Development of proteomics technology using next generation sequencer

• Project/Area Number: 23651190
• Research Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Research Field: Genome biology
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: MIYAMOTO-SATO Etsuko 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (70327708)
• Project Period (FY): 2011 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2013)
• Budget Amount: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000); Fiscal Year 2012: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000); Fiscal Year 2011: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
• Keywords: プロテオーム / 次世代シーケンサ / インタラクトーム / IVV / プロテオソーム / 次世代シーケンサー

Research Abstract

In vitro virus (IVV) technology, a variation of mRNA display, is suitable for extensive protein-protein interaction analysis. Previous IVV method requires bait protein preparation which become the rate-limiting step. This work aimed to develop IVV method which is not need bait molecule purification. Chimeric DNA whose ends are corresponding to interacting pair can prepare by cross-linking of IVV molecule complex and following emulsion PCR, and next generation sequencing of the DNA can detect interacting pair data without bait preparation step. This novel method serves as the foundation of simple and comprehensive protein-protein interaction analysis.

Research Products

• [Journal Article] Toward personalized medicine mediated by mRNA display-based interactome approaches. (2014)
  • Author(s): Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E.
  • Journal Title: International Journal of Molecular Sciences Volume: 15 Pages: 1-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondria-nucleus shuttling FK506-binding protein 51 interacts with TRAF proteins and facilitates the RIG-I-like receptor-mediated expression of type I IFN. (2014)
  • Author(s): Akiyama, T., Shiraishi, T., Qin, J., Konno, H., Akiyama, N., Shinzawa, M., Miyauchi, M., Takizawa, N., Yanai, H., Ohashi, H., Miyamoto-Sato, E., Yanagawa H., Yong, W., Shou, W., and Inoue, J.
  • Journal Title: PLoS ONE Volume: 9 Pages: 1-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Next-generation sequencing technologies for multi-omics approaches. (2014)
  • Author(s): Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E.
  • Journal Title: BioMed Research International Volume: 6 Pages: 1-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of Transcription Factor Networks using IVV Method. (2014)
  • Author(s): Ohashi, H., Fujimori, S., Hirai, N., Yanagawa H., Miyamoto-Sato, E.
  • Journal Title: Methods in Molecular Biology Volume: 1164 Pages: 1-20
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Next-generation Sequencing Coupled with a Cell-free Display Technology for Reliable Interactome of Translational Factors. (2014)
  • Author(s): Miyamoto-Sato, E.
  • Journal Title: Methods in Molecular Biology Volume: 1164 Pages: 21-40
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Efficiency of puromycin-based technologies mediated by release factors and a ribosome recycling factor. (2013)
  • Author(s): Ohashi, H., Ishizaka, M., Hirai, N., and Miyamoto-Sato, E.
  • Journal Title: Protein Engineering, Design and Selection Volume: 8 Issue: 8 Pages: 533-537
  • DOI: 10.1093/protein/gzt031
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] インタラクトームが拓くパーソナル医療への展望『実験医学』 (2013)
  • Author(s): 宮本悦子, 西川純一
  • Journal Title: ゲノム 医学・生命科学研究 Volume: 31(15) Pages: 2405-2411
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] インタラクトームが拓くパーソナル医療への展望 (2013)
  • Author(s): 宮本悦子、西川純一
  • Journal Title: 『実験医学』（増刊）「ゲノム 医学・生命科学研究」総集編 Volume: 31 Pages: 2405-2411
• [Journal Article] A next generation evolutionary molecular engineering system and the future prospects (2012)
  • Author(s): Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: Viva Origino Volume: 40 Pages: 25-25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] IRView : a database and viewer for protein interacting regions (2012)
  • Author(s): Shigeo Fujimori, Naoya Hirai, Kazuyo Masuoka, Tomohiro Oshikubo, Tatsuhiro Yamashita, Takanori Washio, Ayumu Saito, Masao Nagasaki, Satoru Miyano, Etsuko Miyamoto-Sato
  • Journal Title: Bioinformatics Volume: 28(14) Issue: 14 Pages: 1949-1950
  • DOI: 10.1093/bioinformatics/bts289
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] PRD : A protein-RNA interaction database (2012)
  • Author(s): Shigeo Fujimori, Katsuya Hino, Ayumu Saito, Satoru Miyano, Etsuko Miyamoto-Sato
  • Journal Title: Bioinformation Volume: 8(15) Issue: 15 Pages: 729-730
  • DOI: 10.6026/97320630008729
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Next-generation sequencing coupled with a cell-free display technology for high-throughput production of reliable interactome data (2012)
  • Author(s): Fujimori S
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 2 Issue: 1 Pages: 1-5
  • DOI: 10.1038/srep00691
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Ohashi, H., Miyamoto-Sato, E.: A next generation evolutionary molecular engineering system and the future prospects. (2012)
  • Author(s): Ohashi, H., Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: Viva origino Volume: 40 Pages: 25-25
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Toward personalized medicine mediated by mRNA display-based interactome approaches
  • Author(s): Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: International Journal of Molecular Sciences Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Mitochondria-nucleus shuttling FK506-binding protein 51 interacts with TRAF proteins and facilitates the RIG-I-like receptor-mediated expression of type I IFN
  • Author(s): Akiyama, T., Shiraishi, T., Qin, J., Konno, H., Akiyama, N., Shinzawa, M., Miyauchi, M., Takizawa, N., Yanai, H., Ohashi, H., Miyamoto-Sato, E., Yanagawa H., Yong, W., Shou, W., and Inoue, J
  • Journal Title: PLoS ONE Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Next-generation sequencing technologies for multi-omics approaches
  • Author(s): Ohashi, H. and Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: BioMed Research International Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Analysis of Transcription Factor Networks using IVV Method
  • Author(s): Ohashi, H., Fujimori, S., Hirai, N., Yanagawa H. and Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: Methods in Molecular Biology Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Next-generation Sequencing Coupled with a Cell-free Display Technology for Reliable Interactome of Translational Factors
  • Author(s): Miyamoto-Sato, E
  • Journal Title: Methods in Molecular Biology Volume: (in press)
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 次世代の個の医療のためのIVVディスプレイ法を基盤としたインタラクトーム医科学の展開 (2014)
  • Author(s): 宮本悦子
  • Organizer: 東京理科大 生命医科学研究所 招待セミナー
  • Place of Presentation: 東京理科大 生命医科学研究所(千葉県)
  • Year and Date: 2014-01-14
  • Invited
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたIVV スクエア法を基盤としたケミカルインタラクトーム技術の開発 (2013)
  • Author(s): 西川純一, 佐々木啓孝, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 宮本悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2013-12-03
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたがんオミクス解析による標的たんぱく質抽出と分子標的薬の設計 (2013)
  • Author(s): 西川純一, 佐々木啓孝, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 清水孝恒, 山口類, 井元清哉, 鷲尾尊規, 山下辰博, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2013-12-03
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたケミカルノックダウン法を基盤とした標的たんぱく質制御技術の開発 (2013)
  • Author(s): 佐々木啓孝, 西川純一, 内海典之, 大橋広行, 平井直也, 與儀琢也, 堤邦彦, 宮本悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2013-12-03
• [Presentation] IVV スクエア : パーソナル医療に向けた細胞丸ごとインタラクトーム解析法 (2013)
  • Author(s): 西川純一, 清水孝恒, 井元清哉, 山口類, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県)
  • Year and Date: 2013-10-04
• [Presentation] ピューロマイシンを利用したたんぱく質検出技術が拓くインタラクトーム医科学 (2013)
  • Author(s): 宮本悦子
  • Organizer: 東京理科大第51回同窓学位取得者記念講演会・祝賀会
  • Place of Presentation: 東京理科大学 葛飾キャンパス(東京都)
  • Year and Date: 2013-07-20
• [Presentation] パーソナルゲノム医療 : 細胞丸ごとオミクス解析によるがん幹細胞の理解と制御 (2012)
  • Author(s): 藤森茂雄, 清水孝恒, 山口類, 大橋広行, 井本清哉, 平井直也, 川畑順子, 佐谷秀行, 宮野悟, 宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • Year and Date: 2012-12-13
• [Presentation] In vitro virus 法を用いたインタラクトーム解析とタンパク質相互作用領域データベースの構築 (2012)
  • Author(s): 藤森茂雄, 大橋広行, 平井直也, 押久保朋宏, 山下辰博, 鷲尾尊規, 斉藤あゆむ, 宮野悟, 宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • Year and Date: 2012-12-13
• [Presentation] パーソナルゲノム医療に向けた細胞丸ごとインタラクトーム解析技術の開発 (2012)
  • Author(s): 大橋広行, 藤森茂雄, 平井直也, 清水孝恒, 佐谷秀行, 宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡(福岡県)
  • Year and Date: 2012-12-13
• [Presentation] ピューロマイシンテクノロジのあゆみ -第3回資生堂女性研究者サイエンスグラント賞のインパクト- (2012)
  • Author(s): 宮本悦子
  • Organizer: 日本女性科学者の会 第9回学術大会
  • Place of Presentation: アルカディア市ヶ谷(東京都)
  • Year and Date: 2012-10-08
• [Presentation] 統合的オミクス解析に基づく癌幹細胞の個性の理解と制御に向けて (2012)
  • Author(s): 宮本悦子, 藤森茂雄, 大橋広行, 平井直也, 清水孝恒, 佐谷秀行, 井本清哉, 山口類, 宮野悟, 森泰昌, 川畑順子, 増岡和代
  • Organizer: 第71回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: ロイトン札幌(北海道)
  • Year and Date: 2012-09-19
• [Presentation] 次世代型進化分子工学的手法の構築とその展望 (2012)
  • Author(s): 大橋広行, 宮本悦子
  • Organizer: 第37回生命の起原および進化学会学術講演会
  • Place of Presentation: 大阪薬科大学(大阪府)
  • Year and Date: 2012-03-08
• [Presentation] Next-generation sequencing to generte interactome data for understanding and control of cancer stems cells (2012)
  • Author(s): Miyamoto-Sato, E
  • Organizer: The 19th East Asia Joint Symposium on Biomedical Research
  • Place of Presentation: Seoul National University (Seoul, Korea)
  • Invited
• [Presentation] Toward Understanding and Control of Cancer Stem Cells using IVV-HiTSeq for Personal Omics (2012)
  • Author(s): Miyamoto-Sato, E
  • Organizer: 第7回研究所ネットワーク国際シンポジウム
  • Place of Presentation: 東北大学(宮城県)
  • Invited
• [Presentation] Next-generation sequencing to generte interactome data for understanding and control of cancer stems cells. (2012)
  • Author(s): Miyamoto-Sato
  • Organizer: 19th East Asia Joint Symposium on Biomedical Research.
  • Place of Presentation: Seoul, Korea
  • Invited
• [Presentation] Toward Understanding and Control of Cancer Stem Cells using IVV-HiTSeq for Personal Omics. (2012)
  • Author(s): Miyamoto-Sato
  • Organizer: 7th International Symposium of the Institute Network.
  • Place of Presentation: Miyagi, Japan.
  • Invited
• [Presentation] Development of a high-throughput interactome analysis pipeline for understanding cancer stem cell characteristics. (2012)
  • Author(s): Fujimori, S
  • Organizer: 19th East Asia Joint Symposium on Biomedical Research.
  • Place of Presentation: Seoul, Korea
• [Presentation] 次世代型進化分子工学的手法の構築とその展望 (2012)
  • Author(s): 大橋広行、宮本悦子
  • Organizer: 第37回生命の起原および進化学会学術講演会
  • Place of Presentation: 大阪薬科大学、大阪府
• [Presentation] ピューロマイシンを利用したたんぱく質検出技術が拓くインタラクトーム医科学
  • Author(s): 宮本悦子
  • Organizer: 東京理科大 第51回同窓学位取得者記念講演会・祝賀会
  • Place of Presentation: 東京理科大学 葛飾キャンパス（東京都葛飾区新宿 6-3-1 ）
• [Presentation] 次世代の個の医療のためのIVVディスプレイ法を基盤としたインタラクトーム医科学の展開
  • Author(s): 宮本悦子
  • Organizer: 東京理科大 生命医科学研究所 招待セミナー
  • Place of Presentation: 東京理科大 生命医科学研究所（千葉県野田市山崎2669）
  • Invited
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたIVV スクエア法を基盤としたケミカルインタラクトーム技術の開発
  • Author(s): 西川 純一，佐々木 啓孝，大橋 広行，平井 直也，與儀 琢也，宮本 悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: ポートピアホテル 南館１階 大和田（兵庫県神戸市中央区港島中町6-10-1 神戸ポートアイランド）
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたがんオミクス解析による標的たんぱく質抽出と分子標的薬の設計
  • Author(s): 西川 純一，佐々木 啓孝，大橋 広行，平井 直也，與儀 琢也，清水 孝恒，山口 類，井元 清哉，鷲尾 尊規，山下 辰博，佐谷 秀行，宮野 悟，宮本 悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: ポートピアホテル 南館１階 大和田（兵庫県神戸市中央区港島中町6-10-1 神戸ポートアイランド）
• [Presentation] 次世代の個の医療に向けたケミカルノックダウン法を基盤とした標的たんぱく質制御技術の開発
  • Author(s): 佐々木 啓孝，西川 純一，内海 典之，大橋 広行，平井 直也，與儀 琢也，堤 邦彦，宮本 悦子
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: ポートピアホテル 南館１階 大和田（兵庫県神戸市中央区港島中町6-10-1 神戸ポートアイランド）
• [Presentation] IVVスクエア：パーソナル医療に向けた細胞丸ごとインタラクトー ム解析法
  • Author(s): 西川 純一、清水 孝恒、井元 清哉、山口 類、佐谷 秀行、宮野 悟、宮本 悦子
  • Organizer: 第72回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜（神奈川県横浜市西区みなとみらい1-1-1）
• [Presentation] 統合的オミクス解析に基づく癌幹細胞の個性の理解と制御に向けて
  • Author(s): 宮本悦子、藤森茂雄、大橋広行、平井直也、清水孝恒、佐谷秀行、井本清哉、山口類、宮野悟、森泰昌、川畑順子、増岡和代
  • Organizer: 第７１回日本癌学会学術総会
  • Place of Presentation: ロイトン札幌、北海道
• [Presentation] パーソナルゲノム医療：細胞丸ごとオミクス解析によるがん幹細胞の理解と制御
  • Author(s): 藤森茂雄、清水孝恒、山口類、大橋広行、井本清哉、平井直也、川畑順子、佐谷秀行、宮野悟、宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡、福岡県
• [Presentation] In vitro virus法を用いたインタラクトーム解析とタンパク質相互作用領域データベースの構築
  • Author(s): 藤森茂雄、大橋広行、平井直也、押久保朋宏、山下辰博、鷲尾尊規、斉藤あゆむ、宮野悟、宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡、福岡県
• [Presentation] パーソナルゲノム医療に向けた細胞丸ごとインタラクトーム解析技術の開発
  • Author(s): 大橋広行、藤森茂雄、平井直也、清水孝恒、佐谷秀行、宮本悦子
  • Organizer: 第35回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: マリンメッセ福岡、福岡県
• [Book] Transcription Factor Regulatory Networks - Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology (2014)
  • Author(s): Etsuko Miyamoto-Sato, Hiroyuki Ohashi, Hirotaka Sasaki, Jun-ichi Nishikawa, Hiroshi Yanagawa (eds.)
  • Total Pages: 256
  • Publisher: Springer
• [Book] Transcription Factor Regulatory Networks - Methods and Protocols. ( Methods in Molecular Biology, Vol. 1164)
  • Author(s): Miyamoto-Sato, E., Ohashi, H., Sasaki, H., Nishikawa, J. and Yanagawa, H (eds.)
  • Publisher: Springer
• [Remarks] 月刊化学経済5月号(2011年5月1日)に掲載
  • URL: http://www.kagakukogyonippo.com/monthly/backnumber/201105.html
• [Remarks] (記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/kagakukeizai.pdf
• [Remarks] 日経バイオテク(2012年10月9日)に掲載
  • URL: https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20121005/163633/
• [Remarks] 東京大学医科学研究所ホームページに掲載
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/research/papers/ivv.php
• [Remarks] マイナビニュース(2012年10月24日)に掲載
  • URL: http://news.mynavi.jp/news/2012/10/24/033/
• [Remarks] Yahoo!Japan ニュースに掲載
• [Remarks] 日本経済新聞(2012年11月20日)に掲載
  • URL: http://www.nikkei.com/article/DGXNZO48609040Z11C12A1TJM000/
• [Remarks] (記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/nikkei_2012-11-20.pdf
• [Remarks] Nature Japan「注目の論文」に掲載
  • URL: http://www.natureasia.com/ja-jp/srep/abstracts/40682
• [Remarks] 日経産業新聞(2012年12月6日)に掲載(記事全文)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/web_materials/press_sentanjin.pdf
• [Remarks] ホームページ情報研究室
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/info.html
• [Remarks] 東京大学医科学研究所｜インタラクトーム医科学 (宮本悦子研究室)
  • URL: http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/interactome/index.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] 標的物質と相互作用するタンパク質の検出方法 (2011)
  • Inventor(s): 宮本悦子, 藤森茂雄
  • Industrial Property Rights Holder: 東京大学
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Filing Date: 2011-09-28
• [Patent(Industrial Property Rights)] 標的物質と相互作用するタンパク質の検出方法 (2011)
  • Inventor(s): 宮本悦子，藤森茂雄
  • Industrial Property Rights Holder: 東京大学
  • Industrial Property Number: 2011-213424
  • Filing Date: 2011