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Distinct ethnic, clinical, and genetic characteristics of der(1;7) in myelodysplastic syndromes

Research Project

Project/Area Number 22KJ1756
Project/Area Number (Other) 21J23598 (2021-2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2021-2022)
Section国内
Review Section Basic Section 50010:Tumor biology-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

奥田 瑠璃花  京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywords骨髄異形成症候群 / der(1;7)(q10;p10) / 不均衡転座 / MDS
Outline of Research at the Start

骨髄異形成症候群や関連疾患では、核型異常が多く報告されており、その中でも派生性染色体のder(1;7)(q10;p10)が高頻度で見つかっているのにも関わらず、その遺伝学的特徴や臨床的特徴が明らかにされていない。本研究では、この染色体異常に着目し、国内外の研究機関との協力を得て、次世代シーケンサーを用いてWhole-exome sequencingとTargeted-capture sequencingにて解析する。さらにこの派生性染色体のクローン構造を調べる。こうした一連の解析を通じて、der(1;7)(q10;p10)の遺伝学的特徴を明らかにし、疾患克服に資することを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではアジア人骨髄異形成症候群(MDS:myelodysplastic syndromes)や関連疾患で高頻度に認められる染色体1番と7番の間で起こる不均衡転座der(1;7)(q10;p10)(以下der(1;7))陽性症例に着目した。この派生性染色体の臨床的特徴と遺伝学的特徴を見出すため、類似するコピー数変化を有するMDSと関連疾患患者を用いて比較解析を行った。der(1;7)陽性症例は7番長腕が欠失しており、1番長腕が増幅しているコピー数変化が起こるため、7番長腕が欠失している376の-7/del(7q)と1番長腕が増幅している54の+1q症例とその他の症例、2,808症例を収集した。der(1;7)陽性症例は148症例と過去最大コホートとなり、次世代シーケンサーを用いてゲノム解析を行った。臨床的特徴では、der(1;7)陽性症例は-7/del(7q)陽性症例より予後良好であり、+1q陽性症例より予後不良であることが明らかになった。
非腫瘍の検体があるder(1;7)症例では、whole-exome sequencingを行った結果、RUNX1, ETNK1, やEZH2の変異が高頻度で認められた。MDSでは新規報告となる、転写因子のMYB でも変異が認められた。全症例でターゲットキャプチャーシークエンスを行ったところ、der(1;7)陽性症例の遺伝子変異のプロファイルは-7/del(7q)や+1q陽性症例とは異なることが明らかになった。RNA-sequencingを用いた発現解析では、1番長腕上にあるMDM4 というTP53 を抑制する遺伝子が高発現しており、TP53 のパスウェイはdown-regulateされていた。MDM4をターゲットとした治療法の開発も期待され、今後の研究で検討していく。
以上の研究成果を国内外の学会で発表を行い、論文にまとめた。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results)

  • [Journal Article] Characteristics of myelodysplastic syndromes with der(1;7)(q10;p10)2023

    • Author(s)
      奥田 瑠璃花
    • Journal Title

      Rinsho Ketsueki

      Volume: 64 Issue: 12 Pages: 1519-1522

    • DOI

      10.11406/rinketsu.64.1519

    • ISSN
      0485-1439, 1882-0824
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Germ line <i>DDX41</i> mutations define a unique subtype of myeloid neoplasms2023

    • Author(s)
      Makishima H, Saiki R, Nannya Y, (17人省略), Kon A, (28人省略), Maciejewski JP, Ogawa S.
    • Journal Title

      Blood

      Volume: 141 Issue: 5 Pages: 534-549

    • DOI

      10.1182/blood.2022018221

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Amplified <i>EPOR</i>/<i>JAK2</i> Genes Define a Unique Subtype of Acute Erythroid Leukemia2022

    • Author(s)
      Takeda J, Kenichi Y, (9人省略), Kon A (12/41番目), (途中省略), Makishima H, Ogawa S
    • Journal Title

      Blood Cancer Discovery

      Volume: 3 Issue: 5 Pages: 410-427

    • DOI

      10.1158/2643-3230.bcd-21-0192

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Clonal Evolution of Der(1;7)(q10;p10) Myeloid Neoplasms2023

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      65th American Society of Hematology Annual Meeting and Exposition
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characteristics and clonal structure of myeloid neoplasms with der(1;7)(q10;p10)2023

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      85th Annual Meeting of Japanese Society of Hematology
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Clonal structure of myeloid neoplasms with der(1;7)(q10;p10)2023

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      82nd Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] der(1;7)(q10;p10) defines a distinct subtype of myelodysplasia2023

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      The 17th International Congress on Myelodysplastic Syndromes
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular landscape of myeloid neoplasms with der(1;7)(q10;p10)2022

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      64th ASH Annual Meeting and Exposition
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Unbalanced translocation der(1;7)(q10;p10) as a distinct sub-type in myelodysplastic syndromes2022

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      EHA 2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] der(1;7)(q10;p10) as a distinct subtype in myelodysplastic syndromes2022

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      第84回日本血液学会学術集会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 不均衡転座der(1;7)(q10;p10)を有するMDSと関連疾患の特徴2022

    • Author(s)
      Rurika Okuda
    • Organizer
      第81回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ETNK1 mutations defines a subclass of der(1;7)(q10;p10) in myelodysplastic syndromes2021

    • Author(s)
      R. Okuda, Y. Nannya, Y. Ochi, K. Chonabayashi, H. Makishima, T. Yoshizato, Y. Nagata, J. Takeda, K. Yoshida, M. Sanada, A. Kon, Y. Shiraishi, S. Miyano, Y. Atsuta, S. Kasahara, H. Handa, S. Chiba, K. Ohyashiki, Y. Yoshida, S. Ogawa
    • Organizer
      第83回日本血液学会学術集会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Der(1;7)(q10;p10) presents with a unique genetic profile and frequent ETNK1 mutations in myeloid neoplasms2021

    • Author(s)
      R. Okuda, Y. Nannya, Y. Ochi, K. Chonabayashi, H. Makishima, T. Yoshizato, Y. Nagata, J. Takeda, K. Yoshida, M. Sanada, A. Kon, Y. Shiraishi, S. Miyano, Y. Atsuta, S. Kasahara, H. Handa, S. Chiba, K. Ohyashiki, Y. Yoshida, S. Ogawa
    • Organizer
      第63回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] er(1;7)(q10;p10) presents with a unique genetic profile and frequent ETNK1 mutations in myeloid neoplasms2021

    • Author(s)
      R. Okuda, Y. Nannya, Y. Ochi, M. Creignou, H. Makishima, T. Yoshizato, Y. Nagata, J. Takeda, K. Yoshida, M. Sanada, A. Kon, Y. Shiraishi, S. Miyano, W. Kern, C. R. Baer, N. Nadarajah, C. Haferlach, Y. Atsuta, S. Kasahara, H. Handa, S. Chiba, K. Ohyashiki, T. Haferlach, E. Hellstrom-Lindberg, S. Ogawa
    • Organizer
      63rd American society of hematology annual meeting and exposition
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2021-05-27   Modified: 2024-12-25  

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