Screening of inhibitors for hedgehog signaling pathway by using chemical array

• Project/Area Number: 23510287
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Research Field: Chemical biology
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: KONDOH Yasumitsu 独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 専任研究員 (80333342)
• Project Period (FY): 2011 – 2013
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000); Fiscal Year 2013: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2012: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000); Fiscal Year 2011: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: 医薬品探索 / 生理活性 / シグナル伝達 / マイクロアレイ / ケミカルアレイ / ソニックヘッジホッグ / Shh / SPRイメージング

Research Abstract

The purpose of this research was investigation of the inhibitor that binds directly to sonic hedgehog (Shh) and inhibits Shh signaling pathway by chemical array screening. By chemical array screening using ShhN protein, 322 candidates among about 30 thousands of library compounds were identified. The interaction of ShhN and candidates were measured by surface plasmon resonance (SPR) imaging and 9 compounds had strong binding activities to ShhN with Kd of 6–60 nM. It is known that mouse undifferentiated mesenchymal cell C3H10T1/2 differentiates into osteoblast by treatment of ShhN. Among 9 compounds, 5 compounds inhibited the differentiation-inducing activity of ShhN dose-dependently.

Research Products

• [Journal Article] A small compound targeting TACC3 revealed its different spatiotemporal contributions for spindle assembly in cancer cells. (2014)
  • Author(s): Yao R, Kondoh Y, Natsume Y, Yamanaka H, Inoue M, Toki H, Takagi R, Shimizu T, Yamori T, Osada H, Noda T
  • Journal Title: Oncogene Volume: in press Issue: 33 Pages: 1-11
  • DOI: 10.1038/onc.2013.382
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Spectomycin B1 as a novel SUMOylation inhibitor that directly binds to SUMO E2. (2013)
  • Author(s): Hirohama M, Kumar A, Fukuda I, Matsuoka S, Igarashi Y, Saitoh H, Takagi M, Shin-ya K, Honda K, Kondoh Y, Saito T, Nakao Y, Osada H, Zhang KY, Yoshida M, Ito A
  • Journal Title: ACS Chem Biol Volume: 8 Issue: 12 Pages: 2635-2642
  • DOI: 10.1021/cb400630z
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Identification and Characterization of an Inhibitor of Trichothecene 3-<i>O</i>-Acetyltransferase, TRI101, by the Chemical Array Approach (2013)
  • Author(s): Nakajima Y, Kawamura T, Maeda K, Ichikawa H, Motoyama T, Kondoh Y, Saito T, Kobayashi T, Yoshida M, Osada H, Kimura M
  • Journal Title: Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry Volume: 77 Issue: 9 Pages: 1958-1960
  • DOI: 10.1271/bbb.130153
  • NAID: 10031202751
  • ISSN: 0916-8451, 1347-6947
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Affinity-based screening of MDM2/MDMX-p53 interaction inhibitors by chemical array: identification of novel peptidic inhibitors. (2013)
  • Author(s): Noguchi T, Oishi S, Honda K, Kondoh Y, Saito T, Kubo T, Kaneda M, Ohno H, Osada H, Fujii N
  • Journal Title: Bioorg Med Chem Lett Volume: 23 Issue: 13 Pages: 3802-3805
  • DOI: 10.1016/j.bmcl.2013.04.094
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 新たな抗がん剤探索を加速する新スクリーニング技術 (2013)
  • Author(s): 長田 裕之、二村 友史、渡辺 信元、近藤 恭光
  • Journal Title: 細胞工学、秀潤社 Volume: vol.32、No.6 Pages: 655-659
  • URL: http://gakken-mesh.jp/journal/detail/9784780901436.html
• [Journal Article] High-throughput screening identifies small molecule inhibitors of molecular chaperones (2013)
  • Author(s): Kondoh Y, Osada H
  • Journal Title: Curr. Pharm. Design Volume: 19 Issue: 3 Pages: 473-492
  • DOI: 10.2174/1381612811306030473
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Boronic acid inhibitors of acyl protein thioesterase 1 and 2 (2013)
  • Author(s): Zimmermann, T.J., Burger, M., Tashiro, E., Kondoh, Y., Martinez, N.E., Gormer, K., Rosin-steiner, S., Shimizu, T. Ozaki, S., Mikoshiba, K., Watanabe, N., Hall, D., Vetter, I.R., Osada, H., Hedberg, C., & Waldmann, H
  • Journal Title: ChemBioChem Volume: 14 Issue: 1 Pages: 115-122
  • DOI: 10.1002/cbic.201200571
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 新たな抗がん剤探索を加速する新スクリーニング技術 (2013)
  • Author(s): 長田 裕之、二村 友史、渡辺 信元、近藤 恭光
  • Journal Title: 細胞工学 Volume: 32 Pages: 655-659
• [Journal Article] High-throughput screening identifies small molecule inhibitors of molecular chaperones. (2013)
  • Author(s): Kondoh, Y., et al.
  • Journal Title: Current Pharmaceutical Design Volume: 19 Pages: 473-492
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Xanthohumol impairs autophagosome maturation through direct inhibition of valosin-containing protein (2012)
  • Author(s): Sasazawa, Y., Kanagaki, S., Tashiro, E., Nogawa, T., Muroi, M., Kondoh, Y., Osada, H., Imoto, M
  • Journal Title: ACS Chemical Biology Volume: (in press) Issue: 5 Pages: 892-900
  • DOI: 10.1021/cb200492h
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of the predicted phospholipase LYPLAL1 reveals unexpected functional plasticity despite close relationship to acyl protein thioesterases (2012)
  • Author(s): Burger, M., Zimmermann, T. J., Kondoh, Y., Stege, P., Watanabe, N., Osada, H., Waldmann, H. & Vetter, I. R
  • Journal Title: Journal of Lipid Research Volume: 53 Issue: 1 Pages: 43-50
  • DOI: 10.1194/jlr.m019851
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of the predicted phospholipase LYPLAL1 reveals unexpected functional plasticity in spite of close relationship to acyl protein thioesterases. (2012)
  • Author(s): Burger, M. et al.
  • Journal Title: Journal of lipid research Volume: 53 Pages: 43-50
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Xanthohumol Impairs Autophagosome Maturation through Direct Inhibition of Valosin-Containing Protein. (2012)
  • Author(s): Sasazawa, Y. et al.
  • Journal Title: ACS Chemical Biology Volume: 掲載確定
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 化合物アレイによるp38 γおよび p38δMAP キナーゼ特異的阻害 剤の探索 (2014)
  • Author(s): 近藤恭光、須藤龍彦、本田 香織、林輝雄、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス(神奈川県川崎市)
• [Presentation] がん細胞にROS産生を介した細胞死を誘導するα-chloroacetamideの作用機序と効果 (2014)
  • Author(s): 河村達郎、近藤恭光、室井誠、川谷誠、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス(神奈川県川崎市)
• [Presentation] 化合物アレイを用いたトリコジエンシンターゼ阻害剤の探索 (2014)
  • Author(s): 前田一行、中嶋佑一、河村達郎、近藤恭光、斎藤臣雄、本山高幸、長田裕之、金丸京子、小林哲夫、木村真
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス(神奈川県川崎市)
• [Presentation] 化合物アレイによるp38γおよびp38δMAPキナーゼ特異的阻害剤の探索 (2014)
  • Author(s): 近藤 恭光、須藤 龍彦、本田 香織、林 輝雄、長田 裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス（神奈川県川崎市）
• [Presentation] がん細胞にROS産生を介した細胞死を誘導するα-chloroacetamideの作用機序と効果 (2014)
  • Author(s): 河村 達郎、近藤 恭光、室井 誠、川谷 誠、長田 裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス（神奈川県川崎市）
• [Presentation] 化合物アレイを用いたトリコジエンシンターゼ阻害剤の探索 (2014)
  • Author(s): 前田 一行、中嶋 佑一、河村 達郎、近藤 恭光、斎藤 臣雄、本山 高幸、長田 裕之、金丸 京子、小林 哲夫、木村 真
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス（神奈川県川崎市）
• [Presentation] 新規TACC3阻害剤を用いた紡錘体制御機構解析とがん治療への応用 (2013)
  • Author(s): 八尾良司、矢守隆夫、近藤恭光、長田裕之、野田哲生
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
• [Presentation] 脱ユビキチン化酵素USP36の核小体局在を阻害する化合物の同定と解析 (2013)
  • Author(s): 齋藤尚吾、川口紘平、本田香織、近藤恭光、斎藤臣雄、長田裕之、駒田雅之
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
• [Presentation] LAP結合TGF-β活性化反応阻害物質の探索と活性評価 (2013)
  • Author(s): 山本由佳、坂田幸大郎、原詳子、本田香織、結城瑞恵、近藤恭光、平野秀典、武藤裕、白水美香子、斎藤臣雄、長田裕之、小嶋聡一
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
• [Presentation] 理化学研究所天然化合物バンク・NPDepoが提供する創薬研究支援 (2013)
  • Author(s): 斎藤臣雄、近藤恭光、長田裕之
  • Organizer: 第5回食品薬学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学薬学部記念講堂(京都府京都市)
• [Presentation] オートファジーを制御する新規化合物の探索 (2013)
  • Author(s): 田中敦史、近藤恭光、清水史郎、斎藤臣雄、長田裕之、野田健司、吉森保
  • Organizer: 第65回日本細胞生物学会大会
  • Place of Presentation: ウインクあいち(愛知県名古屋市)
• [Presentation] Chemical array screening for specific inhibitor of amino-acid substitution variant (2013)
  • Author(s): Kondoh Y, Sudo T, Honda K, Hayashi T, Osada H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN (Wako, Saitama)
• [Presentation] Identification of a novel inhibitor of glutathione S-transferase P1-1 (2013)
  • Author(s): Kawamura T, Kondoh Y, Muroi M, Kawatani M, Osada H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN (Wako, Saitama)
• [Presentation] Application of the chemical array approach in the quest for inhibitors of the mitotic kinesin HSET (2013)
  • Author(s): Tran TTN, Scholermann B, Kondoh Y, Lopez-Alberca MP, Watanabe N, Ziegler S, Osada H, Waldmann H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN (Wako, Saitama)
• [Presentation] 化合物アレイによるヘッジホッグ伝達経路の阻害剤の探索 (2013)
  • Author(s): 近藤恭光、河村達郎、本田香織、関根朋美、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
• [Presentation] 植物ホルモン・アブシジン酸の新規アゴニスト・アンタゴニスト探索 (2013)
  • Author(s): 伊藤卓也、近藤恭光、梅澤泰史、清水猛、篠崎一雄、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
• [Presentation] がん細胞にアポトーシスを誘導するアセトアミド誘導体の活性評価と作用機序解析 (2013)
  • Author(s): 河村達郎、近藤恭光、本田香織、関根朋美、室井誠、近藤久恵、川谷誠、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
• [Presentation] PyrrocidineAによるミトコンドリアを介したアポトーシス誘導機構 (2013)
  • Author(s): 上杉祥太、室井誠、近藤恭光、塩野義人、長田裕之、木村賢一
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
• [Presentation] Chemical array screening for specific inhibitor of amino-acid substitution variant. (2013)
  • Author(s): Kondoh Y, Sudo T, Honda K, Hayashi T, Osada H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN, Wako, Saitama
• [Presentation] Screening of LAP binding inhibitors of TGF-β activation reaction. (2013)
  • Author(s): Yamamoto Y, Sakata K, Honda K, Kondoh Y, Saito T, Osada H, Muto Y, Hirano T, Hara M, Shirouzu M, Kojima S
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN, Wako, Saitama
• [Presentation] Identification of a novel inhibitor of glutathione S-transferase P1-1. (2013)
  • Author(s): Kawamura T, Kondoh Y, Muroi M, Kawatani M, Osada H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN, Wako, Saitama
• [Presentation] Structural and biochemical investigation of acyl protein thioesterase, a Ras-regulating protein. (2013)
  • Author(s): Porfetye AT, Zimmermann TJ, Burger M, Tashiro E, Stege P, Kondoh Y, Watanabe N, Hedberg C, Osada H, Waldmann H, Vetter IR
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN, Wako, Saitama
• [Presentation] Application of the chemical array approach in the quest for inhibitors of the mitotic kinesin HSET. (2013)
  • Author(s): Tran TTN, Scholermann B, Kondoh Y, Lopez-Alberca MP, Watanabe N, Ziegler S, Osada H, Waldmann H
  • Organizer: RIKEN-MAXPLANCK JOINTRESEARCH CENTER 2nd Symposium
  • Place of Presentation: RIKEN, Wako, Saitama
• [Presentation] LAP結合TGF-β活性化反応阻害物質の探索 (2013)
  • Author(s): 山本 由佳、坂田 幸大郎、原 祥子、本田 香織、結城 瑞恵、近藤 恭光、平野 秀典、武藤 裕、白水 美香子、斎藤 臣雄、長田 裕之、小嶋 聡一
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会第8回年会
  • Place of Presentation: 東京医科歯科大学（東京都）
• [Presentation] オートファジーを制御する新規化合物の探索 (2013)
  • Author(s): 田中 敦史、近藤 恭光、清水 史郎、斎藤 臣雄、長田 裕之、野田 健司、吉森 保
  • Organizer: 第65回日本細胞生物学会大会
  • Place of Presentation: ウインクあいち（愛知県名古屋市）
• [Presentation] 理化学研究所天然化合物バンク・NPDepoが提供する創薬研究支援 (2013)
  • Author(s): 斎藤 臣雄、近藤 恭光、長田 裕之
  • Organizer: 第5回食品薬学シンポジウム
  • Place of Presentation: 京都大学薬学部記念講堂（京都府京都市）
• [Presentation] ヌクレオプロテイン(NP)を標的とした新規抗ウイルス化合物の同定 (2013)
  • Author(s): 柿坂 道範、佐々木 裕、Chutiwitoonchai N、山田 和範、本田 香織、近藤 恭光、長田 裕之、間 陽子
  • Organizer: 第61回日本ウイルス学会学術集会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県神戸市）
• [Presentation] 植物内生糸状菌由来の抗がん物質allantopyrone Aの標的分子の探索 (2013)
  • Author(s): 上杉 祥太、山下 哲郎、塩野 義人、近藤 恭光、長田 裕之、木村賢一
  • Organizer: 日本農芸化学会東北支部 第148回大会
  • Place of Presentation: 岩手大学農学部（岩手県盛岡市）
• [Presentation] 新規TACC3阻害剤を用いた紡錘体制御機構解析とがん治療への応用 (2013)
  • Author(s): 八尾 良司、矢守 隆夫、近藤 恭光、長田 裕之、野田 哲生
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県神戸市）
• [Presentation] 脱ユビキチン化酵素USP36の核小体局在を阻害する化合物の同定と解析 (2013)
  • Author(s): 齋藤 尚吾、川口 紘平、本田 香織、近藤 恭光、斎藤 臣雄、長田 裕之、駒田 雅之
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県神戸市）
• [Presentation] LAP結合TGF-β活性化反応阻害物質の探索と活性評価 (2013)
  • Author(s): 山本 由佳、坂田 幸大郎、原 詳子、本田 香織、結城 瑞恵、近藤 恭光、平野 秀典、武藤 裕、白水 美香子、斎藤 臣雄、長田 裕之、小嶋 聡一
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 際会議場（兵庫県神戸市）
• [Presentation] Pyrrocidine Aによるミトコンドリアを介したアポトーシス誘導機構 (2013)
  • Author(s): 上杉 祥太、他
  • Organizer: 日本農芸化学会2013年度大会
  • Place of Presentation: 東北大学川内北キャンパス(宮城県仙台市)
• [Presentation] 低分子マイクロアレイを用いたMDM2/MDMX-p53阻害剤の探索法の開発 (2013)
  • Author(s): 野口 太朗、他
  • Organizer: 日本薬学会第133年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
• [Presentation] 化合物アレイによるアミノ酸置換変異体特異的阻害剤の探索手法の開発 (2012)
  • Author(s): 近藤恭光、須藤龍彦、本田香織、林輝雄、長田裕之
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡(福岡県福岡市)
• [Presentation] p38のゲートキーパーの多様性を標的とした特異的阻害剤探索 (2012)
  • Author(s): 須藤龍彦、近藤恭光、長田裕之
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡(福岡県福岡市)
• [Presentation] オートファジーを制御する低分子化合物の探索 (2012)
  • Author(s): 三好良幣、田端桂介、近藤恭光、清水史郎、斎藤臣雄、長田裕之、吉森保
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡(福岡県福岡市)
• [Presentation] p38γおよびp38δ特異的阻害剤探索のための化合物アレイの改良 (2012)
  • Author(s): 近藤恭光、須藤龍彦、本田香織、内田素子、林輝雄、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2012年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都府京都市)
• [Presentation] 細胞周期G2/M期に作用する小分子化合物の構造活性相関研究 (2012)
  • Author(s): 高木隆吉、清水猛、川谷誠、青野晴美、近藤恭光、本田香織、柴隆一、長田裕之
  • Organizer: 日本農芸化学会2012年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都府京都市)
• [Presentation] 血漿カリクレイン依存的TGF-β活性化反応阻害剤の探索 (2012)
  • Author(s): 坂田 幸大郎、他
  • Organizer: 第23回日本レチノイド研究会
  • Place of Presentation: 米子コンベンションセンター(鳥取県米子市)
• [Presentation] LAP結合TGF-β活性化反応阻害物質の探索 (2012)
  • Author(s): 山本 由佳、他
  • Organizer: 第26回肝類洞壁細胞研究会学術集会
  • Place of Presentation: ANAクラウンプラザホテル宇部(山口県宇部市)
• [Presentation] LAP結合TGF-β活性化反応阻害物質の探索 (2012)
  • Author(s): 山本 由佳、他
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場、マリンメッセ福岡(福岡県福岡市)
• [Presentation] p38γおよびp38δ特異的阻害剤探索のための化合物アレイの改良 (2012)
  • Author(s): 近藤 恭光、他
  • Organizer: 日本農芸化学会2012年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都府）
• [Presentation] 細胞周期 G2/M 期に作用する小分子化合物の構造活性相関研究 (2012)
  • Author(s): 高木隆吉、他
  • Organizer: 日本農芸化学会2012年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都府)
• [Presentation] Xanthohumolのautophagy制御機構解析 (2012)
  • Author(s): 金墻 周平、他
  • Organizer: 日本農芸化学会2012年度大会
  • Place of Presentation: 京都女子大学(京都府)
• [Presentation] Spectomycin B1 suppresses Estrogen Receptor α-Dependent Breast Cancer Cell Growth by inhibiting a SUMO E2 Activity.
  • Author(s): Ito, A. et al.
  • Organizer: 2nd SNU-RIKEN Joint Symposium on Chemical Biology
  • Place of Presentation: Naminara Hotel, Chuncheon, Korea
• [Presentation] Screening of Chemical Regulators for TGF-β Activation Reaction
  • Author(s): Sakata, K. et al.
  • Organizer: 2nd SNU-RIKEN Joint Symposium on Chemical Biology
  • Place of Presentation: Naminara Hotel, Chuncheon, Korea