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転写制御因子を標的とした核酸型分解誘導剤の開発

Research Project

Project/Area Number 22KJ2565
Project/Area Number (Other) 21J23036 (2021-2022)
Research Category

Grant-in-Aid for JSPS Fellows

Allocation TypeMulti-year Fund (2023)
Single-year Grants (2021-2022)
Section国内
Review Section Basic Section 47010:Pharmaceutical chemistry and drug development sciences-related
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

永沼 美弥子  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 特別研究員(DC1)

Project Period (FY) 2023-03-08 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥2,200,000 (Direct Cost: ¥2,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2022: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2021: ¥800,000 (Direct Cost: ¥800,000)
Keywordsユビキチンプロテアソームシステム / PROTAC / 転写因子 / デコイ核酸 / 核酸修飾 / 細胞膜透過性ペプチド(CPP) / プロテインノックダウン / ユビキチン-プロテアソームシステム / エストロゲン受容体α
Outline of Research at the Start

近年、PROTACに代表されるタンパク質分解薬の開発研究が盛んに行われている。しかしながら、がんなどに関与している転写因子の中には、最適なリガンドが存在しないものも多く、従来の低分子型PROTACのデザインが困難である。そこで本研究では、汎用性のある転写因子を標的としたPROTAC開発を行うため、標的リガンドにデコイ核酸を用いた手法を開発した。ERαを転写因子のモデルとしたPROTACを設計・合成し、各種活性評価を行うことでコンセプトを実証した。開発したPROTACについて構造最適化を行うことでより活性の高い分子の開発を目指す。本研究によりPROTACの治療効果拡大への貢献が期待できる。

Outline of Annual Research Achievements

タンパク質分解標的キメラ(PROTAC)を用いた化学的タンパク質ノックダウン技術は、内因性ユビキチン-プロテアソーム系(UPS)をハイジャックして疾患関連タンパク質を分解する強力な戦略である。近年、最適な低分子リガンドが存在しないタンパク質へPROTACを適応するため、標的リガンドにオリゴヌクレオチドを利用したPROTACが開発されてきた。核酸型PROTACは、POIに対する結合配列が明らかであれば、容易にリガンド設計・合成が可能であるという利点があり、疾患に関与しているにも関わらず、最適なリガンドが存在しない転写因子(TF)などのタンパク質に対する適応が期待できる。
我々は、本研究においてエストロゲン受容体α(ERα)をTFのモデルとしたデコイ核酸型PROTACとして、LCL-ER(dec)を開発した。LCL-ER(dec)は結合配列、E3リガーゼ、UPS依存的にERα分解活性を示し、転写因子分解誘導剤としての有用性が示された。
しかし、これまでに開発されたデコイ型PROTACのほとんどは、天然のDNA配列を利用しており、生体内のヌクレアーゼにより分解されることが懸念される。また、いくつか報告されているデコイ核酸型PROTACはいずれも、細胞内にトランスフェクションにより導入されているため臨床応用に適していない。そこで本研究では、LCL-ER(dec)に対して化学的安定性の向上を志向して、構造安定化を狙ったT4ループ構造の導入およびホスホロチオエート修飾核酸を導入したPROTACを開発した。さらに、デコイ核酸型PROTACのもう一つの課題である細胞膜透過性の低さに対しては、細胞膜透過性ペプチド(CPP)を利用した細胞内導入を検討した。本年度は、デコイ核酸に対しての修飾および細胞内導入ユニットを連結した分子の設計・合成および、物性と各種活性評価を行った。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] National Sun Yat-sen University(台湾)

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Journal Article] Development of DNA Aptamer-Based PROTACs That Degrade the Estrogen Receptor.2023

    • Author(s)
      Tsujimura H, Naganuma M, Ohoka N, Inoue T, Naito M, Tsuji G, Demizu Y.
    • Journal Title

      ACS Med Chem Lett.

      Volume: 14 Issue: 6 Pages: 827-832

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.3c00126

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Development of decoy oligonucleotide-warheaded chimeric molecules targeting STAT32023

    • Author(s)
      Shih Po-Chang、Naganuma Miyako、Tsuji Genichiro、Demizu Yosuke、Naito Mikihiko
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      Volume: 95 Pages: 117507-117507

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2023.117507

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Optimization of Decoy Oligonucleotide-Based PROTAC That Degrades the Estrogen Receptor.2023

    • Author(s)
      Naganuma M, Ohoka N, Tsuji G, Inoue T, Naito M, Demizu Y.
    • Journal Title

      Bioconjug Chem.

      Volume: 34 Issue: 10 Pages: 1780-1788

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.3c00332

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Current Status of Oligonucleotide-Based Protein Degraders2023

    • Author(s)
      Po-Chang Shih, Miyako Naganuma, Yosuke Demizu, Mikihiko Naito
    • Journal Title

      Pharmaceutics

      Volume: 15 Issue: 3 Pages: 765-765

    • DOI

      10.3390/pharmaceutics15030765

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Recent Advances in PROTAC Technology Toward New Therapeutic Modalities2022

    • Author(s)
      Yokoo Hidetomo、Naganuma Miyako、Oba Makoto、Demizu Yosuke
    • Journal Title

      Chemistry & Biodiversity

      Volume: 19 Issue: 11 Pages: 134-139

    • DOI

      10.1002/cbdv.202200828

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of Chimeric Molecules That Degrade the Estrogen Receptor Using Decoy Oligonucleotide Ligands2021

    • Author(s)
      Naganuma M, Ohoka N, Tsuji G, Tsujimura H, Matsuno K, Inoue T, Naito M, Demizu Y.
    • Journal Title

      ACS Med Chem Lett.

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 134-139

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.1c00629

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化学的安定性の向上を志向したデコイ核酸型PROTACの開発2023

    • Author(s)
      永沼美弥子,大岡伸通,辻厳一郎,内藤幹彦,井上貴雄,出水庸介
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
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  • [Presentation] 化学的安定性の向上を志向したデコイ核酸型PROTACの開発2023

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    • Organizer
      第27回日本がん分子標的治療学会
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      永沼美弥子,大岡伸通,辻厳一郎,内藤幹彦,井上貴雄,出水庸介
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      日本薬学会第143回年会
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    • Author(s)
      永沼美弥子,大岡伸通,辻厳一郎,松野研司,内藤幹彦,井上貴雄,出水庸介
    • Organizer
      第39回メディシナルケミストリーシンポジウム
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      2022 Annual Research Report
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    • Author(s)
      永沼美弥子,大岡伸通,辻厳一郎,松野研司,内藤幹彦,井上貴雄,出水庸介
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会第16回年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of Chimeric Molecules that Degrade the Estrogen Receptor Using Decoy Oligonucleotide Ligands2022

    • Author(s)
      Miyako Naganuma, Nobumichi Ohoka, Genichiro Tsuji, Kenji Matsuno, Mikihiko Naito, Takao Inoue, Yosuke Demizu
    • Organizer
      ISNAC2022(第49回国際核酸化学シンポジウム)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] デコイ核酸をリガンドとしたエストロゲン受容体分解誘導分子の開発2022

    • Author(s)
      永沼美弥子,大岡伸通,辻村はるな,松野研司,内藤幹彦,井上貴雄,辻厳一郎,出水庸介
    • Organizer
      日本薬学会第142回年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] デコイ核酸をリガンドとしたエストロゲン受容体分解誘導剤の創製2021

    • Author(s)
      永沼美弥子,大岡伸通,松野研司,内藤幹彦,井上貴雄,辻厳一郎,出水庸介
    • Organizer
      新学術領域研究「ケモユビキチン」第4回若手主体発表会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Remarks]

    • URL

      https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0968089623003553?via%3Dihub

    • Related Report
      2023 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-05-27   Modified: 2024-12-25  

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