Distinct ethnic, clinical, and genetic characteristics of der(1;7) in myelodysplastic syndromes
| Project/Area Number |
22KJ1756
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| Project/Area Number (Other) |
21J23598 (2021-2022)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2023)
Single-year Grants (2021-2022) |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 50010:Tumor biology-related
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
奥田 瑠璃花 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)
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| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
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| Keywords | 骨髄異形成症候群 / der(1;7)(q10;p10) / 不均衡転座 / MDS |
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| Outline of Research at the Start |
骨髄異形成症候群や関連疾患では、核型異常が多く報告されており、その中でも派生性染色体のder(1;7)(q10;p10)が高頻度で見つかっているのにも関わらず、その遺伝学的特徴や臨床的特徴が明らかにされていない。本研究では、この染色体異常に着目し、国内外の研究機関との協力を得て、次世代シーケンサーを用いてWhole-exome sequencingとTargeted-capture sequencingにて解析する。さらにこの派生性染色体のクローン構造を調べる。こうした一連の解析を通じて、der(1;7)(q10;p10)の遺伝学的特徴を明らかにし、疾患克服に資することを目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究ではアジア人骨髄異形成症候群（MDS:myelodysplastic syndromes）や関連疾患で高頻度に認められる染色体1番と7番の間で起こる不均衡転座der(1;7)(q10;p10)(以下der(1;7))陽性症例に着目した。この派生性染色体の臨床的特徴と遺伝学的特徴を見出すため、類似するコピー数変化を有するMDSと関連疾患患者を用いて比較解析を行った。der(1;7)陽性症例は7番長腕が欠失しており、1番長腕が増幅しているコピー数変化が起こるため、7番長腕が欠失している376の-7/del(7q)と1番長腕が増幅している54の+1q症例とその他の症例、2,808症例を収集した。der(1;7)陽性症例は148症例と過去最大コホートとなり、次世代シーケンサーを用いてゲノム解析を行った。臨床的特徴では、der(1;7)陽性症例は-7/del(7q)陽性症例より予後良好であり、+1q陽性症例より予後不良であることが明らかになった。
非腫瘍の検体があるder(1;7)症例では、whole-exome sequencingを行った結果、RUNX1, ETNK1, やEZH2の変異が高頻度で認められた。MDSでは新規報告となる、転写因子のMYB でも変異が認められた。全症例でターゲットキャプチャーシークエンスを行ったところ、der(1;7)陽性症例の遺伝子変異のプロファイルは-7/del(7q)や+1q陽性症例とは異なることが明らかになった。RNA-sequencingを用いた発現解析では、1番長腕上にあるMDM4 というTP53 を抑制する遺伝子が高発現しており、TP53 のパスウェイはdown-regulateされていた。MDM4をターゲットとした治療法の開発も期待され、今後の研究で検討していく。
以上の研究成果を国内外の学会で発表を行い、論文にまとめた。
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Report
(3 results)
Research Products
(14 results)
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[Presentation] ETNK1 mutations defines a subclass of der(1;7)(q10;p10) in myelodysplastic syndromes2021
Author(s)
R. Okuda, Y. Nannya, Y. Ochi, K. Chonabayashi, H. Makishima, T. Yoshizato, Y. Nagata, J. Takeda, K. Yoshida, M. Sanada, A. Kon, Y. Shiraishi, S. Miyano, Y. Atsuta, S. Kasahara, H. Handa, S. Chiba, K. Ohyashiki, Y. Yoshida, S. Ogawa
Organizer
第83回日本血液学会学術集会
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[Presentation] Der(1;7)(q10;p10) presents with a unique genetic profile and frequent ETNK1 mutations in myeloid neoplasms2021
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Organizer
第63回日本癌学会学術総会
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Author(s)
R. Okuda, Y. Nannya, Y. Ochi, M. Creignou, H. Makishima, T. Yoshizato, Y. Nagata, J. Takeda, K. Yoshida, M. Sanada, A. Kon, Y. Shiraishi, S. Miyano, W. Kern, C. R. Baer, N. Nadarajah, C. Haferlach, Y. Atsuta, S. Kasahara, H. Handa, S. Chiba, K. Ohyashiki, T. Haferlach, E. Hellstrom-Lindberg, S. Ogawa
Organizer
63rd American society of hematology annual meeting and exposition
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