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Development and Functional Evaluation of Cyclic Pyrrole-Imidazole Polyamides for Anticancer Drug Applications

Research Project

Project/Area Number 22KJ1695
Project/Area Number (Other) 21J22276 (2021-2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2021-2022)
Section国内
Review Section Basic Section 37030:Chemical biology-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

廣瀬 優希  京都大学, 理学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywordsピロール-イミダゾールポリアミド / 環状ピロール-イミダゾールポリアミド / 抗がん剤 / DNAアルキル化剤 / 二本鎖DNA結合性分子 / 環状ペプチド / 遺伝子発現制御 / トリプレットリピート / 細胞透過性
Outline of Research at the Start

ピロール-イミダゾールポリアミド(PIP)はDNAの塩基配列(A,T,G,C)を特異的に認識して結合する分子である。その高い塩基配列特異性や結合能を活かして、遺伝子発現制御スイッチや蛍光プローブ、抗がん剤としての応用を目指した研究が行われてきた。中でも環状構造を持つPIP(cPIP)は従来のヘアピン型PIPに比べて高い結合能・配列特異性を示すことが知られている。
本研究課題では、がんをはじめとする様々な疾患の治療薬としての応用を目指してcPIPの機能評価・改善を行う。

Outline of Annual Research Achievements

ピロール-イミダゾールポリアミド (PIP) はDNAに塩基配列特異的に結合する分子であり、本研究課題では特に、従来のヘアピン型PIP (hPIP) に比べて高い結合能・特異性を示すことが知られている環状構造を持つPIP (cPIP) の機能評価・改善を行うことを目標としている。これまでの研究で、CAG/CTG反復配列に強く特異的に結合するcPIPが疾患細胞およびモデルマウスで異常遺伝子選択的な発現抑制および病態の改善を示しDNAリピート病の治療薬として応用が期待されている。一方でがん関連転写因子の結合配列を標的としたcPIPがhPIPよりも低い細胞内取り込み効率を示し、それにより細胞内活性が低下していることが示唆された。今年度は前年度に続きこのcPIPの細胞取り込み効率の低さの要因の解明とその改善を目指した。前年度に得られた、cPIPと細胞膜との相互作用様式に関する知見に基づき特定の部位に疎水性修飾を加えたcPIPを合成し、細胞取り込み効率の改善を試みたが改善は見られなかった。一方でエンドソーム脱出促進試薬を用いた実験により、cPIPの細胞内活性の低さが細胞内への取り込み段階ではなくエンドソーム脱出の滞りにより生じていることが示唆された。
上述の研究に加え、今年度は抗がん剤応用を目指したhPIPの機能評価を行った。転写因子RUNXの結合配列を標的としたhPIPにDNAアルキル化剤を導入した化合物についてp53変異を持つすい癌細胞PANC-1に対する活性とその作用機序を評価した。その結果、各化合物によるアポトーシスの誘起や、そのアポトーシス誘起に関連する経路に関するいくつかの知見を得た。さらにRUNXのノックダウンがアポトーシスを誘導することも分かった。これらの結果は論文として報告し、加えてPANC-1と異なるp53変異をもつがん細胞への活性についても論文を投稿した。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results) Remarks (3 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] クイーンズランド大学(オーストラリア)

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Structural studies of a complex of a CAG/CTG repeat sequence-specific binding molecule and A-A-mismatch-containing DNA2024

    • Author(s)
      Abe Katsuhiko、Hirose Yuki、Kumagai Tomotaka、Hashiya Kaori、Hidaka Kumi、Emura Tomoko、Bando Toshikazu、Takeda Kazuki、Sugiyama Hiroshi
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: -

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A cyclic pyrrole-imidazole polyamide reduces pathogenic RNA in CAG/CTG triplet repeat neurological disease models2023

    • Author(s)
      Ikenoshita Susumu、Matsuo Kazuya、Yabuki Yasushi、Kawakubo Kosuke、Asamitsu Sefan、Hori Karin、Usuki Shingo、Hirose Yuki、Bando Toshikazu、Araki Kimi、Ueda Mitsuharu、Sugiyama Hiroshi、Shioda Norifumi
    • Journal Title

      Journal of Clinical Investigation

      Volume: 133 Issue: 22

    • DOI

      10.1172/jci164792

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Anticancer Activities of DNA-Alkylating Pyrrole?Imidazole Polyamide Analogs Targeting RUNX Transcription Factors against <i>p53</i>-Mutated Pancreatic Cancer PANC-1 Cells2023

    • Author(s)
      Hirose Yuki、Sato Shinsuke、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 66 Issue: 17 Pages: 12059-12068

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.3c00613

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA G-quadruplex organizes stress granule assembly through DNAPTP6 in neurons2023

    • Author(s)
      Asamitsu Sefan、Yabuki Yasushi、Matsuo Kazuya、Kawasaki Moe、Hirose Yuki、Kashiwazaki Gengo、Chandran Anandhakumar、Bando Toshikazu、Wang Dan Ohtan、Sugiyama Hiroshi、Shioda Norifumi
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Issue: 8

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade2035

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] N-terminal Cationic Modification of Linear Pyrrole-Imidazole Polyamide Improves Its Binding to DNA.2022

    • Author(s)
      Junnosuke Hatanaka and Yuki Hirose and Kaori Hashiya and Toshikazu Bando and Hiroshi Sugiyama
    • Journal Title

      Chembiochem : a European journal of chemical biology

      Volume: 23 Issue: 14

    • DOI

      10.1002/cbic.202200124

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inhibition of GLI-mediated transcription by cyclic pyrrole-imidazole polyamide in cancer stem cells.2022

    • Author(s)
      V.J. Sahayasheela, Z. Yu, Y. Hirose, Ganesh N. Pandian*, T. Bando and H. Sugiyama
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: - Issue: 4 Pages: 693-699

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210453

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Strong and Specific Recognition of CAG/CTG Repeat DNA (5’‐dWGCWGCW‐3’) by a Cyclic Pyrrole‐Imidazole Polyamide2021

    • Author(s)
      Hirose Yuki、Ohno Tomo、Asamitsu Sefan、Hashiya Kaori、Bando Toshikazu、Sugiyama Hiroshi
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 23 Issue: 2

    • DOI

      10.1002/cbic.202100533

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] RUNX 転写因子の結合配列に特異的な DNA アルキル化剤はすい臓がんに対して抗がん活性を示す2023

    • Author(s)
      廣瀬優希
    • Organizer
      生体機能関連化学部会若手の会 第34回サマースクール
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Evaluation of Anti-Pancreatic Cancer Activities of DNA-Alkylating Peptides Specific for RUNX-Binding Sequence2023

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Shinsuke Sato, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • Organizer
      13th International Peptide Symposium
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparing the Properties of DNA Binding Pyrrole-Imidazole Polyamides with Different Structures (Linear versus Cyclic)2023

    • Author(s)
      廣瀬優希、Huy Hoang、橋谷かおり、板東俊和、杉山弘、David Fairlie
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] CAG/CTG 反復配列を標的とした環状ピロールイミダゾールポリアミドによる遺伝子発現制御2022

    • Author(s)
      廣瀬優希、大野智、朝光世煌、橋谷かおり、板東俊和、杉山弘
    • Organizer
      生体機能関連化学部会若手の会 第33回サマースクール
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural Differences (Cyclic versus Linear) Affect the Activity of DNA-Binding Pyrrole-Imidazole Polyamides2022

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Huy N. Hoang, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama, David P. Fairlie
    • Organizer
      CIPPS 1st annual conference
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural differences (cyclic versus linear) affect the activity of DNA-binding pyrrole-imidazole polyamides2022

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Huy N. Hoang, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama, David P. Fairlie
    • Organizer
      11th Annual Conference of the International Chemical Biology Society
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evaluation of the properties of a cyclic pyrrole-imidazole polyamide, which specifically binds to CAG/CTG repeat DNA2022

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Tomo Ohno, Sefan Asamitsu, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会(2022)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of a Cyclic Pyrrole-Imidazole Polyamide that Strongly and Specifically Binds to CAG/CTG Repeats2021

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Tomo Ohno, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • Organizer
      The 48th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry 2021
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Sequence specific alkylation by a cyclic pyrrole-imidazole polyamide-chlorambucil conjugate2021

    • Author(s)
      Yuki Hirose, Kaori Hashiya, Toshikazu Bando, Hiroshi Sugiyama
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] Chemical Biology Laboratory

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/chembio/

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report 2021 Annual Research Report
  • [Remarks] ORCID_Yuki Hirose

    • URL

      https://orcid.org/0000-0002-2956-071X

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Annual Research Report
  • [Remarks] ResearchMap_Yuki Hirose

    • URL

      https://researchmap.jp/yhrs

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Funded Workshop] 13th International Peptide Symposium2023

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-05-27   Modified: 2024-12-25  

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