸側鎖を模倣した置換基構造を導入することで、ペプチド模倣分子の設計を行った。しかしながら、設計したペプチド模倣分子は、顕著な生物活性を示さなかったことから、さらなる構造変換が要求される。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ボン大学(ドイツ)

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] DeepCubist: Molecular Generator for Designing Peptidomimetics based on Complex three-dimensional scaffolds2023

    • Author(s)
      Umedera Kohei、Yoshimori Atsushi、Chen Hengwei、Kouji Hiroyuki、Nakamura Hiroyuki、Bajorath J?rgen
    • Journal Title

      Journal of Computer-Aided Molecular Design

      Volume: 37 Issue: 2 Pages: 107-115

    • DOI

      10.1007/s10822-022-00493-y

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Asymmetric construction of densely functionalized three-dimensional aza-tetracyclic scaffolds for drug discovery2022

    • Author(s)
      Umedera Kohei、Morita Taiki、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Issue: 98 Pages: 13592-13595

    • DOI

      10.1039/d2cc05700j

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Design of MMP-1 inhibitors via SAR transfer and experimental validation2022

    • Author(s)
      Umedera Kohei、Yoshimori Atsushi、Bajorath J?rgen、Nakamura Hiroyuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 20915-20915

    • DOI

      10.1038/s41598-022-25079-4

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] DeepCubist: Molecular generator for designing peptidomimetics2023

    • Author(s)
      梅寺倖平
    • Organizer
      The 28th International SPACC Symposium
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] SAR転移によるMMP-1阻害剤の設計と実験的実証2023

    • Author(s)
      梅寺倖平
    • Organizer
      日本薬学会第143年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-28   Modified: 2024-12-25  

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