Development of fundamental technology for phenotype data integration in mouse and rat
| Project/Area Number | 23300161 |
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Research Field |
Laboratory animal science
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
MAUSUYA Hiroshi 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, ユニットリーダー (40321814)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
MIZOGUCHI Riichiro 北陸先端科学技術大学院大学, サービスサイエンス研究センター, 教授 (20116106)
KOZAKI Kouji 大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (00362624)
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| Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) |
WAKANA Shigeharu 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, チームリーダー (90192434)
TAKADA Toyoyuki 国立遺伝学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 助教 (20356257)
MASHIMO Tomoji 京都大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (80397554)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2014-03-31
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| Project Status |
Completed(Fiscal Year 2013)
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| Budget Amount *help |
¥20,150,000 (Direct Cost : ¥15,500,000、Indirect Cost : ¥4,650,000)
Fiscal Year 2013 : ¥6,630,000 (Direct Cost : ¥5,100,000、Indirect Cost : ¥1,530,000)
Fiscal Year 2012 : ¥7,540,000 (Direct Cost : ¥5,800,000、Indirect Cost : ¥1,740,000)
Fiscal Year 2011 : ¥5,980,000 (Direct Cost : ¥4,600,000、Indirect Cost : ¥1,380,000)
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| Keywords | データベース / 表現型 / 疾患 / マウス / ラット / バイオリソース / 情報統合 / オントロジー / 病態 / モデル動物 / 実験動物 / 疾患モデル動物 / 人工知能 |
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| Research Abstract |
This study aimed to develop a data-integration technology to elucidate hidden relationships between phenotype data of experimental animals and human diseases. We developed an algorithm to relate measurement data to disease via multiple knowledge libraries (ontologies). This algorithm enables to build data base system which can explore 1) related diseases from animal phenotypes, and 2) animal phenotypes from diseases. In this system data of biological spices, criterions of phenotype assessment and disease are flexibly defined. It is expected that basic concept of this algorithm will be utilized in the development of the cross-spiecies database which elucidates phenotype-disease relationships from large-scale data set.
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Report
(4results)
Research Products
(58results)
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[Journal Article] PosMed : ranking genes and bioresources based on semantic web association study2013
Author(s)
Makita Y, Kobayashi N, Yoshida Y, Doi K, Mochizuki Y, Nishikata K, Matsushima A, Takahashi S, Ishii M, Takatsuki T, Bhatia R, Khadbaatar Z, Watabe H, Masuya H, Toyoda T
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Journal Title
Nucl Acids Res
Volume : 41
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Epub ahead of print2013
Author(s)
Toki H, Inoue M, Motegi H, Minowa O, Kanda H, Yamamoto N, Ikeda A, Karashima Y, Matsui J, Kaneda H, Miura I, Suzuki T, Wakana S, Masuya H, Gondo Y, Shiroishi T, Akiyama T, Yao R, Noda T
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Journal Title
Cancer Sci
Volume : PMID: 23551873
Pages : 937-944
DOI
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Peer Reviewed
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[Journal Article] ENU-induced missense mutation in the C-propeptide coding region of Col2a1 creates a mouse model of platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type2012
Author(s)
Furuichi T, Masuya H, Murakami T, Nishida K, Nishimura G, Suzuki T, Imaizumi K, Kudo T, Ohkawa K, Wakana S, Ikegawa S
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Journal Title
Mamm Genome
Volume : 22
Pages : 318-328
DOI
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Peer Reviewed
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[Presentation] Development of Linked Open Data for bioresources2012
Author(s)
Hiroshi Masuya, Terue Takatsuki, Yuko Makita, Yuko Yoshida, Yoshiki Mochizuki, Norio Kobayashi, Atsushi Yoshiki, Yukio Nakamura, Tetsuro Toyoda，Yuichi Obata
Organizer
JIST2012: The 2nd Joint International Semantic Technology Conference
Place of Presentation
奈良
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[Presentation] 網羅的マウス表現型解析データを用いたデータマイニング：ワークフローの検討2012
Author(s)
田中信彦, 茂木浩未, 鈴木智広, 金田秀貴, 三浦 郁生, 山田郁子, 古瀬民生, 小林喜美男, 土岐 秀明, 井上麻紀, 美野輪治, 野田哲生, 若菜茂晴, 桝屋啓志
Organizer
第35回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
福岡
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[Presentation] 網羅的マウス表現型解析データを用いたデータマイニング : ワークフローの検討2012
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Organizer
第35回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
福岡
Year and Date
2012-12-14
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[Presentation] 哺乳類バイオリソースのLinked Open Data データベースのアップデート2012
Author(s)
桝屋啓志, 高月照江, 斎藤実香子, 松庫義弘, 蒔田由布子, 吉田有子, 望月芳樹,小林紀郎, 吉木淳, 中村幸夫, 豊田哲郎,小幡裕一
Organizer
第35回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
福岡
Year and Date
2012-12-12
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[Presentation] 遺伝子のオントロジー2012
Author(s)
桝屋啓志, 溝口理一郎
Organizer
2012年度人工知能学会全国大会(第26回)
Place of Presentation
山口
Year and Date
2012-06-12
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[Presentation] マウス表現型の類似度解析ツールの開発 : ワークフローの検討2012
Author(s)
田中信彦, 茂木浩未, 鈴木智広, 金田秀貴, 三浦郁生, 山田郁子, 古瀬民生, 小林喜美男, 土岐秀明, 井上麻紀, 美野輪治, 野田哲生, 若菜茂晴, 桝屋啓志
Organizer
日本実験動物科学・技術 九州 2012
Place of Presentation
別府
Year and Date
2012-05-26
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