Development of fundamental technology for phenotype data integration in mouse and rat
| Project/Area Number |
23300161
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Laboratory animal science
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
MAUSUYA Hiroshi 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
MIZOGUCHI Riichiro 北陸先端科学技術大学院大学, サービスサイエンス研究センター, 教授 (20116106)
KOZAKI Kouji 大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
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| Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) |
WAKANA Shigeharu 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, チームリーダー (90192434)
TAKADA Toyoyuki 国立遺伝学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 助教 (20356257)
MASHIMO Tomoji 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80397554)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2013)
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| Budget Amount *help |
¥20,150,000 (Direct Cost: ¥15,500,000、Indirect Cost: ¥4,650,000)
Fiscal Year 2013: ¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Fiscal Year 2012: ¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Fiscal Year 2011: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
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| Keywords | データベース / 表現型 / 疾患 / マウス / ラット / バイオリソース / 情報統合 / オントロジー / 病態 / モデル動物 / 実験動物 / 疾患モデル動物 / 人工知能 |
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| Research Abstract |
This study aimed to develop a data-integration technology to elucidate hidden relationships between phenotype data of experimental animals and human diseases. We developed an algorithm to relate measurement data to disease via multiple knowledge libraries (ontologies). This algorithm enables to build data base system which can explore 1) related diseases from animal phenotypes, and 2) animal phenotypes from diseases. In this system data of biological spices, criterions of phenotype assessment and disease are flexibly defined. It is expected that basic concept of this algorithm will be utilized in the development of the cross-spiecies database which elucidates phenotype-disease relationships from large-scale data set.
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Report
(4 results)
Research Products
(58 results)
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[Journal Article] PosMed: ranking genes and bioresources based on semantic web association study2013
Author(s)
Makita Y, Kobayashi N, Yoshida Y, Doi K, Mochizuki Y, Nishikata K, Matsushima A, Takahashi S, Ishii M, Takatsuki T, Bhatia R, Khadbaatar Z, Watabe H, Masuya H, Toyoda T
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Journal Title
Nucleic Acids Research
Volume: 41
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel mouse model for Gardner syndrome generated by a large-scale ENU mutagenesis program.2013
Author(s)
Toki H, Inoue M, Motegi H, Minowa O, Kanda H, Yamamoto N, Ikeda A, Karashima Y, Matsui J, Kaneda H, Miura I, Suzuki T, Wakana S, Masuya H, Gondo Y, Shiroishi T, Akiyama T, Yao R, Noda T
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: PMID: 23551873
Pages: 937-44
DOI
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[Journal Article] ENU-induced missense mutation in the C-propeptide coding region of Col2a1 creates a mouse model of platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type2012
Author(s)
Furuichi T, Masuya H, Murakami T, Nishida K, Nishimura G, Suzuki T, Imaizumi K, Kudo Y, Ohkawa K, Wakana S, Ikegawa S
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Journal Title
Mamm Genome
Volume: 22
Pages: 318-328
DOI
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Organizer
第35回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
福岡
Year and Date
2012-12-14
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Author(s)
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Organizer
第35回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
福岡
Year and Date
2012-12-12
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日本実験動物科学・技術 九州 2012
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別府
Year and Date
2012-05-26
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