Reconstructions of living environments at archaeological sites using sedimentary ancient DNA
| Project/Area Number |
22KJ1413
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| Project/Area Number (Other) |
20J00078 (2020-2022)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2023)
Single-year Grants (2020-2022) |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 03060:Cultural assets study-related
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| Research Institution | The Graduate University for Advanced Studies |
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Principal Investigator |
澤藤 りかい 総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 特別研究員(CPD) (50814612)
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| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥9,360,000 (Direct Cost: ¥7,200,000、Indirect Cost: ¥2,160,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
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| Keywords | 古代ＤＮＡ / 古代土壌ＤＮＡ / 生物考古学 / 古代土壌DNA / sedaDNA / 住環境 / 古代DNA / 食物 / 病原体 |
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| Outline of Research at the Start |
過去のヒトの居住環境を、古代土壌DNAを用いて分析・復元する手法を確立する。具体的には 、遺構の各区画(炉・トイレ・ゴミ捨て場・柱跡 ・水田跡など)から土壌を採取し、DNA抽出・配列解析(ショットガンシーケンス)を行う。これによって、各区画の使われ方によってDNA構成に どのような違いが出てくるのか(各区画のマーカーとなるDNAの探索)、古代土壌DNAから当時の食物・住居の素材・寄生虫などの衛生環境の情報 が得られるのか、を検証する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
過去のヒトの居住環境を、古代土壌DNAを用いて分析・復元する手法を確立する。具体的には、遺構の各区画(炉・トイレ・ゴミ捨て場・柱跡など)から土壌を採取し、DNA抽出・配列解析(ショットガンシーケンス)を行う。これによって、(1)各区画の使われ方によって、DNA構成にどのような違いが出てくるのか(各区画 のマーカーとなるDNAの探索)、(2)古代土壌DNAから、当時の食物・住居の素材・寄生虫などの衛生環境の情報が得られるのか、を検証する。この手法を複数の遺跡に適用し、その有効性を検証するとともに、最終的には、古代土壌DNA解析から当時の居住環境を復元することを目指す。 当該年度は前年度に続き、新型コロナウイルス感染症の影響のため、サンプリングや実験、研究打ち合わせのための出張などに影響を受けたが、総合研究大学院大学において遺跡からの土壌DNA抽出を行った。2021年9月からはコペンハーゲン大学に移動し、学振CPDの主要渡航期間を開始した。コペンハーゲン大学では既に採取した土壌サンプルから古代DNAを抽出する工程を自動化し、さらに迅速に実験をすすめることが可能となった。また、前年度に得られた土壌DNAの配列解析のため、大学や遺伝研スパコンで実施するための配列解析パイプラインの作成を行った。更により詳細な遺跡利用の解明のため、ヒトDNAのターゲットキャプチャのベイトも作成し、複数の遺跡にこの手法を適用した。その結果、埋葬された人骨の周辺土壌からはヒトのミトコンドリアDNAが解析できた一方で、遺跡の居住跡からはヒトDNAをほとんど得ることができなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
主要渡航先のコペンハーゲン大学において、実験の自動化装置や大学内の大規模サーバーの利用が可能になったため、今年度は実験と解析を順調に進めることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は自動化実験によって得られた土壌DNA配列の解析を行うと共に、ターゲットキャプチャのテスト実験を行い、その有効性を検証する。
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Report
(2 results)
Research Products
(12 results)
