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Characterization and classification of cancer cells based on protein distributions and expression timings from cell array

Research Project

Project/Area Number 23300110
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Bioinformatics/Life informatics
Research InstitutionYamaguchi University

Principal Investigator

Matsuno Hiroshi  山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) GE QI-WEI  山口大学, 教育学部, 教授 (30263750)
FURUYA TOMOKO  山口大学, 大学院医学系研究科, 助教 (30379979)
Faure Adrien  山口大学, 理工学研究科, 助教 (00610627)
KITAKAZE HIRONORI  大島商船高等専門学校, 情報工学科, 准教授 (70342558)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) IKEDA NOBUHIKO  徳山工業高等専門学校, 情報電子工学科, 嘱託教授 (60110235)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥19,890,000 (Direct Cost: ¥15,300,000、Indirect Cost: ¥4,590,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,990,000 (Direct Cost: ¥2,300,000、Indirect Cost: ¥690,000)
Fiscal Year 2014: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2013: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2012: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2011: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Keywordsシステム生物学 / シグナル伝達経路 / ペトリネット / セルアレイ / がん細胞分類 / サポートベクタマシン / シグナル伝達 / シミュレーション工学 / 機械学習
Outline of Final Research Achievements

A method expressing characteristics of cancer cells based on linear differentiation, which maps 5 kinds of dispersion patterns, quantity and aggregation ratio of protein, cell size, and quantity and aggregation ratio of DNA, to a fixed dimensional feature space by using kernel function of a support vector machine was developed.
In addition, some necessary conditions for timed Petri net are shown to make it retention-free. Based on the dependencies of transition delay time and cycle structure in Petri net, a method deciding delay times in partial structures in a Petri net model of a signaling pathway and a condition for cycle structure were formulated.

Report

(6 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Annual Research Report
  • 2013 Annual Research Report
  • 2012 Annual Research Report
  • 2011 Annual Research Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2016 2015 2014 2013 2012 2011

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (21 results)

  • [Journal Article] 滞留なしペトリネットnおける依存縮約の一意性に関する性質2016

    • Author(s)
      水田淳史、葛崎偉、松野浩嗣
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告

      Volume: 115 Pages: 41-46

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Dependent shrink for Petri net model of signaling pathway2015

    • Author(s)
      A. Mizuta, Q.W. Ge, H. Matsuno
    • Journal Title

      CEUR Workshop Proceedings

      Volume: 1373 Pages: 85-99

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 依存縮約による滞留なしペトリネットの等価変換2015

    • Author(s)
      水田淳史、葛 崎偉、松野浩嗣
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告

      Volume: 114 Pages: 41-46

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A role of RORα on the phase regulation in mammalian circadian cycles2013

    • Author(s)
      Hiroshi Matsuno, Makoto Akashi
    • Journal Title

      Advances in Bioinformatics and Computational Biology, Lecture Notes in Bioinformatics

      Volume: 8123 Pages: 12-23

    • Related Report
      2013 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Incorporation of Cycles and Inhibitory Arcs into the Timed Petri Net Model of Signaling Pathway2013

    • Author(s)
      Yuki Murakami
    • Journal Title

      IEICE Transactions on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences

      Volume: E96.A Issue: 2 Pages: 514-524

    • DOI

      10.1587/transfun.E96.A.514

    • NAID

      10031167150

    • ISSN
      0916-8508, 1745-1337
    • Related Report
      2012 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 滞留なしペトリネットにおける依存部分ネット決定アルゴリズムの提案2013

    • Author(s)
      松本唯尊
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告

      Volume: MSS2012-50 Pages: 27-32

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    • Author(s)
      北風裕教
    • Journal Title

      電子情報通信学会技術研究報告

      Volume: MSS2012-23 Pages: 123-128

    • NAID

      110009625877

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    • Author(s)
      重本昌也,古屋智子,松野浩嗣,北風裕教
    • Organizer
      電子情報通信学会総合大会
    • Place of Presentation
      九州大学伊都キャンパス(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-03-15
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      藤崎七海,古屋智子,松野浩嗣,北風裕教
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      電子情報通信学会総合大会
    • Place of Presentation
      九州大学伊都キャンパス(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-03-15
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] ニューラルネットワークを用いたがん細胞の認識検証2016

    • Author(s)
      Baasanchuluun Batnasan,古屋智子,松野浩嗣,北風裕教
    • Organizer
      電子情報通信学会総合大会
    • Place of Presentation
      九州大学伊都キャンパス(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-03-15
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      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] サポートベクターマシンを用いたがん細胞の認識検証2015

    • Author(s)
      重本昌也、北風裕教、松野浩嗣
    • Organizer
      2015年電子情報通信学会総合大会
    • Place of Presentation
      立命館大学(草津市)
    • Year and Date
      2015-03-12
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  • [Presentation] SVMを用いたがん細胞認識システムの開発2014

    • Author(s)
      重本昌也、北風裕教、松野浩嗣
    • Organizer
      第65回電気・情報関連学会中国支部連合大会
    • Place of Presentation
      福山大学(福山市)
    • Year and Date
      2014-10-25
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Properties of Dependent Subnets in a Retention-Free Petri Net2014

    • Author(s)
      Atsushi Mizuta, Qi-Wei Ge, Hiroshi Matsuno
    • Organizer
      The 29th International Technical Conference on Circuit/Systems Computers and Communications (ITC-CSCC)
    • Place of Presentation
      タイ、プーケット
    • Year and Date
      2014-07-02
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 滞留なしペトリネットにおける依存部分ネットに関する諸性質2014

    • Author(s)
      水田淳史, 葛崎偉, 松野浩嗣
    • Organizer
      電子情報通信学会システム数理と応用研究会
    • Place of Presentation
      愛媛大学工学部
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      2013 Annual Research Report
  • [Presentation] 可視化数列によるがん細胞認識に関する一考察2013

    • Author(s)
      井川翔平
    • Organizer
      電子情報通信学会2013年総合大会講演論文集
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜市)
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] SOMによるがん細胞の分類に関する一考察,電子情報通信学会2012年総合大会講演論文集2013

    • Author(s)
      吉田卓洋
    • Organizer
      電子情報通信学会20132年総合大会講演論文集
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜市)
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質分布情報によるがん細胞の可視化手法に関する一考察2013

    • Author(s)
      北風裕教
    • Organizer
      電子情報通信学会20132年総合大会講演論文集
    • Place of Presentation
      岐阜大学(岐阜市)
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      2012 Annual Research Report
  • [Presentation] 可視化数列によるがん細胞認識に関する一考察2012

    • Author(s)
      井川翔平
    • Organizer
      電子情報通信学会2012年総合大会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2012-03-20
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] SOMによるがん細胞の分類に関する一考2012

    • Author(s)
      吉田卓洋
    • Organizer
      電子情報通信学会2012年総合大会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2012-03-20
    • Related Report
      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] タンパク質分布情報によるがん細胞の可視化手法に関する一考察2012

    • Author(s)
      北風裕教
    • Organizer
      電子情報通信学会2012年総合大会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2012-03-20
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 可視化数列に基づくクラスター分析によるがん細胞の分類2012

    • Author(s)
      伊藤剛
    • Organizer
      電子情報通信学会2012年総合大会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山市)
    • Year and Date
      2012-03-20
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] シグナル伝達経路の性質に基づく時間ペトリネットのトークン滞留なし条件の検討2012

    • Author(s)
      村上祐樹
    • Organizer
      電子情報通信学会システム数理と応用研究会
    • Place of Presentation
      JAIST東京サテライト(東京)
    • Year and Date
      2012-03-08
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] Petri net model construction of signaling pathway and its delay time estimation2012

    • Author(s)
      H.Matsuno
    • Organizer
      The 10th Asia Pacific Bioinformatics Conference
    • Place of Presentation
      メルボルン(オーストラリア)
    • Year and Date
      2012-01-18
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] サイクリック構造を含むシグナル伝達経路ペトリネットモデルの滞留なし発火頻度決定手法の提案2011

    • Author(s)
      村上祐樹
    • Organizer
      電子情報通信学会システム数理と応用研究会
    • Place of Presentation
      山口大学(山口市)
    • Year and Date
      2011-11-18
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  • [Presentation] ニューラルネットワークを用いたがん細胞の認識検証2011

    • Author(s)
      井川翔平
    • Organizer
      平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会
    • Place of Presentation
      広島工業大学(広島市)
    • Year and Date
      2011-10-22
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  • [Presentation] 情報圧縮されたがん細胞情報のSOMを用いた分類検証2011

    • Author(s)
      吉田卓洋
    • Organizer
      平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会
    • Place of Presentation
      広島工業大学(広島市)
    • Year and Date
      2011-10-22
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] 情報圧縮されたがん細胞データの差分による分類2011

    • Author(s)
      伊藤剛
    • Organizer
      平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会
    • Place of Presentation
      広島工業大学(広島市)
    • Year and Date
      2011-10-22
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      2011 Annual Research Report
  • [Presentation] シグナル伝達経路ペトリネットモデルのサイクリック構造に対する滞留なし発火頻度決定手法2011

    • Author(s)
      村上祐樹
    • Organizer
      平成23年度電気・情報関連学会中国支部連合大会
    • Place of Presentation
      広島工業大学(広島市)
    • Year and Date
      2011-10-22
    • Related Report
      2011 Annual Research Report

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Published: 2011-04-06   Modified: 2019-07-29  

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