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Study on analytical techniques of conformations for environmental biopolymers in dynamic equilibrium

Research Project

Project/Area Number 23615012
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Reliable environmental measurement methods
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

IZUMI Hiroshi  独立行政法人産業技術総合研究所, 環境管理技術研究部門, 主任研究員 (20356455)

Project Period (FY) 2011 – 2013
Project Status Completed (Fiscal Year 2013)
Budget Amount *help
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2013: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2012: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2011: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords生体高分子 / 立体配座 / 超二次構造 / タンパク質 / 構造アライメント / 構造活性相関 / 赤外円二色性分光法 / 免疫 / ケモインフォマティクス / 多型 / 自己抗体 / 主要組織適合遺伝子複合体
Research Abstract

Supersecondary structure code (SSC) for 3D structural alignment of proteins was proposed, and the database of conformational code for 7494 subunits of proteins was constructed. The search method using these codes extracted the characteristic supersecondary structures (the structural regions in globular proteins folded into repetitive units) of immune factors related to self-recognition, and the fragment structures were represented as the simple description. Further, the conformational search techniques for absolute configuration determination of chiral compounds using vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopy were transferred to a company.

Report

(5 results)
  • 2013 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2012 Research-status Report
  • 2011 Research-status Report
  • Products Report
  • Research Products

    (32 results)

All 2014 2013 2012 2011 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (10 results) Patent(Industrial Property Rights) (5 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Journal Article] Data Mining of Supersecondary Structure Homology between Light Chains of Immunogloblins and MHC Molecules: Absence of the Common Conformational Fragment in the Human IgM Rheumatoid Factor2013

    • Author(s)
      Hiroshi Izumi, Akihiro Wakisaka, Laurence A. Nafie, Rina K. Dukor
    • Journal Title

      JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING

      Volume: 53 Issue: 3 Pages: 584-591

    • DOI

      10.1021/ci300420d

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  • [Presentation] 生物発光酵素の超二次構造コードアライメント解析2014

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      和泉博, 脇坂昭弘
    • Organizer
      日本化学会第94春季年会(2014)
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2014-03-29
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  • [Presentation] タンパク質超二次構造のデータマイニング解析2013

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      和泉博, 脇坂昭弘
    • Organizer
      第36回情報化学討論会
    • Place of Presentation
      筑波大学(茨城県)
    • Year and Date
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    • Author(s)
      和泉博, 脇坂昭弘, L. A. Nafie, R. K. Dukor
    • Organizer
      BiWO2013 - BioInformatics Week in Odaiba -
    • Place of Presentation
      産総研臨海副都心センター(東京都)
    • Year and Date
      2013-09-11
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      JASIS 2013新技術説明会
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      2013-09-04
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      和泉博, 脇坂昭弘
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      日本化学会第93春季年会(2013)
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      立命館大学(滋賀県)
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      和泉博, 脇坂昭弘, L. A. Nafie, R. K. Dukor
    • Organizer
      BiWO2012 - BioInformatics Week in Odaiba -
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      産総研臨海副都心センター(東京都)
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      2012-10-31
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      和泉博, 脇坂昭弘
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      慶應義塾大学(神奈川県)
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      2012-03-27
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  • [Presentation] Data Mining of Supersecondary Structure in Protein

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      和泉 博、脇坂昭弘、L. A. Nafie、R. K. Dukor
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      BiWO2013 - BioInformatics Week in Odaiba -
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      和泉 博、脇坂昭弘
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      第36回情報化学討論会
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      筑波大学(茨城県)
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  • [Presentation] 生物発光酵素の超二次構造コードアライメント解析

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      Hiroshi Izumi, Akihiro Wakisaka, Laurence A. Nafie, Rina K. Dukor
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      BiWO2012 - BioInformatics Week in Odaiba -
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  • [Presentation] 立体配座コードのパターン処理によるタンパク質ループ構造のデータマイニング

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      和泉 博、脇坂昭弘
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      日本化学会第93春季年会
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県)
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  • [Remarks] 研究活動トピックス工業的に注目すべき研究成果として選定され, カナダのAdvances in Engineering社のホームページに掲載された

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      http://advanceseng.com/chemical-engineering/data-mining-supersecondary-structure-homology-light-chains-immunogloblins-mhc-molecules-absence-common-conformational-fragment-human-igm-rheumatoid-factor/

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      2013 Final Research Report
  • [Remarks] 産業財産権実施契約(計1件) 名称:光学活性分子の優位な立体配座の探索 方法 発明者:和 泉 博, 山上奏子, 二タ村 森 権利者:独立行政法人産業技術総合研究所 種類:特許 番号:特許第3991106号 国内外の別:国内

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  • [Remarks] 研究紹介URL

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      http://staff.aist.go.jp/izumi.h/

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  • [Remarks] 産総研オープンラボ2013

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      http://unit.aist.go.jp/emtech-ri/ci/event/20121026/text/op15konfo.pdf

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      http://www.aist.go.jp/digbook/openlab/2011/index.html#page=61

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  • [Patent(Industrial Property Rights)] 人工生物発光酵素に用いるための発光 基質2013

    • Inventor(s)
      金誠培, 和泉博, 田尾博明, 鳥村政基, 脇坂昭弘
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-217560
    • Filing Date
      2013-10-18
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    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質の構造評価装置, 構造評価方法, 構造評価プログラム及び構造評価プ ログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体2013

    • Inventor(s)
      和泉博, 脇坂昭弘
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-115700
    • Filing Date
      2013-05-31
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  • [Patent(Industrial Property Rights)] タンパク質の構造評価装置、構造評価方法、構造評価プログラム及び構造 評価プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体2013

    • Inventor(s)
      和泉 博、脇坂昭弘
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-115700
    • Filing Date
      2013-05-31
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      金 誠培、和泉 博、田尾博明、鳥村政基、脇坂昭弘
    • Industrial Property Rights Holder
      独立行政法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-217560
    • Filing Date
      2013-10-18
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    • Inventor(s)
      和泉 博, 脇坂 昭弘
    • Industrial Property Rights Holder
      産総研
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2013-115700
    • Filing Date
      2013-05-31
    • Acquisition Date
      2017-02-10
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Published: 2011-08-05   Modified: 2019-07-29  

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